rm exe

introduction of genconstr to wham

corrected cluster for lipid

print off

change for lipid last gly

clean fix revert to previous vestion

bugfix in wham

comment printout

small changes

turn off histent for wham

correction for large entropy differences

correction of TiO2 param

critical change for outer field potential -debug off

correction in restart - adding dc0 -critical bug

small chanegs in nanotube + working wham for lipid

working cluster for nano parameters

added nanostructures energy to wham, no differs

Correction of D-AA to parmread

introcuction of cavity term for pepgroup for nanosphere

nanophere working

nano part 3

nano part2

introduction nanosphere part 1

correction in tube for parallel code

dodanie parametrow do nanotube

adding some param and control

poprawka w make (usuniecie nss)

clean in COMMON

bug fix in energy src_MD-M

change of shield sending and receiving buff in MPI

bugfix in shield FGPROC>1

bug fix in respa and readpdb

debug off

respa cleaning (my bug) and shielding MPI and previous bug cleaning

modyfication for tube

AFM+tube+kcc

introduction of infinite cylinder potential - currently without PBC

wham is prining energies; all "good" changes seems to be revoked improve in rmsd calc in wham

correct in cluster (working)

bug fix after Ana and cluster lipid (still in progress)

working cluser DEBUG OFF

introduction of shielding to cluster DEBUG mode

BUG FIX in arcos.f

correction in wham and UNRES for lipid and correlation

Adding new param files for Czybyszew

Merge branch 'AFM' of mmka:unres into AFM

adding common shield

changes in wham

New valence-torsionals completed
Introduced itype2loc table to denote local fourier types; now different from itortyp
Fixed gradients near gamma=180

changes in shielding

correction in shield

AFM cleaning with pgi compiler

implementation of czybyszeb grad ok

adding of Czybyshev part 1

working gradient for shielding - even the fine grain mode

rozgrzebany shield

correction in readrefstr

sprawdzenie shieldingu

debug off

Merge branch 'lipid' into AFM

Conflicts:
source/wham/src-M/DIMENSIONS.ZSCOPT
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/initialize_p.F
source/wham/src-M/parmread.F

ESSENTIAL CHANGE - BUG FIX in ENERGY to have old Correlation

wham in lipid still diff

modified lipid parm

bug fix in extconf

working shielding

changes in parameter file and debug off

new lipid potentials

Shielding part 2

introduction of shielding effect (volume of overlap)

Merge branch 'devel' into AFM

Conflicts:
.gitignore
PARAM/pot_theta_G631_DIL.parm
bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
bin/unres/MD/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
bin/xdrf2ang
bin/xdrf2pdb
bin/xdrf2pdb-m
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.F
source/maxlik/src_CSA/CMakeLists.txt
source/unres/src_CSA_DiL/CMakeLists.txt
source/unres/src_CSA_DiL/Makefile
source/unres/src_CSA_DiL/csa.F
source/unres/src_MD-M/COMMON.CONTROL
source/unres/src_MD-M/DIMENSIONS
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/parmread.F
source/unres/src_MD-M/refsys.f
source/unres/src_MD/COMMON.TORSION
source/wham/src-M/DIMENSIONS
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/readrtns.F
source/xdrfpdb/src/Makefile

first changes for shielding

Merge branch 'AFM' into multichain

intoduction of constant velocity for spring

adding of sccor am1 parameter file

1) debug of Lorentzian like constrains in cluster 2) introduction of constrains on theta angle

first introduction of valence constrains - not working yet

introduction of different ftors for each site

First trial to introduce steered MD non successful

Intoduction Lorentizan like restrains to cluster

WHAM for Lorentzian like constrains fixed - DEBUG OFF

debuging WHAM for constrains DEBUG ON

first attempt to indroduce AFM velocity

introduction of quartic an Lonrentz constrains to WHAM

Merge branch 'multichain' of mmka:unres into multichain

intoduction of quartic restrains in multichain, bugfix in single chain

WeFold Lorentzian like potentials introduction

Change in energy_p_new_barrier.F, in eelec, aorund line 3065
 Because in general iturn3_start and iturn3_end are nnt and nct-3,
respectively, if the chain has a GLY as the first or last residues,
nnt=1 or nct=nres, the program ends up evaluating itype(0) or itype(nres+1).
The first case causes a segmentation fault, the second won't (if maxres is
bigger than nres), but it won't cycle the loop which is what was intended

Changes suggested by Ana

Merge branch 'lipid' into AFM

removal of double returnbox

Merge branch 'multichain' into lipid

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/MREMD.F

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

removed uninitialized ghalf from equation

small fix in lipids

working cluster for dyn_ss and triss

Debug cluster part 2

Cluster debug ON

havebond turnoff

 correction of readrtns

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel