unres adam
[unres.git] / source / unres / src-HCD-5D /
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 9108 CMakeLists.txt
-rw-r--r-- 1653 COMMON.BANK
-rw-r--r-- 73 COMMON.BOUNDS
-rw-r--r-- 258 COMMON.CACHE
-rw-r--r-- 958 COMMON.CALC
-rw-r--r-- 2016 COMMON.CHAIN
-rw-r--r-- 149 COMMON.CONTACTS
-rw-r--r-- 3745 COMMON.CONTACTS.moment
-rw-r--r-- 2196 COMMON.CONTMAT
-rw-r--r-- 1512 COMMON.CONTROL
-rw-r--r-- 1723 COMMON.CONTROL.org
-rw-r--r-- 2522 COMMON.CORRMAT
-rw-r--r-- 658 COMMON.CSA
-rw-r--r-- 195 COMMON.DBASE
-rw-r--r-- 3578 COMMON.DERIV
-rw-r--r-- 4844 COMMON.DFA
-rw-r--r-- 384 COMMON.DISTFIT
-rw-r--r-- 1723 COMMON.FFIELD
-rw-r--r-- 336 COMMON.FRAG
-rw-r--r-- 140 COMMON.GEO
-rw-r--r-- 228 COMMON.HAIRPIN
-rw-r--r-- 53 COMMON.HEADER
-rw-r--r-- 1375 COMMON.HOMOLOGY
-rw-r--r-- 1032 COMMON.INFO
-rw-r--r-- 4183 COMMON.INTERACT
-rw-r--r-- 4001 COMMON.IOUNITS
-rw-r--r-- 770 COMMON.LAGRANGE
-rw-r--r-- 841 COMMON.LAGRANGE.5diag
-rw-r--r-- 1550 COMMON.LANGEVIN
-rw-r--r-- 793 COMMON.LANGEVIN.lang0
-rw-r--r-- 800 COMMON.LANGEVIN.lang0.5diag
-rw-r--r-- 538 COMMON.LANGEVIN.lang0.org
-rw-r--r-- 538 COMMON.LANGEVIN.lang0_
-rw-r--r-- 1111 COMMON.LANGEVIN.org
-rw-r--r-- 3616 COMMON.LOCAL
-rw-r--r-- 657 COMMON.LOCMOVE
-rw-r--r-- 198 COMMON.MAP
-rw-r--r-- 647 COMMON.MAXGRAD
-rw-r--r-- 634 COMMON.MCE
-rw-r--r-- 4154 COMMON.MCM
-rw-r--r-- 1449 COMMON.MD
-rw-r--r-- 4629 COMMON.MD.org
-rw-r--r-- 241 COMMON.MINIM
-rw-r--r-- 432 COMMON.MUCA
-rw-r--r-- 292 COMMON.NAMES
-rw-r--r-- 157 COMMON.PMF
-rw-r--r-- 1224 COMMON.QRESTR
-rw-r--r-- 1747 COMMON.REMD
-rw-r--r-- 263 COMMON.SAXS
-rw-r--r-- 1594 COMMON.SBRIDGE
-rw-r--r-- 919 COMMON.SCCOR
-rw-r--r-- 123 COMMON.SCROT
-rw-r--r-- 1068 COMMON.SETUP
-rw-r--r-- 632 COMMON.SHIELD
-rw-r--r-- 103 COMMON.SPLITELE
-rw-r--r-- 327 COMMON.THREAD
-rw-r--r-- 1932 COMMON.TIME1
-rw-r--r-- 876 COMMON.TORCNSTR
-rw-r--r-- 3050 COMMON.TORSION
-rw-r--r-- 1220 COMMON.VAR
-rw-r--r-- 152 COMMON.VECTORS
-rw-r--r-- 6805 DIMENSIONS
-rw-r--r-- 3392 DIMENSIONS.2100
-rw-r--r-- 3392 DIMENSIONS.4100
-rw-r--r-- 133 DIMENSIONS.PMF
-rw-r--r-- 99059 MD_A-MTS.F
-rw-r--r-- 4285 MD_A-MTS.T
-rw-r--r-- 4285 MD_A-MTS.Tfe
-rw-r--r-- 0 MD_A-MTS.optrpt
-rw-r--r-- 20221 MP.F
-rw-r--r-- 62347 MREMD-permut.F
-rw-r--r-- 67994 MREMD.F
-rw-r--r-- 38902 MREMD.F.drabinka
-rw-r--r-- 29437 MREMD_nosy1traj.F
lrwxrwxrwx 27 Makefile -> Makefile_MPICH_ifort-tryton
-rw-r--r-- 4051 Makefile-okeanos
-rw-r--r-- 3777 Makefile.old
-rw-r--r-- 3991 Makefile_MPICH_gfortran
-rw-r--r-- 4403 Makefile_MPICH_ifort
-rw-r--r-- 7609 Makefile_MPICH_ifort-okeanos
-rw-r--r-- 6336 Makefile_MPICH_ifort-piasek
-rw-r--r-- 6917 Makefile_MPICH_ifort-prometheus
-rw-r--r-- 6858 Makefile_MPICH_ifort-tryton
-rw-r--r-- 3427 Makefile_MPICH_pgf90
-rw-r--r-- 4462 Makefile_bluegene
