+ elif 'cd $PBS_O_WORKDIR' in line and instance.type == 'dock':
+ f2.write(line)
+ if instance.dock_peptide:
+ f2.write('../files/generator_v13 plik.pdb plik2.pdb 1 \n')
+ else:
+ f2.write('../files/generator_v13 plik.pdb plik2.pdb 0 \n')
+ f2.write("sed '/END/q' plik.pdb |grep ATOM > plik1ter.pdb \n")
+ f2.write("echo TER >> plik1ter.pdb \n")
+ f2.write("sed '/END/q' plik2.pdb |grep ATOM >> plik1ter.pdb \n")