source/unres/energy_data.f90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17 !-----------------------------------------------------------------------------
  18 ! Max. number of SC contacts
  19       integer :: maxcont
  20 !-----------------------------------------------------------------------------
  21 ! commom.contacts
  22 !      common /contacts/
  23       integer :: ncont,ncont_ref
  24       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  25 #ifdef WHAM_RUN
  26       integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  27       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  28 #endif
  29 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  30 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  31 !      common /contdistrib/
  32       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  33 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  34       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  35       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  36        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  37       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  38       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  39 !-----------------------------------------------------------------------------
  40 ! commom.deriv;
  41 !      common /derivat/
  42       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  43       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  44       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  45       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  46       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  47       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  48       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  49       integer :: nfl,icg
  50
  51 !      common /derivat/   wham
  52       logical :: calc_grad
  53 !      common /mpgrad/
  54       integer :: igrad_start,igrad_end
  55       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  56 !-----------------------------------------------------------------------------
  57 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  58 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  59 ! 12/1/95 wcorr added
  60 !-----------------------------------------------------------------------------
  61 ! common.ffield
  62 !      common /ffield/
  63       integer :: n_ene_comp
  64       integer :: rescale_mode
  65       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  66        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  67        wturn6,wvdwpp
  68       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  69       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  70       integer :: ipot
  71 !      common /potentials/
  72       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  73         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  74 !-----------------------------------------------------------------------------
  75 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  76 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  77 ! and local side-chain terms.
  78 !
  79 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  80 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  81 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  82 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  83 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  84 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  85 !-----------------------------------------------------------------------------
  86 ! common.interact
  87 !      common /interact/
  88       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa,bb,augm !(ntyp,ntyp)
  89       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
  90       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
  91       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
  92       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
  93       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itype,itel,&
  94        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
  95       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
  96       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
  97        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
  98 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
  99 !      common /body/
 100       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 101       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,sigmaii,&
 102        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 103       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 104        sigii,rr0        !(ntyp)
 105       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 106       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 107 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 108 !      common /stretch/
 109       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax
 110       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 111       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 112 !-----------------------------------------------------------------------------
 113 ! common.local
 114 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 115 !      common /theta_abinitio/
 116       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 117        ndouble,nntheterm
 118       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 119       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 120 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 121       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 122       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 123        ccthet,ddthet,eethet
 124 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 125       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 126 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 127 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 128 !      common /thetas/
 129       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 130        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 131       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 132       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 133       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 134 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 135 !      common /sclocal/
 136       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 137       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 138       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 139       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 140       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 141 ! Virtual-bond lenghts
 142 !      common /peptbond/
 143       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 144 !      common /indices/
 145       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 146        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 147        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 148        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 149        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end
 150       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 151        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 152        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 153        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 154 !-----------------------------------------------------------------------------
 155 ! common.MD
 156 !      common /mdgrad/
 157       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 158       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 159 !      common /back_constr/
 160       integer :: nfrag_back
 161       real(kind=8) :: uconst_back
 162       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 163       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 164       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 165 !      common /qmeas/
 166       real(kind=8),dimension(50) :: qfrag
 167       real(kind=8),dimension(100) :: qpair
 168       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: qinfrag,wfrag !(50,maxprocs/20)
 169       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: qinpair,wpair !(100,maxprocs/20)
 170       real(kind=8) :: eq_time,Uconst
 171       integer :: iset,nset
 172       integer,dimension(:),allocatable :: mset !(maxprocs/20)
 173       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag !(2,50,maxprocs/20)
 174       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ipair !(2,100,maxprocs/20)
 175       integer :: nfrag,npair
 176       logical :: usampl
 177 !-----------------------------------------------------------------------------
 178 ! common.sbridge
 179 !      common /sbridge/
 180       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 181       integer :: ns,nss,nfree
 182       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 183 !      common /links/
 184       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1 !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 185       integer :: nhpb
 186       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 187 !      common /restraints/
 188       real(kind=8) :: weidis
 189 !      common /links_split/
 190       integer :: link_start,link_end
 191 !      common /dyn_ssbond/
 192       real(kind=8) :: Ht
 193       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 194       logical :: dyn_ss
 195       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 196 !-----------------------------------------------------------------------------
 197 ! common.sccor
 198 ! Parameters of the SCCOR term
 199 !      common/sccor/
 200       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 201       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 202       integer :: nsccortyp
 203       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 204       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 205       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 206        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 207       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 208       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 209 !-----------------------------------------------------------------------------
 210 ! common.scrot
 211 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 212 !      common/scrot/
 213       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 214 !-----------------------------------------------------------------------------
 215 ! common.torcnstr
 216 !      common /torcnstr/
 217       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr
 218       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr !(maxdih_constr)
 219       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end
 220       real(kind=8) :: ftors
 221       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange !(maxdih_constr)
 222       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0 !(maxdih_constr)
 223 !-----------------------------------------------------------------------------
 224 ! common.torsion
 225 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 226 !      common/torsion/
 227       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 228 #ifdef CRYST_TOR
 229       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 230 #else
 231       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 232 #endif
 233       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 234       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 235       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 236       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 237       integer :: ntortyp,nterm_old
 238 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 239 !      common /torsiond/
 240       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 241         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 242       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 243         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 244       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 245         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 246 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 247 !           surfacecommon
 248 !      common/fourier/
 249       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 250        b1tilde  !(2,-maxtor:maxtor),
 251       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 252        ctilde,dtilde !(2,2,-maxtor:maxtor)
 253       integer :: nloctyp
 254 !      common/fourier/  z wham
 255       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 256 !-----------------------------------------------------------------------------
 257 ! common.var
 258 ! Store the geometric variables in the following COMMON block.
 259 !      common /var/ in module geometry_data
 260 ! Store the angles and variables corresponding to old conformations (for use
 261 ! in MCM).
 262 !      common /oldgeo/
 263 !el      real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: varsave !(maxvar,maxsave)
 264 !      real(kind=8),dimension(:),allocatable :: esave !(maxsave)
 265 !      integer,dimension(:),allocatable :: Origin !(maxsave)
 266 !      integer :: nstore
 267 ! freeze some variables
 268 !      common /restr/
 269       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: varall !(maxvar)
 270       integer,dimension(:),allocatable :: mask_theta,&
 271        mask_phi,mask_side !(maxres)
 272       logical :: mask_r
 273 !-----------------------------------------------------------------------------
 274 !-----------------------------------------------------------------------------
 275       end module energy_data