source/unres/data/geometry_data.f90

   1       module geometry_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3 ! commom.bounds
   4 !      common /bounds/
   5       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: phibound !(2,maxres)
   6 !-----------------------------------------------------------------------------
   7 ! commom.chain
   8 !      common /chain/
   9       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: c !(3,maxres2+2)
  10       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dc,dc_old,&
  11        dc_norm,dc_norm2 !(3,0:maxres2)
  12       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: xloc,xrot !(3,maxres)
  13       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dc_work !(MAXRES6)
  14       integer :: nres,nres0
  15 !      common /rotmat/
  16       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: prod,rt !(3,3,maxres)
  17 !      common /refstruct/
  18       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cref !(3,maxres2+2,maxperm),
  19       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: crefjlee !(3,maxres2+2),
  20       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: chain_rep !(3,maxres2+2,maxsym)
  21       integer :: nsup,nstart_sup,nstart_seq,chain_length,iprzes,nperm
  22       integer :: nend_sup,ishift_pdb  !wham
  23       real(kind=8) :: rmssing,anatemp !wham
  24       real(kind=8) :: buftubebot, buftubetop,bordtubebot,bordtubetop, &
  25         tubebufthick
  26       real(kind=8) :: buflipbot, bufliptop,bordlipbot,bordliptop,     &
  27         lipbufthick,lipthick
  28       integer,dimension(:,:),allocatable :: tabperm !(maxperm,maxsym)
  29 !      common /from_zscore/ in module.compare
  30 !-----------------------------------------------------------------------------
  31 ! common.geo
  32 !      common /geo/
  33       real(kind=8) :: pi,dwapi,pipol,pi3,dwapi3,deg2rad,rad2deg,angmin
  34 !-----------------------------------------------------------------------------
  35 ! common.local
  36 ! Inverses of the actual virtual bond lengths
  37 !      common /invlen/
  38       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: vbld_inv !(maxres2)
  39 !-----------------------------------------------------------------------------
  40 ! Max. number of lobes in SC distribution
  41       integer,parameter :: maxlob=5
  42 !-----------------------------------------------------------------------------
  43 ! Max number of symetric chains
  44       integer,parameter :: maxsym=50
  45       integer,parameter :: maxperm=120
  46 !-----------------------------------------------------------------------------
  47 ! common.var
  48 ! Store the geometric variables in the following COMMON block.
  49 !      common /var/
  50       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: theta,phi,alph,omeg,&
  51        thetaref,phiref,costtab,sinttab,cost2tab,sint2tab !(maxres)
  52       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: vbld !(2*maxres)
  53       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: omicron !(2,maxres)
  54       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: tauangle !(3,maxres)
  55       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: xxtab,yytab,zztab,&
  56        xxref,yyref,zzref !(maxres)
  57       integer,dimension(:,:),allocatable :: ialph !(maxres,2)
  58       integer,dimension(:),allocatable :: ivar !(4*maxres2)
  59       integer :: ntheta,nphi,nside,nvar
  60 ! Store the angles and variables corresponding to old conformations (for use
  61 ! in MCM).
  62 !      common /oldgeo/
  63 !el      real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: varsave !(maxvar,maxsave)
  64 !      real(kind=8),dimension(:),allocatable :: esave !(maxsave)
  65 !      integer,dimension(:),allocatable :: Origin !(maxsave)
  66 !      integer :: nstore
  67 ! freeze some variables
  68 !      common /restr/
  69       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: varall !(maxvar)
  70       integer,dimension(:),allocatable :: mask_theta,&
  71        mask_phi,mask_side !(maxres)
  72       logical :: mask_r
  73 !-----------------------------------------------------------------------------
  74 ! common.MD
  75 !      common /qmeas/
  76       real(kind=8),dimension(50) :: qfrag
  77       real(kind=8),dimension(100) :: qpair
  78       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: qinfrag,wfrag !(50,maxprocs/20)
  79       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: qinpair,wpair !(100,maxprocs/20)
  80       real(kind=8) :: Uconst
  81       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag !(2,50,maxprocs/20)
  82       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ipair !(2,100,maxprocs/20)
  83       integer :: nfrag,npair
  84 !-----------------------------------------------------------------------------
  85       integer,dimension(:),allocatable :: itype_pdb !(maxres) initialize in molread
  86 !-----------------------------------------------------------------------------
  87 !-----------------------------------------------------------------------------
  88 !  common.box
  89       real(kind=8) :: boxxsize,boxysize,boxzsize
  90
  91       end module geometry_data