working martini
[unres4.git] / PARAM /
drwxr-xr-x   ..
-rw-r--r-- 2099 1b5c.cart
-rw-r--r-- 2099 1bgh.cart
-rw-r--r-- 2246 1ctt02.cart
-rw-r--r-- 1590 1igd.cart
-rw-r--r-- 3074 1igf.cart
-rw-r--r-- 67209 25_06_23_ions_wat.parm
-rw-r--r-- 462 DNA-PROT_pepbase.parm
-rw-r--r-- 59 DNA-PROT_peppho.parm
-rw-r--r-- 19031 DNA-PROT_scbase.parm
-rw-r--r-- 17429 DNA-PROT_scbase.parm.bak
-rw-r--r-- 3665 DNA-PROT_scpho.parm
-rw-r--r-- 2070 DNA_PROT_pepbase.parm2
-rw-r--r-- 82350 DNA_PROT_scbase.parm2
-rw-r--r-- 0 DUMMY
-rw-r--r-- 53924 K_fin.parm
-rw-r--r-- 305 Lip_tran_initial2_ext.parm
-rw-r--r-- 305 Lip_tran_initial5_ext.parm
-rw-r--r-- 326 Lip_tran_initial_ext.parm
-rw-r--r-- 326 Lip_tran_initial_ext2.parm
-rw-r--r-- 181440 SC_MAR_WAT_AA_040623.parm
-rw-r--r-- 10901 SC_WAT_VAC_AA.parm
-rw-r--r-- 1940 TiO2_fin.parm
-rw-r--r-- 104546 WATWAT_Voth.parm
-rw-r--r-- 280 aa
-rw-r--r-- 920 alaala.dihed
-rw-r--r-- 920 alagly.dihed
-rw-r--r-- 920 alapro.dihed
-rw-r--r-- 122 angle_06292011.parm
-rw-r--r-- 2612 base-GB-Yi-20110420-corr-thermo-pp.parm
-rw-r--r-- 2612 base-GB-Yi-20110420-corr.parm
-rw-r--r-- 2612 base-GB-Yi-adasko-test.parm
-rw-r--r-- 850 bond.parm
-rw-r--r-- 286 bond_06302011.parm
-rw-r--r-- 1774 bond_AM1.parm
-rw-r--r-- 2117 bond_AM1_ext.parm
-rw-r--r-- 2406 bond_AM1_ext_dum.parm
-rw-r--r-- 1016 bond_ext.parm
-rw-r--r-- 256 bond_nucl.parm
-rw-r--r-- 3772 cation_nucl_param.parm
-rw-r--r-- 328 cation_param.parm
-rw-r--r-- 20400 cend.3.45.parm
-rw-r--r-- 20400 contact.3.parm
-rw-r--r-- 58752 contact_ext.3.parm
-rw-r--r-- 197 electr.parm
-rw-r--r-- 197 electr1.parm
-rw-r--r-- 197 electr_631Gdp.parm
-rw-r--r-- 197 electr_631Gdp_ext.parm
-rw-r--r-- 197 electr_cryst.parm
-rw-r--r-- 678 fourier_631Gdp-AAAA-G-P.parm
-rw-r--r-- 610 fourier_GAP.parm
-rw-r--r-- 661 fourier_loc_fit.parm
-rw-r--r-- 524 fourier_loc_newfit_test.parm
-rw-r--r-- 877 fourier_opt.parm.1e0l_1enh_PAR5-Sq2-11-class2_sccum_q1_shan8r
-rw-r--r-- 877 fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
-rw-r--r-- 877 fourier_opt.parm.1igd_iter7n_c
-rw-r--r-- 6214 fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
-rw-r--r-- 877 fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
-rw-r--r-- 877 fourier_opt_iter0_7prot-eps.parm
-rw-r--r-- 877 fourier_opt_iter1_7p_old-ext.parm
-rw-r--r-- 920 glyala.dihed
-rw-r--r-- 920 glygly.dihed
-rw-r--r-- 920 glypro.dihed
-rw-r--r-- 55827 ions_fin.parm
-rw-r--r-- 55870 ions_fin_08_02_2022.parm
-rw-r--r-- 55868 ions_fin_21_02_22.parm
-rw-r--r-- 55869 ions_fin_23_02_22.parm
-rw-r--r-- 55827 ions_fin_4_12_20.parm
-rw-r--r-- 55833 ions_fin_OLD.parm
-rw-r--r-- 3884 lipid_LJ_nonbond.parm
-rw-r--r-- 1754 lipids_bonds_DryMartini.parm
-rw-r--r-- 1803 lipids_bonds_Martini.parm
-rw-r--r-- 3604 lipids_dryMARTINI_nonbond.parm
-rw-r--r-- 2646 nmr.parm
-rw-r--r-- 6000 odc.parm
-rw-r--r-- 8212 omicron_AM1.parm-04
-rw-r--r-- 322949 p1fc1.pdbdata
-rw-r--r-- 97524 p5pti.pdbdata
-rw-r--r-- 1516759 patterns.cart
-rw-r--r-- 2181 patterns.cart.ptf
-rw-r--r-- 1710 patterns.cart_1mjc
-rw-r--r-- 907 patterns.cart_1ppt
-rw-r--r-- 1394 patterns.cart_1rop
-rw-r--r-- 1418 patterns.cart_1shg
-rw-r--r-- 1914 patterns.cart_1ubq
-rw-r--r-- 1914 patterns.cart_4icb
-rw-r--r-- 1330 patterns.cart_8rxn
-rw-r--r-- 5562 patterns_old.cart
-rw-r--r-- 62694 pdb1bgh.ent
-rw-r--r-- 195372 pdb1fc2.ent
-rw-r--r-- 68283 pdb1ptf.ent
-rw-r--r-- 41472 pdb1shg.ent
-rw-r--r-- 79218 pdb3b5c.ent
-rw-r--r-- 518753 pot_theta_G631_DIL.parm
-rw-r--r-- 518769 pot_theta_G631_DIL_ext.parm
