#PBS -N test_MREMD #PBS -q infiniband #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=48:00:00 setenv FGPROCS 1 setenv POT GB setenv PREFIX 1L2Y_MREMD setenv OUT1FILE YES #----------------------------------------------------------------------------- setenv UNRES_BIN /users2/emilial/unres_package/bin/unres_GAB_F90_EL.exe #---------------------------------------------------------------------- setenv DD /users2/emilial/unres_devel/unres_MD-M/PARAM #setenv DD /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM setenv BONDPAR $DD/bond_ext.parm setenv THETPAR $DD/thetaml_ext.5parm setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm setenv ROTPAR $DD/scgauss_ext.parm setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt_ext.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3 setenv SCCORPAR $DD/sccor_pdb_shelly_ext.dat setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm setenv PATTERN $DD/patterns.cart #setenv PRINT_PARM NO #----------------------------------------------------------------------------- setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun" setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN