X-Git-Url: http://mmka.chem.univ.gda.pl/gitweb/?a=blobdiff_plain;f=source%2Funres%2Fsrc_MD-M%2Fenergy_p_new_barrier.F;h=f557ebccc9e2f2bc50b187bfec041003932498fd;hb=14b55af23c7da34bfdc10f315551c8e01a3a906a;hp=21c0197e569db32a6032bd2ab15f7daa7c5e0e35;hpb=36865e3203724663beeb1f60abdbafbec07b1019;p=unres.git

diff --git a/source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F b/source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
index 21c0197..f557ebc 100644
--- a/source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
+++ b/source/unres/src_MD-M/energy_p_new_barrier.F
@@ -11536,7 +11536,8 @@ C the vector between center of side_chain and peptide group
      &pept_group(3),costhet_grad(3),cosphi_grad_long(3),
      &cosphi_grad_loc(3),pep_side_norm(3),side_calf_norm(3)
 C the line belowe needs to be changed for FGPROC>1
-      do i=1,nres-1
+      do i=iatscp_s,iatscp_e
+C      do i=1,nres-1
       if ((itype(i).eq.ntyp1).and.itype(i+1).eq.ntyp1) cycle
       ishield_list(i)=0
 Cif there two consequtive dummy atoms there is no peptide group between them
@@ -11729,8 +11730,8 @@ C lets ommit dummy atoms for now
 C now calculate distance from center of tube and direction vectors
       vectube(1)=mod((c(1,i)+c(1,i+1))/2.0d0,boxxsize)
           if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
-      vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxxsize)
-          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+      vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxysize)
+          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
       vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
       vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
 
@@ -11779,8 +11780,8 @@ C      .or.(iti.eq.10)
           vectube(1)=mod(vectube(1),boxxsize)
           if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
           vectube(2)=c(2,i+nres)
-          vectube(2)=mod(vectube(2),boxxsize)
-          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+          vectube(2)=mod(vectube(2),boxysize)
+          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
 
       vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
       vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
@@ -11864,8 +11865,8 @@ C lets ommit dummy atoms for now
 C now calculate distance from center of tube and direction vectors
       vectube(1)=mod((c(1,i)+c(1,i+1))/2.0d0,boxxsize)
           if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
-      vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxxsize)
-          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+      vectube(2)=mod((c(2,i)+c(2,i+1))/2.0d0,boxysize)
+          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
       vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
       vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
 
@@ -11914,8 +11915,8 @@ C in UNRES uncomment the line below as GLY has no side-chain...
           vectube(1)=mod(vectube(1),boxxsize)
           if (vectube(1).lt.0) vectube(1)=vectube(1)+boxxsize
           vectube(2)=c(2,i+nres)
-          vectube(2)=mod(vectube(2),boxxsize)
-          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxxsize
+          vectube(2)=mod(vectube(2),boxysize)
+          if (vectube(2).lt.0) vectube(2)=vectube(2)+boxysize
 
       vectube(1)=vectube(1)-tubecenter(1)
       vectube(2)=vectube(2)-tubecenter(2)
@@ -11937,10 +11938,10 @@ C lipbufthick is thickenes of lipid buffore
          ssgradtube=-sscagradlip(fracinbuf)/tubebufthick
          print *,ssgradtube, sstube,tubetranene(itype(i))
          enetube(i+nres)=enetube(i+nres)+sstube*tubetranene(itype(i))
-         gg_tube_SC(3,i)=gg_tube_SC(3,i)
-     &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
-         gg_tube(3,i-1)= gg_tube(3,i-1)
-     &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
+C         gg_tube_SC(3,i)=gg_tube_SC(3,i)
+C     &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
+C         gg_tube(3,i-1)= gg_tube(3,i-1)
+C     &+ssgradtube*tubetranene(itype(i))
 C         print *,"doing sccale for lower part"
         elseif (positi.gt.buftubetop) then
          fracinbuf=1.0d0-