source/wham/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10
  11 # dummy library for automatic dependency
  12 set(UNRES_WHAM_SRC_DATA
  13         wham_data.f90
  14         w_compar_data.f90
  15         w_comm_local.f90
  16 )
  17 set(UNRES_WHAM_SRC0
  18  ../unres/data/names.f90
  19  ../unres/data/io_units.f90
  20  ../unres/data/calc_data.f90
  21  ../unres/data/compare_data.f90
  22  ../unres/data/control_data.f90
  23  ../unres/data/CSA_data.f90
  24  ../unres/data/energy_data.f90
  25  ../unres/data/geometry_data.f90
  26  ../unres/data/MCM_data.f90
  27  ../unres/data/MD_data.f90
  28  ../unres/data/minim_data.f90
  29  ../unres/data/MPI_data.f90
  30  ../unres/data/comm_local.f90
  31  ../unres/math.f90
  32  ../unres/geometry.f90
  33  ../unres/io_base.f90
  34  ../unres/energy.f90
  35  ../unres/control.F90
  36  ../unres/io_config.f90
  37  ../unres/regularize.f90
  38  ../unres/compare.F90
  39  io_database.f90
  40  io_wham.f90
  41  conform_compar.f90
  42  enecalc.f90
  43  wham_calc.f90
  44  work_partition.f90
  45  wham.f90
  46 )
  47
  48
  49 #================================================
  50 # Set compiler flags for different sourcefiles
  51 #================================================
  52 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_RELEASE " ")
  54   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_DEBUG   "-O0 -g ")
  55   set(FFLAGS0 "-fpp -mcmodel=medium -shared-intel " )
  56 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  57   set(FFLAGS0 "-fpp -std=legacy -mcmodel=medium -g ")
  58 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  59   set(FFLAGS0 "-fpp -mcmodel=medium -Mlarge_arrays ")
  60 else ()
  61   set(FFLAGS0 "-fpp -g -mcmodel=medium " )
  62 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  63
  64
  65 #=========================================
  66 # Add MPI compiler flags
  67 #=========================================
  68 if(UNRES_WITH_MPI)
  69   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  70 endif(UNRES_WITH_MPI)
  71
  72 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  73 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC_DATA} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for GAB force field
  77 #=========================================
  78
  79 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  80   # set preprocesor flags
  81   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  82
  83 #=========================================
  84 #  Settings for E0LL2Y force field
  85 #=========================================
  86 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  87   # set preprocesor flags
  88   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  89 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  90   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  91 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  92
  93
  94 #=========================================
  95 # Additional flags
  96 #=========================================
  97 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM_RUN ")
  98
  99
 100 #=========================================
 101 # System specific flags
 102 #=========================================
 103 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 104   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 105 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 106
 107 #=========================================
 108 # Compiler specific flags
 109 #=========================================
 110
 111 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 112   # Add ifort preprocessor flags
 113   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 114 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 115   # Add new gfortran flags
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 117 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 118   # Add old gfortran flags
 119   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 120 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 121   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 122   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 123   list(APPEND UNRES_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 124   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 125 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 126
 127 #=========================================
 128 # Add MPI preprocessor flags
 129 #=========================================
 130 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 131
 132 #=========================================
 133 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 134 #=========================================
 135 if (architektura STREQUAL "64")
 136   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 137 endif (architektura STREQUAL "64")
 138
 139 #=========================================
 140 # Apply preprocesor flags to *.F files
 141 #=========================================
 142 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 143 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC_DATA} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 144
 145 #========================================
 146 #  Setting binary name
 147 #========================================
 148 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 149
 150 #=========================================
 151 # cinfo.f workaround for CMake
 152 #=========================================
 153 # get the current date
 154 TODAY(DATE)
 155 # generate cinfo.f
 156
 157 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f90")
 158 FILE(WRITE ${CINFO}
 159 "! CMake generated file cinfo.f90
 160        subroutine cinfo
 161        use io_units
 162        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 163        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 164 ")
 165
 166 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 167 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 168 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 169 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 170 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 171 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 172 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 173
 174 FILE(APPEND ${CINFO}
 175 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 176        return
 177        end ")
 178
 179 # set include path
 180 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f90 PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 181 #set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_FLAGS "-D${CPPFLAGS}")
 182
 183 #=========================================
 184 # Set full unres CSA sources
 185 #=========================================
 186 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f90 )
 187
 188 #=========================================
 189 # Build the binary
 190 #=========================================
 191 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 192 add_library(wham_data_lib ${UNRES_WHAM_SRC_DATA})
 193 target_link_libraries (UNRES_WHAM_BIN wham_data_lib)
 194 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 195 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 196 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 197
 198 #=========================================
 199 # Link libraries
 200 #=========================================
 201 # link MPI libraries
 202 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 203 # link libxdrf.a
 204 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 205
 206 #=========================================
 207 # Install Path
 208 #=========================================
 209 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 210
 211
 212 #=========================================
 213 # TESTS
 214 #=========================================
 215
 216 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 217   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 218      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 219      set (boot_lam "-boot")
 220   else()
 221      set (boot_lam "")
 222   endif()
 223
 224   if (UNRES_SRUN)
 225    set (np "-n")
 226    set (mpiexec "srun")
 227   elseif(UNRES_MPIRUN)
 228    set (np "-np")
 229    set (mpiexec "mpirun")
 230   else()
 231    set (np "-np")
 232    set (mpiexec "mpiexec")
 233   endif()
 234
 235
 236 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 237 "#!/bin/sh
 238 export POT=GB
 239 export PREFIX=$1
 240 #-----------------------------------------------------------------------------
 241 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 242 #-----------------------------------------------------------------------------
 243 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 244 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 245 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 246 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 247 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 248 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 249 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 250 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 251 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 252 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 253 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 254 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 255 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 256 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 257 export CONTFUNC=GB
 258 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 259 export SCRATCHDIR=.
 260 #-----------------------------------------------------------------------------
 261 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 262 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 263 ./wham_check.sh $1
 264 ")
 265
 266 #
 267 # File permissions workaround
 268 #
 269 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 270         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 271         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 272 )
 273
 274 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 275         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 276         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 277 )
 278
 279 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 280         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 281
 282 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 283         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 284
 285 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 286         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 287
 288
 289 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 290     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 291 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")