Adam's changes from nostromo to wham with homology

correction for homol_nset>1 and waga_homology(iset)=0 to prevent sigsegv

compilation of large cluster_wham with -mcmodel=medium -shared-intel

compilation of large wham with -mcmodel=medium -shared-intel

correction to cluter_wham

cleaning (links and backup files)

 wham with mpich2 (no aliasing) and new dimenstions

max_template=25

 all CMakeLists.txt updated with corrected names and directories

correction - adding ehomology_constr

Ehomology printout with PRINT_COMPON

timlim function ovrtim only on master and MPI_Bcast

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

CONSTR_HOMOL in mutlichain, debug and output cleaning

printmat added to cmake

ENERGY_DEC printout works for ESTR

ENERGY_DEC printout works for ebend in E0LL2Y forcefield

preminim in multichain code

changes to avoid problems with MPI_Scatterv in mpich2 for FGPROC>1

Adasko's changes to ebend

energy_dec works with etors_d

unres src_MD-M from branch Multichain

cmake is working for cluster_unres

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Added main_clust.F

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

cutoff for dfa beta formation to speed up calculations

Added newly created cluster exe and makefile

Minor change in unres-cluster DIMENSIONS

Cluster/unres modified to read MD coordinates in CX format, also from multiple files.

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

read2sigma - now without this option code works as before

pulled readrtns

restoring read2sigma code after wrong merge

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/readrtns.F
resolved

new format of read2sigma *sco files (res number in 1st column)
and correction for Gly as 1st residue

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/readrtns.F

By AL: fixed FGPROCS>1 problem in HMREMD; iset passed to slaves now.
Minor modification in molread: prints the names of the pdb files with the modesls.

bugfix for read2sigma with different domain definition in each *sco file
necessary for finegrain parallelization

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

 read2sigma supports separate domain definition in each *sco file

Added putting secondary-structure information to the pdbfiles generated by xdrf2pdb. Enabled by compling xdrf2pdb with -DSECONDARY

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Added Makefiles

 the first version of READ2SIGMA - the same domains in all *sco files,
 readpdb_template cannot read pdb files with gaps

Fixed the "***" issue in PDB output format by shifting the center of each molecule to 0

Fixes to compile WHAM and CLUSTER on AIX (nostromo.icm.edu.pl)

Added ifdefs to include/exlucde DFA becuase of the large memory requirement problem with DFA.

Fixed the homology gradient in finegrain mode

Added an option to compile unres, wham, and cluster on the homology branch
with old (incorrect) weights; the comiple flag is -DOLDSIGMA

Fixes made in connection to Hamiltonian replica exchange in homology restraints
1. WHAM - in wham_calc; restraints windows were not incuded in the iteration
process and in calculation of thermal characteristics.
2. Cluster - restraints were not included properly in calculating probabilities
of conformations; now the user inputs all restraint weights and
selects the weight with which to do clustering by saying ISET=??? on the
homology_nset card
Imported the fix of the distance-restraint-weight calculations that Felipe made
as a result of the June 3 project meeting (Felipe had problems pushing his
changes).

Fixed main module of WHAM

Fixed the following components:
 - wham: in whamcalc1.F added ehomology_constr and DFA energy components to
         the minimal free energies; lack of this was often causing NaNs in
         the *.thermal files.
- cluster: (i) assigned logical unit 38 to ientin (unasigned in the previou
         source; (ii) Fixed buffer conflict in MPI_AllGather
- wham and cluster: ebend made compatible with that of the unres component

Fixed a MAJOR error in WHAM; energies were computed inconsistently

cmake compilation for cluster and wham repaired

minimization in int works with FGPROCS>1
(+some cleaning of debug print and MPICH2 as default in Makefile)

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/cinfo.f

WHAM and CLUSTER with HM restraints by AL and FP

remd with homol_nset>1 working with FG parallelization

changes to avoid PMPI_Scatterv: Invalid buffer pointer in Intel MPI

Lorentzian-type distance restraint energy implemented

common.control cleaning

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/COMMON.CONTROL
source/unres/src_MD/cinfo.f

