source/wham/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for WHAM single chain version
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10
  11 # dummy library for automatic dependency
  12 set(UNRES_WHAM_SRC_DATA
  13         wham_data.F90
  14         w_compar_data.F90
  15         w_comm_local.F90
  16 )
  17 set(UNRES_WHAM_SRC0
  18  ../unres/data/names.F90
  19  ../unres/data/io_units.F90
  20  ../unres/data/calc_data.F90
  21  ../unres/data/compare_data.F90
  22  ../unres/data/control_data.F90
  23  ../unres/data/CSA_data.F90
  24  ../unres/data/energy_data.F90
  25  ../unres/data/geometry_data.F90
  26  ../unres/data/MCM_data.F90
  27  ../unres/data/MD_data.F90
  28  ../unres/data/minim_data.F90
  29  ../unres/data/MPI_data.F90
  30  ../unres/data/comm_local.F90
  31  ../unres/math.F90
  32  ../unres/geometry.F90
  33  ../unres/io_base.F90
  34  ../unres/energy.F90
  35  ../unres/control.F90
  36  ../unres/io_config.F90
  37  ../unres/regularize.F90
  38  ../unres/compare.F90
  39  io_database.F90
  40  io_wham.F90
  41  conform_compar.F90
  42  enecalc.F90
  43  wham_calc.F90
  44  work_partition.F90
  45  wham.F90
  46 )
  47
  48
  49 #================================================
  50 # Set compiler flags for different sourcefiles
  51 #================================================
  52 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  53   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_RELEASE " -CB -g")
  54   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_DEBUG   "-O0 -g -traceback")
  55   set(FFLAGS0 "-fpp -mcmodel=medium -shared-intel  " )
  56 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  57   set(FFLAGS0 "-fpp -std=legacy -mcmodel=medium -g ")
  58 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgF90")
  59   set(FFLAGS0 "-fpp -mcmodel=medium -Mlarge_arrays ")
  60 else ()
  61   set(FFLAGS0 "-fpp -g -mcmodel=medium " )
  62 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  63
  64
  65 #=========================================
  66 # Add MPI compiler flags
  67 #=========================================
  68 if(UNRES_WITH_MPI)
  69   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  70 endif(UNRES_WITH_MPI)
  71
  72 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  73 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC_DATA} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for GAB force field
  77 #=========================================
  78
  79 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  80   # set preprocesor flags
  81   set(CPPFLAGS "PROCOR -DSPLITELE -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  82
  83 #=========================================
  84 #  Settings for E0LL2Y force field
  85 #=========================================
  86 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  87   # set preprocesor flags
  88   set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  89 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "NEWCORR")
  90   # set preprocesor flags
  91   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0  -DNEWCORR -DCORRCD" )
  92 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  93   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  94 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  95
  96
  97 #=========================================
  98 # Additional flags
  99 #=========================================
 100 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DWHAM_RUN ")
 101
 102
 103 #=========================================
 104 # System specific flags
 105 #=========================================
 106 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 107   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 108 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 109
 110 #=========================================
 111 # Compiler specific flags
 112 #=========================================
 113
 114 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 115   # Add ifort preprocessor flags
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 117 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 118   # Add new gfortran flags
 119   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 120 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 121   # Add old gfortran flags
 122   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 123 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgF90")
 124   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 125   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 126   list(APPEND UNRES_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 127   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 128 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 129
 130 #=========================================
 131 # Add MPI preprocessor flags
 132 #=========================================
 133 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMPI")
 134
 135 #=========================================
 136 # Add 64-bit specific preprocessor flags
 137 #=========================================
 138 if (architektura STREQUAL "64")
 139   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DAMD64")
 140 endif (architektura STREQUAL "64")
 141
 142 #=========================================
 143 # Apply preprocesor flags to *.F files
 144 #=========================================
 145 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 146 set_property(SOURCE ${UNRES_WHAM_SRC_DATA} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 147
 148 #========================================
 149 #  Setting binary name
 150 #========================================
 151 set(UNRES_WHAM_BIN "wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 152
 153 #=========================================
 154 # cinfo.f workaround for CMake
 155 #=========================================
 156 # get the current date
 157 TODAY(DATE)
 158 # generate cinfo.f
 159
 160 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.F90")
 161 FILE(WRITE ${CINFO}
 162 "! CMake generated file cinfo.F90
 163        subroutine cinfo
 164        use io_units
 165        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 166        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 167 ")
 168
 169 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 170 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 171 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 172 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 173 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 174 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 175 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 176
 177 FILE(APPEND ${CINFO}
 178 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 179        return
 180        end ")
 181
 182 # set include path
 183 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.F90 PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 184 #set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_FLAGS "-D${CPPFLAGS}")
 185
 186 #=========================================
 187 # Set full unres CSA sources
 188 #=========================================
 189 set(UNRES_WHAM_SRCS ${UNRES_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.F90 )
 190
 191 #=========================================
 192 # Build the binary
 193 #=========================================
 194 add_executable(UNRES_WHAM_BIN ${UNRES_WHAM_SRCS} )
 195 add_library(wham_data_lib ${UNRES_WHAM_SRC_DATA})
 196 target_link_libraries (UNRES_WHAM_BIN wham_data_lib)
 197 set_target_properties(UNRES_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_WHAM_BIN})
 198 set_property(TARGET UNRES_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 199 #add_dependencies (${UNRES_BIN} ${UNRES_XDRFLIB})
 200
 201 #=========================================
 202 # Link libraries
 203 #=========================================
 204 # link MPI libraries
 205 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 206 # link libxdrf.a
 207 target_link_libraries( UNRES_WHAM_BIN xdrf )
 208
 209 #=========================================
 210 # Install Path
 211 #=========================================
 212 install(TARGETS UNRES_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 213
 214
 215 #=========================================
 216 # TESTS
 217 #=========================================
 218
 219 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 220   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 221      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 222      set (boot_lam "-boot")
 223   else()
 224      set (boot_lam "")
 225   endif()
 226
 227   if (UNRES_SRUN)
 228    set (np "-n")
 229    set (mpiexec "srun")
 230   elseif(UNRES_MPIRUN)
 231    set (np "-np")
 232    set (mpiexec "mpirun")
 233   else()
 234    set (np "-np")
 235    set (mpiexec "mpiexec")
 236   endif()
 237
 238
 239 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 240 "#!/bin/sh
 241 export POT=GB
 242 export PREFIX=$1
 243 #-----------------------------------------------------------------------------
 244 WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_WHAM_BIN}
 245 #-----------------------------------------------------------------------------
 246 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 247 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 248 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 249 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 250 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 251 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 252 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 253 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 254 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 255 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 256 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 257 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 258 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 259 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 260 export CONTFUNC=GB
 261 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 262 export SCRATCHDIR=.
 263 #-----------------------------------------------------------------------------
 264 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 265 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $WHAM_BIN
 266 ./wham_check.sh $1
 267 ")
 268
 269 #
 270 # File permissions workaround
 271 #
 272 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/wham_mpi_E0LL2Y.sh
 273         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 274         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 275 )
 276
 277 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/wham_check.sh
 278         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 279         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 280 )
 281
 282 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.inp
 283         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 284
 285 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_remd_MD000.cx
 286         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 287
 288 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 289         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 290
 291
 292 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 293     add_test(NAME WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_wham 2 )
 294 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")