#PBS -N test
#PBS -q dell
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l walltime=1:00:00

setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`

cd $PBS_O_WORKDIR

setenv POT GB
setenv INPUT cluster
setenv INTIN wham
setenv OUTPUT dimer
setenv PDB CART
setenv COORD CX
setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
#--------------------------------------------------------
setenv CLUSTER_BIN UUU/build/bin/cluster_wham-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe


setenv LD_LIBRARY_PATH /users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH
#-----------------------------------------------------------------------------
setenv DD UUU/PARAM
setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
setenv TORPAR $DD/tor_opt_iter1_7p_old-ext.parm
setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt_iter1_7p_old-ext_lip.parm
setenv FOURIER $DD/fourier_opt_iter1_7p_old-ext.parm
setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
setenv PATTERN $DD/patterns.cart
#setenv PRINT_PARM NO
setenv CONTFUNC GB
setenv SIDEP $DD/contact_ext.3.parm
setenv SCRATCHDIR .


#----------------------------------------------------------------------------
$MPIRUN -rmk pbs $CLUSTER_BIN