tutorial update
authorCezary Czaplewski <czarek@chem.univ.gda.pl>
Sat, 2 Dec 2017 19:12:47 +0000 (20:12 +0100)
committerCezary Czaplewski <czarek@chem.univ.gda.pl>
Sat, 2 Dec 2017 19:12:47 +0000 (20:12 +0100)
django_simple/todo/templates/tutorial.html
static/submit.png [new file with mode: 0644]

index 35b8dba..d59175c 100644 (file)
@@ -7,13 +7,14 @@
 In order to submit a job you need to provide its name:</h4>
 <p>
 <img src="static/name.png" style="border:2px solid blueviolet">
-
+<p>
 UNRES server allows three types of simulations: 
-local minimization, molecular dynamics, replica exchange molecular dynamics:
+local minimization, molecular dynamics and replica exchange molecular dynamics:
 <p>
 <img src="static/types.png" style="border:2px solid blueviolet">
 <p>
 Use "Save & submit" button to start calculations.
+<img src="static/submit.png" style="border:2px solid blueviolet">
 <p>
 Use "Refresh" button to check the status of simulation:
 <p>
@@ -22,10 +23,17 @@ Use "Refresh" button to check the status of simulation:
 until
 <img src="static/done.png" style="border:2px solid blueviolet">
 <p>
-
-
-<h4>Use "Load example data" button before submitting calculations 
-to try all examples listed below:</h4>
+The job status information will start from the "waiting in the queue to
+start", then "running" and finally "postprocessing" before "done".
+<p>
+Any single job can by accessed later using the adress of the web page
+displayed after job submission: 
+http://unres-server.chem.ug.edu.pl/details1/570cf15fc638493893ece1f011ea0182/984/
+<br>
+Registered users can save all their jobs and access them  after login.
+<p>
+<h4>You can use "Load example data" button before submitting calculations 
+to try examples listed below:</h4>
 <p>
 <ol>
 <h4><li>Local minimization of protein A (PDB code:1BDD) structure</h4>
@@ -36,14 +44,19 @@ to try all examples listed below:</h4>
     
     <div class="hiders" style="display:none" >
 <p>
+In this example only the PDB code of selected protein (1BDD) is provided
+<p>
 <img src="static/min.png" style="border:2px solid blueviolet">
 
 
-The results of local minimizations show the UNRES model, its total energy 
-and overlap on starting structure:
+The results of local minimizations show the UNRES model of 1BDD protein, 
+its total UNRES energy and overlap on starting structure:
 <p>
 <a href="static/min1.png"><img src="static/min1.png" width="300px"></a>
 <a href="static/min2.png"><img src="static/min2.png" width="300px"></a>
+<p>
+All files generated during calculations 
+can be viewed/download by clicking on "Directory" link.
 </div>
 </div>
 
@@ -75,7 +88,7 @@ RMSD, fraction of native contacts, and CA fluctuations:
 <p>
 Evolution of RMSD, fraction of native contacts and 
 comparison of CA fluctuations to Bfactor is presented
-only when reference structure is provided as in this case.
+only when reference structure is provided as in this example.
 </div>
 </div>
 <hr>
@@ -128,12 +141,12 @@ using new UNRES force field and Berendsen thermostat.
 <script src="/static/jquery.min.js"></script>
 
 <script>
-$('.majorpoints').click(function(){
-    $(this).find('.hiders').toggle();
-    if($(this).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
-        $(this).find('.majorpointslegend').text('Hide');
+$('.majorpointslegend').click(function(){
+    $(this.parentNode).find('.hiders').toggle();
+    if($(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
+        $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Hide');
     }else{
-        $(this).find('.majorpointslegend').text('Show');
+        $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Show');
     }    
 });
 </script>
diff --git a/static/submit.png b/static/submit.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d6f3012
Binary files /dev/null and b/static/submit.png differ