ctest dfa and homology

ctest corrections

ctest minim cart test not working for prota.pdb using prota_unres.pdb

ctest checkgrad added

 checkgrad after minim with return code <> 4

cluster wham src-M corrections to match unres energy

wham src-M corrections to match unres energy

checkgrad_inc added to input for checkgrad cart

homology dihederal i-3 gradient correction src_MD

homology dihederal i-3 gradient correction

fix checkgrad usampl conflict with homology

corrections to numerical and sccor analytical gradient

energy of unres src_MD-M match prerelease

wham and cluster must be changed asap

increase to 20 max nset waga_homology(20)

HOMOL_NSET in wham input keyword correction

Lorentzian restraints on distances in cluster_wham

Lorentzian restraints on distances in wham

Lorenz restraints on distances

multichain debug print removed (no fort.2 file)

multichain maxres=1000

wham also in single chain ignores conf. energies>10E6

correction for idihconstr_end_homo, no differ in wham now

multichain wham and cluster_wham use readpdb_template

reading of pdb templates the same as in unres/remd code
no diff in energy in wham now
no DEBUG in MREMD to save output space

correction to the last commit - cleaning of homo restraints

multichain wham ignores conf. energies>10E6 and speed up of starts
with homo restraints

single chain correction of dihedral homology restraints phi(i+3)

unres src_MD max_template=25

intel compiler option correction for wham/src-M

minim and preminim in cart for large proteins

start_from_models working with multichain

correction of dihedral homology restraints phi(i+3)

MaxT_h=36

the first working version of multichain homology

energy is consistend for unres, wham and cluster
but is not the same as for single chain unres

PARAM update ext

PARAM update ext

update of PARAM - new maxliq and ext for src-M parameters

updates from src_MD to src_MD-M for unres

dfa wham and cluster corrections

read2sigma in wham and cluster_wham

some other changes for dfa and energy to match unres

DIST2_CUT correction

affects also different set of restraints from different models
without DIST2_CUT

next correction to last commit with DIST2_CUT

correction to last commit with DIST2_CUT

DIST2_CUT introduced for homology to remove restraints

ctest -DUNRES_MPIRUN=1 for tryton

sigma read from *.sco without 0.5d0*(rescore_tmp+0.5d0)

mremd with homology constrains can start each replica from random model

add keyword START_FROM_MODELS, works only with READ2SIGMA
and without rest on MD keyword card

ctest for src-M are off

multichain uses different parameter files

ctest for empty stat files

unres_pdb last dummy residue corrected as in prerelease

ctest copied from prerelease

cmake -DUNRES_DFA to switch on DFA in unres

constr_homol corrections in wham and cluster_wham to match unres energy

wham corrections

first and last GLY in seq gives correct energy in unres and wham

Conflicts:

source/cluster/wham/src-M/readrtns.F

arcos = 0.5D0*(PI-DSIGN(1.0D0,X)*PI)

Adam's corrections to wham

Adam's changes to wham and cluster following previous commit

XG.. and ..GX sequence is automatically corrected

also in cluster_wham it is possible to select number of clusters
instead of cutoff

Adam's changes to avoid wrong XG.. or ..GX sequence input

max_template instead of fix number 19 in wham and cluster

corrections to changes form nostromo

changes from nostromo

default iset in cluster_wham set to 1

some corrections to previous commit from nostromo

now compiles on piasek4 with ifort

Adam's changes from nostromo to wham with homology

correction for homol_nset>1 and waga_homology(iset)=0 to prevent sigsegv

compilation of large cluster_wham with -mcmodel=medium -shared-intel

compilation of large wham with -mcmodel=medium -shared-intel

correction to cluter_wham

cleaning (links and backup files)

 wham with mpich2 (no aliasing) and new dimenstions

max_template=25

 all CMakeLists.txt updated with corrected names and directories

correction - adding ehomology_constr

Ehomology printout with PRINT_COMPON

timlim function ovrtim only on master and MPI_Bcast

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

CONSTR_HOMOL in mutlichain, debug and output cleaning

printmat added to cmake

ENERGY_DEC printout works for ESTR

ENERGY_DEC printout works for ebend in E0LL2Y forcefield

preminim in multichain code

changes to avoid problems with MPI_Scatterv in mpich2 for FGPROC>1

Adasko's changes to ebend

energy_dec works with etors_d

unres src_MD-M from branch Multichain

cmake is working for cluster_unres

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Added main_clust.F

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

cutoff for dfa beta formation to speed up calculations

Added newly created cluster exe and makefile

Minor change in unres-cluster DIMENSIONS

Cluster/unres modified to read MD coordinates in CX format, also from multiple files.

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

read2sigma - now without this option code works as before

pulled readrtns

restoring read2sigma code after wrong merge

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/readrtns.F
resolved

new format of read2sigma *sco files (res number in 1st column)
and correction for Gly as 1st residue

Merge branch 'homology' of mmka.chem.univ.gda.pl:unres into homology

Conflicts:
source/unres/src_MD/readrtns.F