bin/cluster/cluster-wham.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2 #set echo
   3 # Script to run the program zscorezi_MPI on linux with MPICH (parallel version).
   4 #
   5 if ("$3" != "-p4amslave") then
   6 cd $4
   7 endif
   8
   9 echo "This job is running on host `hostname` "
  10 if ($#argv<2) then
  11   echo "You must supply potential type and input/output filename prefix."
  12   exit (1)
  13 endif
  14
  15 set DD = /users/adam/UNRES/PARAM
  16 set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
  17
  18 set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
  19 setenv INPUT 2hep_300K_clust
  20 setenv INTIN 2hep_wham_last
  21 setenv OUTPUT 2hep_300K_clust
  22 setenv PDB CART
  23 setenv COORD CX
  24 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  25 setenv POT GB
  26 setenv SCRATCHDIR /tmp
  27
  28 #
  29 # Is the specified potential in the list of valid force fields?
  30 #
  31 if (($POT != "LJ") && ($POT != "LJK") && ($POT != "BP") && ($POT != "GB") \
  32 && ($POT != "GBV") ) then
  33   echo "Unknown potential type $POT"
  34   exit(1)
  35 endif
  36
  37 # Check for the existence of the input file
  38
  39 #if (!(-e $2.inp)) then
  40 #  echo "Error: The input file $2.inp does not exist."
  41 #  exit(1)
  42 #endif
  43
  44 # 5/17/97 parameter file assignment was changed from link to SETENV statements
  45 #
  46 setenv BONDPAR $DD/bond.parm
  47 setenv THETPAR $DD/thetaml.5parm
  48 setenv ROTPAR $DD/scgauss.parm
  49 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp.parm
  50 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp.parm
  51 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp.parm
  52 setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  53 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  54 setenv SCPPAR $DD/scp.parm
  55 setenv SCCORPAR $DD/rotcorr_AM1.parm
  56
  57 # Define contact function for classification
  58 setenv CONTFUNC GB
  59 if (${CONTFUNC} == "GB") then
  60   setenv SIDEP ${DD}/contact.3.parm
  61 else if (${CONTFUNC} == "SCDIST") then
  62   setenv SIDEP ${DD}/cend.3.45.parm
  63 else if (${CONTFUNC} == "CEN") then
  64   setenv SIDEP ${DD}/cen.parm
  65 else if (${CONTFUNC} == "ODC") then
  66   setenv SIDEP ${DD}/odc.parm
  67 else if (${CONTFUNC} != "SIG") then
  68   echo "Unknown sidechain contact function ${CONTFUNC}"
  69   exit
  70 endif
  71
  72 # Set parallel environment, depending on job type (interactive or batch).
  73
  74 set DEBUG = 0
  75
  76 limit coredumpsize 0
  77 #$BIN/unres_clustMD_MPI-new $*
  78 $BIN/unres_clustMD_MPI-oldparm $*
  79
  80 ls -l /tmp/*