bin/cluster/cluster-wham-M.csh

   1 #!/bin/csh -f
   2 #set echo
   3 # Script to run the program zscorezi_MPI on linux with MPICH (parallel version).
   4 #
   5 if ("$3" != "-p4amslave") then
   6 cd $4
   7 endif
   8
   9 echo "This job is running on host `hostname` "
  10 if ($#argv<2) then
  11   echo "You must supply potential type and input/output filename prefix."
  12   exit (1)
  13 endif
  14
  15 set DD = /users/aks255/wyjazdowy_UNRES/wyjazdowy_UNRES/PARAM
  16 set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
  17
  18 #set BIN = /users/adam/ZSCOREZ/bin
  19 setenv INPUT 1SN9_MREMD_clust_270
  20 setenv INTIN 1SN9_MREMD_wham_last
  21 setenv OUTPUT 1SN9_MREMD_301K
  22 setenv PDB CART
  23 setenv COORD CX
  24 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  25 set POT = GB
  26 setenv POT GB
  27 setenv SCRATCHDIR .
  28
  29 #
  30 # Is the specified potential in the list of valid force fields?
  31 #
  32 if (($POT != "LJ") && ($POT != "LJK") && ($POT != "BP") && ($POT != "GB") \
  33 && ($POT != "GBV") ) then
  34   echo "Unknown potential type $POT"
  35   exit(1)
  36 endif
  37
  38 # Check for the existence of the input file
  39
  40 #if (!(-e $2.inp)) then
  41 #  echo "Error: The input file $2.inp does not exist."
  42 #  exit(1)
  43 #endif
  44
  45 # 5/17/97 parameter file assignment was changed from link to SETENV statements
  46 #
  47 setenv BONDPAR $DD/bond_Dap.parm
  48 setenv THETPAR $DD/thetaml_Dap.5parm
  49 setenv ROTPAR $DD/scgauss_Dap.parm
  50 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp_Dap.parm
  51 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp_Dap.parm
  52 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_Dap.parm
  53 setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt_Dap.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  54 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_Dap.parm.1igd_hc_iter3_3
  55 setenv SCPPAR $DD/scp_Dap.parm
  56 setenv SCCORPAR $DD/rotcorr_AM1_Dap.parm
  57
  58 # Define contact function for classification
  59 setenv CONTFUNC GB
  60 if (${CONTFUNC} == "GB") then
  61   setenv SIDEP ${DD}/contact.3.parm
  62 else if (${CONTFUNC} == "SCDIST") then
  63   setenv SIDEP ${DD}/cend.3.45.parm
  64 else if (${CONTFUNC} == "CEN") then
  65   setenv SIDEP ${DD}/cen.parm
  66 else if (${CONTFUNC} == "ODC") then
  67   setenv SIDEP ${DD}/odc.parm
  68 else if (${CONTFUNC} != "SIG") then
  69   echo "Unknown sidechain contact function ${CONTFUNC}"
  70   exit
  71 endif
  72
  73 # Set parallel environment, depending on job type (interactive or batch).
  74
  75 set DEBUG = 1
  76
  77 limit coredumpsize 0
  78 #$BIN/unres_clustMD_MPI-new $*
  79 $BIN/unres_clustMD_MPI-D-oldparm $*
  80
  81 ls -l /tmp/*