if ncolumns==14:
x,y,s,r,ek,rms= np.loadtxt('remd_all.stat',usecols=(11,3,0,13,2,5),unpack=True)
- x0,s0,r0= np.loadtxt('remd_all0.stat',usecols=(11,0,13),unpack=True)
+ x0,s0,r0,rms0= np.loadtxt('remd_all0.stat',usecols=(11,0,13,5),unpack=True)
else:
x,y,s,r= np.loadtxt('remd_all.stat',usecols=(7,3,0,9),unpack=True)
x0,s0,r0= np.loadtxt('remd_all0.stat',usecols=(7,0,9),unpack=True)
plt.xlabel('step*replica')
plt.ylabel('rmsd')
for i in replica:
- yt=rms[r==i]
- xt=(s+r*max(s))[r==i]
- tt=x[r==i]
+ yt=rms0[r0==i]
+ xt=(s0+r0*max(s0))[r0==i]
+ tt=x0[r0==i]
plt.scatter(xt,yt,c=tt,edgecolors='face',s=0.1,cmap=cm.rainbow,vmin=Tremd[0],vmax=Tremd[-1])
plt.xlim(0,max(s)+max(s)*max(r))
plt.savefig('remd_step_rms.png')
plt.clf()
plt.xlabel('bath temperature [K]')
plt.ylabel('heat capacity')
-plt.xlim(Tremd[0], Tremd[-1])
+plt.xlim(Tremd[0]-10, Tremd[-1]+10)
plt.plot(x,y,'-',color=c)
plt.savefig('remd_cv.png')
plt.clf()
plt.xlabel('bath temperature [K]')
plt.ylabel('average RMSD')
- plt.xlim(Tremd[1]-10, Tremd[-1]+10)
+ plt.xlim(Tremd[0]-10, Tremd[-1]+10)
plt.plot(x,rms,'-')
plt.savefig('remd_rmsd.png')