Removed unnecessart code from WHAM ssMD

fixed readrtns as per Adasko's changes in the FM branch mmka.chem.univ.gda.pl/gitweb/?p=unres.git;a=blobdiff;f=source/wham/src-M/read_ref_str.F;h=292fa0236d5fbbe4ca40af27ddaca12f3737320f;hp=2245a5956b40bb5ad66463c5c32f3d58443c1bac;hb=8fe319640b1d7d6e9471168cad02823d363aaaa1;hpb=d4c545ab7e7b0f82774654c089c8f879c5edc0a7

Fixed eello5, eello6, eturn6, and shortrange RESPA

Merge branch 'lipid' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into lipid

Added directory analysis to compute teperature-averaged number of contacts, etc.
Corrected electrostatic energy evaluation in cluster

corrections in wham and clust

small fix for Gly as 1st residue and in dynamic disulfides

debug off

Merge branch 'lipid' into AFM

Conflicts:
source/wham/src-M/DIMENSIONS.ZSCOPT
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/initialize_p.F
source/wham/src-M/parmread.F

ESSENTIAL CHANGE - BUG FIX in ENERGY to have old Correlation

wham in lipid still diff

modified lipid parm

bug fix in extconf

working shielding

changes in parameter file and debug off

new lipid potentials

Shielding part 2

introduction of shielding effect (volume of overlap)

Merge branch 'devel' into AFM

Conflicts:
.gitignore
PARAM/pot_theta_G631_DIL.parm
bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
bin/unres/MD/unres_Tc_procor_oldparm_em64-D-symetr.exe
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
bin/xdrf2ang
bin/xdrf2pdb
bin/xdrf2pdb-m
source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.F
source/maxlik/src_CSA/CMakeLists.txt
source/unres/src_CSA_DiL/CMakeLists.txt
source/unres/src_CSA_DiL/Makefile
source/unres/src_CSA_DiL/csa.F
source/unres/src_MD-M/COMMON.CONTROL
source/unres/src_MD-M/DIMENSIONS
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/parmread.F
source/unres/src_MD-M/refsys.f
source/unres/src_MD/COMMON.TORSION
source/wham/src-M/DIMENSIONS
source/wham/src-M/energy_p_new.F
source/wham/src-M/readrtns.F
source/xdrfpdb/src/Makefile

first changes for shielding

Merge branch 'AFM' into multichain

intoduction of constant velocity for spring

adding of sccor am1 parameter file

1) debug of Lorentzian like constrains in cluster 2) introduction of constrains on theta angle

first introduction of valence constrains - not working yet

introduction of different ftors for each site

First trial to introduce steered MD non successful

Intoduction Lorentizan like restrains to cluster

WHAM for Lorentzian like constrains fixed - DEBUG OFF

debuging WHAM for constrains DEBUG ON

first attempt to indroduce AFM velocity

introduction of quartic an Lonrentz constrains to WHAM

Merge branch 'multichain' of mmka:unres into multichain

intoduction of quartic restrains in multichain, bugfix in single chain

WeFold Lorentzian like potentials introduction

Change in energy_p_new_barrier.F, in eelec, aorund line 3065
 Because in general iturn3_start and iturn3_end are nnt and nct-3,
respectively, if the chain has a GLY as the first or last residues,
nnt=1 or nct=nres, the program ends up evaluating itype(0) or itype(nres+1).
The first case causes a segmentation fault, the second won't (if maxres is
bigger than nres), but it won't cycle the loop which is what was intended

Changes suggested by Ana

Merge branch 'lipid' into AFM

removal of double returnbox

Merge branch 'multichain' into lipid

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/MREMD.F

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

removed uninitialized ghalf from equation

small fix in lipids

working cluster for dyn_ss and triss

Debug cluster part 2

Cluster debug ON

havebond turnoff

 correction of readrtns

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

energy_dec to logical

removed obsolite code in ssMD.F files

Introduction of dyn_ss and triss to cluster

hidden part of debug

nss*ebr removed

cxread debug 7

debug part 6

Debug 5

another DEBUG

dubug dss part 3

diffrent name for evdw

TRISS debug

Warnig Debug ON

Corrected WHAM and UNRES reading in SS dyn...

Introduction of working dyn_ss and triss. Problems were due to different input format style

Correction in readrtns

Change in line of dyn_ss

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

Adding dyn_ss and triss potentials to src-M wham

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel

Fixed bug in reading trisulfide potentials (atriss, btriss, ctriss, dtriss).

fixed install binary paths

correction in readpdb (bugfix)

zmiany w geomout dla AFM

MPICH2 and energy fixes in WHAM-M and Cluster-M.

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

Fixed error caused by new MPICH2, which made WHAM-M non-usable.

poprawka w COMMON.SBRIDE dla triss

Zaimplementowany AFM

Fixed energy differs in WHAM-M (EBE).

poprawka w intcartderiv

Introduction of SS to newcorr and SSS to src_MD-M

poprawka w pametrach

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

added Force-Fields descriptions in exe filenames

MD problems fixed with FGPROC>1

important change for single processor for multi-chain

chyba dzialajacy lipid

Merge branch 'multichain' into lipid

Conflicts:
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/unres.F

correction of correlation potentials

poprawki w potencjalach

drobne poprawki

Merge branch 'multichain' of mmka:unres into lipid

correction in multichain

introduce lipid good grad wrong symplex

Merge branch 'master' into multichain

Conflicts:
.gitignore
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F

poprawki w ANG w src_MD-M

wprowadzenie lipidow

Corrected refsys.f in src_MD-M

Conflicts:

bin/unres/MD/unres-mult-symetr_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/cinfo.f
source/unres/src_MD-M/readpdb.F

Introduction of lipid energy transfer

Merge branch 'master' of mmka:unres

Conflicts:
.gitignore
bin/cluster/unres_clustMD-mult_MPICH-GAB.exe
bin/unres/MD/unres_gfortran_single_GAB.exe
bin/unres/MD/unres_ifort_single_GAB.exe
bin/unres/MINIM/unres_ifort_MIN_single_E0LL2Y.exe
bin/unres/MINIM/unres_ifort_MIN_single_GAB.exe
bin/unres_clustMD_MPI-oldparm
bin/wham/wham_multparm-ham_rep-oldparm
source/cluster/wham/src/COMMON.SCCOR
source/cluster/wham/src/Makefile
source/unres/src_MD-M/Makefile
source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
source/unres/src_MD-M/stochfric.F
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/wham/src-M/Makefile
source/wham/src/DIMENSIONS.FREE