-rw-r--r-- 10857 pot_tor_G631_DIL.parm
-rw-r--r-- 10871 pot_tor_G631_DIL_ext.parm
-rw-r--r-- 368850 pot_tord_G631_DIL.parm
-rw-r--r-- 368850 pot_tord_G631_DIL_ext.parm
-rw-r--r-- 920 proala.dihed
-rw-r--r-- 920 progly.dihed
-rw-r--r-- 920 propro.dihed
-rw-r--r-- 1183 prota.cart
-rw-r--r-- 1475 proteing.cart
-rw-r--r-- 45 psb.parm
-rw-r--r-- 460 rotamers_06292011.parm
-rw-r--r-- 11859 rotamers_AM1_aura.10022007.parm
-rw-r--r-- 11867 rotamers_AM1_aura.parm_new
-rw-r--r-- 16166 rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
-rw-r--r-- 460 rotamers_nucl.parm
-rw-r--r-- 75602 rotcorr_AM1.parm
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.1e0g-52-17k-2k-newclass-shan1e9_gap8g-sc
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.1e0l_1enh_PAR5-Sq2-11-class2_sccum_q1_shan8r
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.1e0l_MD_iter2_4T_hier3_allr
-rw-r--r-- 5915 sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.1igd_hnc_iter8scsc_8nn1
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.3P7_iter81_1r
-rw-r--r-- 5884 sc_GB_opt.4P5_iter33_3r
-rw-r--r-- 8076 sc_GB_opt_ext.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
-rw-r--r-- 12633 sc_GB_opt_iter0_7prot-eps_ext_lip.parm
-rw-r--r-- 14175 sc_GB_opt_iter1_7p_old-ext_lip.parm
-rw-r--r-- 43575 sc_PHYS.parm
-rw-r--r-- 303654 sccor_am1_pawel.dat
-rw-r--r-- 303673 sccor_am1_pawel_ext.dat
-rw-r--r-- 27494 sccor_pdb_shelly.dat
-rw-r--r-- 27502 sccor_pdb_shelly_ext.dat
-rw-r--r-- 11724 scgauss.parm
-rw-r--r-- 10200 scgauss.parm.old
-rw-r--r-- 16213 scgauss_ext.parm
-rw-r--r-- 5878 scinter_BP.parm
-rw-r--r-- 5928 scinter_GB.parm
-rw-r--r-- 6283 scinter_GBV.parm
-rw-r--r-- 8077 scinter_GB_ext.parm
-rw-r--r-- 15568 scinter_GB_ext_lip.parm
-rw-r--r-- 15568 scinter_GB_ext_lip_nano.parm
-rw-r--r-- 4662 scinter_LJ.parm
-rw-r--r-- 5067 scinter_LJK.parm
-rw-r--r-- 1427 scinter_ME.parm
-rw-r--r-- 1380 scp.parm
-rw-r--r-- 1864 scp_ext.parm
-rw-r--r-- 107405 scparm.adam_10_11_2018_Debay
-rw-r--r-- 107121 scparm.adam_10_11_2018_Debay_half
-rw-r--r-- 107159 scparm.adam_10_11_2018_Debay_octa
-rw-r--r-- 107141 scparm.adam_10_11_2018_Debay_quat
-rw-r--r-- 107412 scparm.adam_12_05_2021
-rw-r--r-- 113078 scparm.adam_24_08_12021
-rw-r--r-- 108964 scparm.adam_30_10_2013
-rw-r--r-- 98821 scparm.adam_30_10_2013_Debay
-rw-r--r-- 60328 scparm.momo
-rw-r--r-- 115264 theta_abinitio.parm
-rw-r--r-- 546693 theta_abinitio_old_ext.parm
-rw-r--r-- 1783 theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
-rw-r--r-- 4680 thetaml.5parm
-rw-r--r-- 6317 thetaml_ext.5parm
-rw-r--r-- 13135 tor_opt_iter0_7prot-eps.parm
-rw-r--r-- 9081 tor_opt_iter1_7p_old-ext.parm
-rw-r--r-- 3655 torsion.parm
-rw-r--r-- 125 torsion_06292011.parm
-rw-r--r-- 4413 torsion_631Gdp.parm
-rw-r--r-- 8955 torsion_631Gdp_old.parm
-rw-r--r-- 8969 torsion_631Gdp_old_ext.parm
-rw-r--r-- 3679 torsion_F.parm
-rw-r--r-- 3153 torsion_abinitio.parm
-rw-r--r-- 21450 torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
-rw-r--r-- 3257 torsion_bias.parm
-rw-r--r-- 3257 torsion_cryst.parm
-rw-r--r-- 26 torsion_d.parm
-rw-r--r-- 29042 torsion_double_631Gdp.parm
-rw-r--r-- 61347 torsion_double_631Gdp_old.parm
-rw-r--r-- 61347 torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
-rw-r--r-- 42952 torsion_double_abinitio.parm
-rw-r--r-- 4906 torsion_ecepp.parm
-rw-r--r-- 1455 tube_carbonano2.parm
-rw-r--r-- 1455 tube_carbonano3.parm
-rw-r--r-- 4037 xlinks_parameters.dat
-rw-r--r-- 759 zn-param