-rw-r--r-- 3667 Makefile_single_gfortran
-rw-r--r-- 3853 Makefile_single_ifort
-rw-r--r-- 4417 PMFprocess.F
-rw-r--r-- 161 README
-rw-r--r-- 184 TAU
-rwxr-xr-x 360 TAU_setup.sh
-rw-r--r-- 471 TODO.AFTER.CASP14
-rw-r--r-- 6899 WHAM_q-single.f
-rw-r--r-- 655 WVRND
-rw-r--r-- 1871 a
-rw-r--r-- 516 add.f
-rw-r--r-- 246 arcos.f
-rw-r--r-- 2463 b
-rw-r--r-- 1983 banach.f
-rw-r--r-- 31038 bank.F
-rw-r--r-- 435 big-sizes
-rw-r--r-- 14886 blas.f
-rw-r--r-- 3506 bond_move.f
-rw-r--r-- 3404 boxshift.f
-rw-r--r-- 10882 brown_step.F
-rw-r--r-- 11175 cart2intgrad.F
-rw-r--r-- 10644 cartder.F
-rw-r--r-- 13388 cartder.F.org
-rw-r--r-- 8530 cartder.F.orig
-rw-r--r-- 4486 cartder.T
-rw-r--r-- 4486 cartder.Tfe
-rw-r--r-- 654 cartprint.f
-rw-r--r-- 4552 chain_symmetry.F
-rw-r--r-- 18896 chainbuild.F
-rw-r--r-- 729 check_bond.f
-rw-r--r-- 5104 check_cartgrad.F
-rw-r--r-- 8476 check_ecartint_CASC_NC.F
-rw-r--r-- 1307 check_sc_distr.f
-rw-r--r-- 1747 check_sc_map.f
-rw-r--r-- 2833 check_vecgrad.F
-rw-r--r-- 18786 checkder_p.F
-rw-r--r-- 2779 checkvar.f
-rw-r--r-- 6357 common.size
-rw-r--r-- 6004 common.size.orig
-rw-r--r-- 6261 compare_s1.F
-rw-r--r-- 2113 compinfo.c
-rw-r--r-- 6274 contact.f
-rw-r--r-- 27704 contact_cp.F
-rw-r--r-- 5476 contact_cp2.F
-rw-r--r-- 5853 convert.f
-rw-r--r-- 4509 cored.T
-rw-r--r-- 4509 cored.Tfe
-rw-r--r-- 103531 cored.f
-rw-r--r-- 10341 csa.f
-rw-r--r-- 124147 dfa.F
-rw-r--r-- 691 diff12.f
-rw-r--r-- 6137 dihed_cons.F
-rw-r--r-- 11101 distfit.f
-rw-r--r-- 7649 djacob.f
-rw-r--r-- 3288 econstr_local.F
-rw-r--r-- 13040 econstr_qlike
-rw-r--r-- 5720 econstr_qlike.F
-rw-r--r-- 4316 econstr_qlike.T
-rw-r--r-- 4316 econstr_qlike.Tfe
-rw-r--r-- 5438 econstrq-PMF.F
-rw-r--r-- 4797 econstrq.F
-rw-r--r-- 18963 ecorr_num.f
-rw-r--r-- 116307 edif
-rw-r--r-- 8674 eelec.F
-rw-r--r-- 37044 eelecij.F
-rw-r--r-- 31064 eelecij_scale.F
-rw-r--r-- 74411 eigen.f
-rw-r--r-- 16260 elecont.f
-rw-r--r-- 86949 energy_p_new-sep.F
-rw-r--r-- 116360 energy_p_new-sep_barrier.F
-rw-r--r-- 0 energy_p_new-sep_barrier.optrpt
-rw-r--r-- 489872 energy_p_new_barrier.F
-rw-r--r-- 483499 energy_p_new_barrier.F.chuj
-rw-r--r-- 488523 energy_p_new_barrier.F.safe
-rw-r--r-- 4563 energy_p_new_barrier.T
-rw-r--r-- 4563 energy_p_new_barrier.Tfe
-rw-r--r-- 0 energy_p_new_barrier.optrpt
-rw-r--r-- 21227 energy_split-sep.F
-rw-r--r-- 24480 entmcm.F
-rw-r--r-- 6054 env.log
-rwxr-xr-x 14395 fdiag.f
-rwxr-xr-x 14209 fdisy.f
-rw-r--r-- 24025 fitsq.f
-rw-r--r-- 1544 gauss.f
-rw-r--r-- 34366 gen_rand_conf.F
-rw-r--r-- 12929 gen_rand_conf_mchain.F
-rw-r--r-- 19431 geomout.F
-rw-r--r-- 2347 gnmr1.f
-rw-r--r-- 14123 gradient_p.F
-rw-r--r-- 14634 gradient_p.F.new
-rw-r--r-- 15869 gradient_p.F.org
-rw-r--r-- 16029 gradient_p.F.org.debug
-rw-r--r-- 0 gradient_p.optrpt
-rw-r--r-- 1986 indexx.f
