install doc \7fumentation files

added CMake build + fixed gfortran build

Merge branch 'devel' into feature-ga

added -cpp flag to force preprocesing for all files in gfortran

Moved ifdef MOMENT part from COMMON.CONTACTS to COMMON.CONTACTS.MOMENT and aplied preprocesor directives

enable compiler preprocesor flags for non-standard files (COMMON.*) in gfortran for cmake

added source/cluster/wham/src/gnmr1.f to cmake build

added gnmr1.f to sources in cmake builds

fixed merge conflict in readrtns_csa.F

fixed source/xdrfpdb/src-M/xdrf2pdb-m.F

fixed merge renamed source file: newconf.f is now newconf.F

resolving merge conflicts

Merge branch 'devel' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into devel
merge adam->devel (2nd attempt)
Conflicts:
.gitignore
bin/unres/MD/unres_ifort_MPICH_GAB.exe
examples/unres/MD/ff_gab/1L2Y_minim.inp
source/cluster/wham/src/DIMENSIONS.COMPAR
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.INTERACT
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.SBRIDGE
source/cluster/wham/src/include_unres/COMMON.TORSION
source/unres/src_MD/cinfo.f
source/unres/src_MIN/Makefile
source/xdrfpdb/src-M/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf
source/xdrfpdb/src/xdrf2ang.f
source/xdrfpdb/src/xdrf2pdb-m.F

Merge branch 'adam' into devel
Merging adam with devel
Conflicts:
source/unres/src_CSA/readrtns_csa.F

fixed indent for gfortran build in source/unres/src_MD/parmread.F

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

removed MPI form CMakeLists.txt in xdrfpdb
more verbose output in xdrf2pdb-m.F

unified .gitignore

Merge branch 'adasko' into devel

Conflicts:
.gitignore

poprawka gitignore

zmiana w git ignore

zmiany po usunieciu diagnostyki...

6/15/2012 by Adam
Minor changes; linked parallal Makefile in CSA

dzialajacy grad check....

6/14/12 by Adam: unnecessary files deleted

6/14/12 by Adam - changes committed

6/14/2012 by Adam
1. Fixed a bug in the minimization in angles im all versions; varia
was a simple variable in the calling and a vector in the called subroutine.
2. Removed (wrong) temperature scaling in the CSA snd in the MD version.
3. Added selection of printout information in SUMSL.

Dzialajacy INTERTYP=1 i INTERTYP=2

6/11/2012 by Adam
Yet another revision of xdrf2pdb-m. Error detected in description; directory src-M all pertains to
multi-chain systems (but the programs can also be used for single-chain systems). xdrf2pdb-m for
single-chain systems is in src

6/11/2012 by Adam
xdrf-m corrected (list of arguments); changes in manual required!

fixed iblnk in xdrf2ang

added ctests for xdrf2ang

fix of malloc in xdrf2pdb-m

fix of xdrf2ang

DFA is switched off by default

6/11/2012 Changes of the CSA version

6/11/2012 Update of the CSA version

added ctest/1LE1_mremd_MD000.cx for xdrf2pdb-m testing

xdrf2pdb programs doesn't require MPI so MPI-flags ware removed

added ctests for xdrf2pdb (one & three letter sequence )

UNRES single MD for MPI ctest file permissions fix

UDALO SIE TERAZ DEBUG

added MPI ctest for unres single MD

kolejna

zmienionwe zostaly i zostal chyba tylko int to cart deriv

sadas

5/29/2012 by Adam

1. Fixed NaNs in wham (more stable computation of window free energies).
2. Minor fixes in cluster
3. Added exmaple with minimization in MD examples

compile_definitions workaround (cmake does not pass it to last file on list) for  unres/src_MD-M/CMakeLists.txt

included  <stdio.h> in proc_proc.c

sscanf EOF fix in source/wham/src-M/proc_proc.c

closing ascii art frames in  energy_p_new.F

flags typo fix

added header for proc_proc.c

wham compinfo EOF fix

EOF warning fix

compinfo.c rewrite

void cast on fgets & fscanf in compinfo.c

compinfo.c warning supresion

gfortran fix for cluster/wham/src build

gfortran proc_proc.c build flags fix in source/cluster/wham/src-M

integer overflow fixed in xdrf2x.F

more xdrfpdb fixes for gfortran build

gfortran patch for   xdrf2ang.f

added missing source cluster/wham/src-M

cluster/wham  hc.f gfortran fix

include typo fixed + cleanup

5/20/2012 by Adam
1. Added distance restraints to wham and cluster
2. Fixed the bug in angle restraints to wham and added angle restraints to cluster
3. Introduced more stable procedure to calculate the dependence of ensemble averages on temperature in wham (for each temperature the lowest "free energy" is a reference to compute Boltzmann factors)

deleted:    PARAM/1igd.cart~

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

fixed ascii art frames in  source/cluster/wham/src-M/energy_p_new.F

Merge branch 'devel' of mmka:unres into devel

an example for MIN only version of unres, corrected paths in Makefile

Merge branch 'feature-cmake' into devel

another ascii art frame fix

fix for gfortran build of source/cluster/unres

fixed typo

added CMake files to build cluster/wham/src-M

added missig wham/src-M source files to cmake build

Added CMake files for building source/wham/src-M

ascii frames closed:   unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
ascii frames closed:   wham/src/energy_p_new.F

1) ASCII art frame fix in unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
2) added gfortran build flags for wham/src

added cmake files to build source/wham/src under ifort

fixed more typos

fixed typo

prng_32.F/prng.f fix for intel compiler

1) moved xdrf library to source/lib/xdrf - CMake files link this location when required by build binaries (Makefiles dont!)
2) added cmake files for building source/xdrfpdb/src and  source/xdrfpdb/src-M

5/13/2012 by Adam
Minor bugs in the code related to distance restraints fixed: readrtns.F

linking pthreads for unres/src_MIN

5/13/2012 by Adam

1. Added options to run simulations with NMR-type distance restraints;
introduced array dhpb1 to store right borders of distance restraints
(left borders stored in dhpb, if dhpb1(i).eq.0 ith restraint is harmonic type,
> 0, quartic (NMR-like) type).

2. Added option to imposed either Calpha or SC (Cbeta) restraints; the pertinent
array is ibecacarb.

3. The above changes have been introduced in readrtns.F and energy_p_new_barrier.F
Cleaned excessive output in MREMD.F (energies at exchange)

4. prng.f replaces prng_32.F in Intel Makefiles; program hangs up with prng_32

modified:   energy_p_new_barrier.F - closed ascii art frames
modified:   ../src_MD-M/together.F - changed imax to overcome aretmitic overflow bug in gfortran

Additional MPI libraries search path added

fix of production code that requires MPI

added/modified CMake files for all subdirs in source/unres + junkfiles cleanup

added piasek cluster specific compile conditioning in main cmake file

closing asci-art frames in energy_p_new_barrier.F files removed some warnings in gfortran

fixes for unres/src_MIN build in ifort

- added UNRES Multichain examples
- CMake for src_MIN
- junkfiles cleanup

added 32/64-bit architecture detection

deleted:    source/unres/src_MD-M/xdrf_em64/libxdrf.m4~

5/10/2012 by Adam
1. Added C-shell scripts for the GAB and E0LL2Y force field
2. Added examples for multichain calculations