source/unres/data/energy_data.f90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=21 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17 !-----------------------------------------------------------------------------
  18 ! Max. number of SC contacts
  19       integer :: maxcont
  20 !-----------------------------------------------------------------------------
  21 ! commom.contacts
  22 !      common /contacts/
  23       integer :: ncont,ncont_ref
  24       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  25 !#ifdef WHAM_RUN
  26 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  27 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  28 !#endif
  29 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  30 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  31 !      common /contdistrib/
  32       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  33 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  34       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  35       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  36        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  37       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  38       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  39 !-----------------------------------------------------------------------------
  40 ! commom.deriv;
  41 !      common /derivat/
  42       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  43       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  44       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  45       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  46       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  47       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  48       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  49       integer :: nfl,icg
  50
  51 !      common /derivat/   wham
  52       logical :: calc_grad
  53 !      common /mpgrad/
  54       integer :: igrad_start,igrad_end
  55       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  56 !-----------------------------------------------------------------------------
  57 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  58 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  59 ! 12/1/95 wcorr added
  60 !-----------------------------------------------------------------------------
  61 ! common.ffield
  62 !      common /ffield/
  63       integer :: n_ene_comp
  64       integer :: rescale_mode
  65       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  66        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  67        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube
  68 #ifdef CLUSTER
  69       real(kind=8) :: scalscp
  70 #endif
  71       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  72       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  73       integer :: ipot
  74 !      common /potentials/
  75       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  76         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  77 !-----------------------------------------------------------------------------
  78 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  79 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  80 ! and local side-chain terms.
  81 !
  82 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  83 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  84 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  85 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  86 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  87 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  88 !-----------------------------------------------------------------------------
  89 ! common.interact
  90 !      common /interact/
  91       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
  92       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
  93        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
  94       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
  95       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
  96       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
  97       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
  98       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
  99       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 100       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 101       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 102        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 103       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 104       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 105       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 106        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 107 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 108 !      common /body/
 109       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 110       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 111        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 112       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 113        sigii,rr0        !(ntyp)
 114       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 115       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 116 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 117 !      common /stretch/
 118       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 119       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 120       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 121 !-----------------------------------------------------------------------------
 122 ! common.local
 123 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 124 !      common /theta_abinitio/
 125       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 126        ndouble,nntheterm
 127       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 128       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 129 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 130       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 131       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 132        ccthet,ddthet,eethet
 133 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 134       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 135 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 136 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 137 !      common /thetas/
 138       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 139        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 140       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 141       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 142       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 143 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 144 !      common /sclocal/
 145       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 146       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 147       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 148       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 149       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 150 ! Virtual-bond lenghts
 151 !      common /peptbond/
 152       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 153 !      common /indices/
 154       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 155        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 156        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 157        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 158        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 159        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 160       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 161        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 162        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 163        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 164 !-----------------------------------------------------------------------------
 165 ! common.MD
 166 !      common /mdgrad/
 167       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 168       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 169 !      common /back_constr/
 170       integer :: nfrag_back
 171       real(kind=8) :: uconst_back
 172       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 173       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 174       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 175 !      common /qmeas/ in module geometry
 176 !-----------------------------------------------------------------------------
 177 ! common.sbridge
 178 !      common /sbridge/
 179       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 180       integer :: ns,nss,nfree
 181       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 182 !      common /links/
 183       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 184       integer :: nhpb
 185       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 186 !      common /restraints/
 187       real(kind=8) :: weidis
 188 !      common /links_split/
 189       integer :: link_start,link_end
 190 !      common /dyn_ssbond/
 191       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 192       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 193       logical :: dyn_ss
 194       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 195 !-----------------------------------------------------------------------------
 196 ! common.sccor
 197 ! Parameters of the SCCOR term
 198 !      common/sccor/
 199       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 200       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 201       integer :: nsccortyp
 202       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 203       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 204       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 205        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 206       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 207       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 208 !-----------------------------------------------------------------------------
 209 ! common.scrot
 210 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 211 !      common/scrot/
 212       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 213 !-----------------------------------------------------------------------------
 214 ! common.torcnstr
 215 !      common /torcnstr/
 216       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 217       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 218       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 219        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 220       real(kind=8) :: ftors
 221       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 222       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0 !(maxdih_constr)
 223       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 224
 225 !-----------------------------------------------------------------------------
 226 ! common.torsion
 227 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 228 !      common/torsion/
 229       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 230 #ifdef CRYST_TOR
 231       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 232 #else
 233       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 234 #endif
 235       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 236       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 237       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 238       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 239       integer :: ntortyp,nterm_old
 240 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 241 !      common /torsiond/
 242       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 243         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 244       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 245         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 246       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 247         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 248 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 249 !           surfacecommon
 250 !      common/fourier/
 251       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 252        b1tilde  !(2,-maxtor:maxtor),
 253       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 254        ctilde,dtilde !(2,2,-maxtor:maxtor)
 255       integer :: nloctyp
 256 !      common/fourier/  z wham
 257       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 258 !-----------------------------------------------------------------------------
 259 ! 24 Apr 2017
 260 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 261       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 262       integer xshift,yshift,zshift
 263 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 264       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 265       real(kind=8) :: pepliptran
 266
 267 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 268       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 269         short_r_sidechain
 270       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 271 ! AFM
 272        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst
 273       integer :: afmend,afmbeg
 274
 275
 276
 277
 278       end module energy_data