After final fix by AL

REMD with HOMOL_NSET>1 and single weight for all homology restraints
some output cleaning

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y_2.exe
source/unres/src_MD/cinfo.f

Merge branch 'master' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
source/unres/src_MD/MREMD.F
source/unres/src_MD/cinfo.f

respa now working without dfa weights

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD/COMMON.CONTROL
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/unres/src_MD/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD/readrtns.F

Merge branch 'prerelease-3.2.1'

EBE change in prerealese-3.2.1 make dummy atom idependent

poprawka w src_MD

Poprawiony src_MD-M gradient

1st running version of UNRES HM by FP and AL

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

rozgrzebana minimalizacja

intro of SCCOR into src_MIN

Corrected refsys.f in src_MD-M

Conflicts:
bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD-M/cinfo.f

removed maxlik paths from cmake sources

refsys

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/refsys.f

Corrected refsys.f in src_MD-M

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1

dzialajacy wham+poprawka w funckji energi+ poprawka w czytaniu

dfa.F was missing form cmake configurations files

Makefiles for mpich2 and some corrections to Makefiles

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into prerelease-3.2.1

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/wham/src-M/cinfo.f

Added cinfo

MREMD corrected; Langevin mode (bcast instead of scatter i2rep)

poprawka gradientu w CSA

Naprawienie wham'a oraz wprowadzenie SCcorr do CSA

wprowadzenie do multichaina SCcorr

debug w poszukiwaniu bledu w ostatniej reszcie

dodanie czytania wagi wsccor do clustrowania-M

Conflicts:

bin/cluster/unres_clustMD-mult_MPICH-GAB.exe
source/cluster/wham/src-M/readrtns.o

Wstawnieni SCCOR dla clustrowania. Nie wiadomo czy jest czytana waga

Conflicts:

bin/cluster/unres_clustMD-mult_MPICH-GAB.exe
bin/wham_multparm-D-sccor-oldparm
source/cluster/wham/src-M/COMMON.SCCOR
source/cluster/wham/src-M/chainbuild.o
source/cluster/wham/src-M/convert.o
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.F
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.o
source/cluster/wham/src-M/geomout.o
source/cluster/wham/src-M/initialize_p.o
source/cluster/wham/src-M/int_from_cart1.o
source/cluster/wham/src-M/main_clust.o
source/cluster/wham/src-M/parmread.o
source/cluster/wham/src-M/permut.o
source/cluster/wham/src-M/read_coords.o
source/cluster/wham/src-M/read_ref_str.o
source/cluster/wham/src-M/readpdb.o
source/cluster/wham/src-M/readrtns.o
source/cluster/wham/src-M/setup_var.o
source/cluster/wham/src-M/wrtclust.o
source/cluster/wham/src-M/xdrf/libxdrf.a

Wprowadzenie SCCOR dla wham-M

Conflicts:

bin/unres/MD-M/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
bin/wham_multparm-D-sccor-oldparm
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/wham/src-M/COMMON.ALLPARM
source/wham/src-M/cinfo.f
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/include_unres/COMMON.LOCAL
source/wham/src-M/include_unres/COMMON.SCCOR
source/wham/src/include_unres/COMMON.SCCOR

Rozgrzebany SCCOR dla wham-M

Conflicts:

source/wham/src-M/energy_p_new.F

Poprawiony SCR_MD-M i dzialajacy

Conflicts:

source/unres/src_MD-M/initialize_p.F
source/unres/src_MD-M/parmread.F

Wprowadznie potencjalow SC-COR do multichain oraz ich pseudosymetrii dla
D aminokwasow

Conflicts:

bin/unres/MD-M/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
source/unres/src_MD-M/COMMON.SCCOR
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/lagrangian_lesyng.F
source/unres/src_MD-M/moments.f
source/unres/src_MD-M/parmread.F
source/unres/src_MD-M/stochfric.F
source/unres/src_MD/COMMON.SCCOR

Merge branch 'prerelease-3.2.1' of mmka:unres into prerelease-3.2.1