-rw-r--r-- 1470 inform.f
-rw-r--r-- 1123 inform.mod
-rw-r--r-- 57882 initialize_p.F
-rw-r--r-- 8252 int_from_cart.F
-rw-r--r-- 11508 int_to_cart.f
-rw-r--r-- 29633 intcartderiv.F
-rw-r--r-- 2992 intcor.f
-rw-r--r-- 798 iounit.f
-rw-r--r-- 377 iounit.mod
-rw-r--r-- 383 iperm.f
-rw-r--r-- 167 isnan.f
-rw-r--r-- 937 keys.f
-rw-r--r-- 607 keys.mod
-rw-r--r-- 3460 kinetic_CASC.F
-rw-r--r-- 6805 kinetic_lesyng.F
-rw-r--r-- 3259 kinetic_lesyng.F.safe
-rw-r--r-- 36112 lagrangian_lesyng.F
-rw-r--r-- 0 lagrangian_lesyng.optrpt
-rw-r--r-- 13002 lbfgs.F
-rw-r--r-- 1178 linmin.f
-rw-r--r-- 727 linmin.mod
-rw-r--r-- 27636 lista.txt
-rw-r--r-- 26757 local_move.f
-rwxr-xr-x 202 machpd.f
-rw-r--r-- 85671 make-tau.log
-rw-r--r-- 44851 make_xx_list.F
-rw-r--r-- 2973 map.F
-rw-r--r-- 1619 math.f
-rw-r--r-- 1456 math.mod
-rw-r--r-- 440 matmult.f
-rw-r--r-- 29948 mc.F
-rw-r--r-- 51698 mcm.F
-rw-r--r-- 17531 minim_jlee.F
-rw-r--r-- 6159 minim_mcmf.F
-rw-r--r-- 999 minima.f
-rw-r--r-- 557 minima.mod
-rw-r--r-- 29411 minimize_p.F
-rw-r--r-- 6341 misc.f
-rw-r--r-- 0 module
-rw-r--r-- 21213 moments.F
-rw-r--r-- 4737 moments.T
-rw-r--r-- 4737 moments.Tfe
-rw-r--r-- 9786 muca_md.F
-rw-r--r-- 2352 mygauss.f
-rw-r--r-- 70000 newconf.f
-rw-r--r-- 6952 optsave.f
-rw-r--r-- 157 optsave_dum.f
-rw-r--r-- 3018 orig_frame_chain.F
-rw-r--r-- 1376 output.f
-rw-r--r-- 919 output.mod
-rw-r--r-- 73117 parmread.F
-rw-r--r-- 1172 permut.F
-rw-r--r-- 1325 permut.F.old
-rw-r--r-- 941 pinorm.f
-rw-r--r-- 473 printmat.f
-rw-r--r-- 58200 prng_32.F
-rw-r--r-- 2196 proc_proc.c
-rw-r--r-- 17589 q_measure-02.F
-rw-r--r-- 8819 q_measure.F
-rw-r--r-- 15727 q_measure1.F
-rw-r--r-- 17617 q_measure3.F
-rw-r--r-- 3712 ran.f
-rw-r--r-- 2387 randgens.f
drwxr-xr-x - random_multi_chain
-rw-r--r-- 20312 rattle.F
-rw-r--r-- 24704 read_constr_homology.F
-rw-r--r-- 23447 readpdb-mult.F
-rw-r--r-- 12588 readpdb.F
-rw-r--r-- 10045 readpdb_template.F
-rw-r--r-- 141514 readrtns_CSA.F
-rw-r--r-- 4525 readrtns_CSA.T
-rw-r--r-- 4525 readrtns_CSA.Tfe
-rw-r--r-- 2276 refsys.f
-rw-r--r-- 2603 regularize.F
-rw-r--r-- 649 rescode.f
-rw-r--r-- 13885 restbin2asc.F
-rw-r--r-- 4585 rmdd.f
-rw-r--r-- 6861 rmscalc.F
-rw-r--r-- 2387 rmsd.F
-rw-r--r-- 1878 sc_minimize.F
-rw-r--r-- 30364 sc_move.F
-rw-r--r-- 859 scales.f
-rw-r--r-- 458 scales.mod
-rw-r--r-- 10495 search.f
-rw-r--r-- 871 select.tau
-rw-r--r-- 1657 seq2chains.f
-rw-r--r-- 3229 shift.F
-rw-r--r-- 3392 sizes.i
-rw-r--r-- 15786 sort.f
-rw-r--r-- 68900 ssMD.F
-rw-r--r-- 24805 stochfric.F
-rw-r--r-- 57498 sumsld.f
-rw-r--r-- 14217 surfatom.f
-rw-r--r-- 3072 tau.options
-rw-r--r-- 53455 test.F
-rw-r--r-- 2212 thermo_length.f
-rw-r--r-- 17601 thread.F
-rw-r--r-- 12837 timing.F
-rw-r--r-- 39055 together.F
-rw-r--r-- 28490 unres.F
lrwxrwxrwx 14 xdrf -> ../../lib/xdrf