source/unres/data/energy_data.f90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=49 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17       integer,parameter :: maxcontsshi=50
  18 !-----------------------------------------------------------------------------
  19 ! Max. number of SC contacts
  20       integer :: maxcont
  21 !-----------------------------------------------------------------------------
  22 ! commom.contacts
  23 !      common /contacts/
  24       integer :: ncont,ncont_ref
  25       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  26 !#ifdef WHAM_RUN
  27 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  28 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  29 !#endif
  30 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  31 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  32 !      common /contdistrib/
  33       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  34 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  35       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  36       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  37        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  38       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  39       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  40 !-----------------------------------------------------------------------------
  41 ! commom.deriv;
  42 !      common /derivat/
  43       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  44       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  45       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  46       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  47       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  48       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  49       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  50       integer :: nfl,icg
  51
  52 !      common /derivat/   wham
  53       logical :: calc_grad
  54 !      common /mpgrad/
  55       integer :: igrad_start,igrad_end
  56       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  57 !-----------------------------------------------------------------------------
  58 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  59 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  60 ! 12/1/95 wcorr added
  61 !-----------------------------------------------------------------------------
  62 ! common.ffield
  63 !      common /ffield/
  64       integer :: n_ene_comp
  65       integer :: rescale_mode
  66       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  67        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  68        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube, &
  69        wbond_nucl,wang_nucl,wcorr_nucl,wcorr3_nucl,welpp,wtor_nucl,&
  70        wtor_d_nucl,welsb,wsbloc,wvdwsb,welpsb,wvdwpp_nucl,wvdwpsb,wcatprot,&
  71        wcatcat,wscbase,wpepbase,wscpho,wpeppho
  72 #ifdef CLUSTER
  73       real(kind=8) :: scalscp
  74 #endif
  75       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  76       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  77       integer :: ipot,ipot_nucl
  78 !      common /potentials/
  79       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  80         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  81 !-----------------------------------------------------------------------------
  82 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  83 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  84 ! and local side-chain terms.
  85 !
  86 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  87 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  88 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  89 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  90 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  91 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  92 !-----------------------------------------------------------------------------
  93 ! common.interact
  94 !      common /interact/
  95       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
  96       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
  97        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
  98       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_nucl,bb_nucl
  99       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
 100       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
 101       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
 102       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
 103       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
 104       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: aad_nucl,bad_nucl !(ntyp,2)
 105       real(kind=8),dimension(2,2) :: app_nucl,bpp_nucl
 106       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: ael6_nucl,&
 107         ael3_nucl,ael32_nucl,ael63_nucl
 108       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 109       integer,dimension(5) :: nnt_molec,nct_molec
 110       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 111       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 112        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 113       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart_nucl,iend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 114       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr_nucl,itel_nucl,&
 115        ielstart_nucl,ielend_nucl,ielstart_vdw_nucl,ielend_vdw_nucl,nscp_gr_nucl !(maxres)
 116       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart_nucl,iscpend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 117
 118       integer,dimension(:),allocatable :: istype,molnum
 119       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 120       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 121       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 122        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 123       integer :: iatsc_s_nucl,iatsc_e_nucl,iatel_s_nucl,iatel_e_nucl,&
 124        iatel_s_vdw_nucl,iatel_e_vdw_nucl,iatscp_s_nucl,iatscp_e_nucl,&
 125        ispp_nucl,iscp_nucl
 126
 127 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 128 !      common /body/
 129       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 130       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 131        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 132       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 133        sigii,rr0        !(ntyp)
 134       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 135       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma_nucl !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 136       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps_nucl,sigmaii_nucl,&
 137        chi_nucl,r0_nucl, chip_nucl   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 138       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: alp_nucl,sigma0_nucl,&
 139        sigii_nucl,rr0_nucl        !(ntyp)
 140       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp_nucl,epp_nucl
 141       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable ::elpp6_nucl,&
 142        elpp3_nucl,elpp32_nucl,elpp63_nucl
 143       real(kind=8):: r0pp,epspp,AEES,BEES
 144
 145       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 146       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: eps_scp_nucl,rscp_nucl!(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 147
 148 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 149 !      common /stretch/
 150       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 151       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 152       real(kind=8) :: vbldp0_nucl,akp_nucl
 153       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0_nucl,&
 154        aksc_nucl,abond0_nucl !(maxbondterm,ntyp)
 155
 156       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 157       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm_nucl     !(ntyp)
 158
 159 !-----------------------------------------------------------------------------
 160 ! common.local
 161 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 162 !      common /theta_abinitio/
 163       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 164        ndouble,nntheterm
 165       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 166       integer,dimension(:,:),allocatable :: nstate !(-ntyp1:ntyp1)
 167       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 168 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 169       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 170       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 171        ccthet,ddthet,eethet
 172 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 173       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 174
 175 !-----------nucleic acid parameters--------------------------
 176       integer :: nthetyp_nucl,ntheterm_nucl,ntheterm2_nucl,&
 177       ntheterm3_nucl,nsingle_nucl,&
 178        ndouble_nucl,nntheterm_nucl
 179       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 180       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: aa0thet_nucl
 181 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 182       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aathet_nucl
 183       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet_nucl,&
 184        ccthet_nucl,ddthet_nucl,eethet_nucl
 185 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 186       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet_nucl,ggthet_nucl
 187
 188 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 189 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 190 !      common /thetas/
 191       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 192        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 193       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 194       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 195       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 196 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 197 !      common /sclocal/
 198       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 199       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 200       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 201       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 202       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 203 ! Virtual-bond lenghts
 204 !      common /peptbond/
 205       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 206 !      common /indices/
 207       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 208        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 209        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 210        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 211        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 212        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 213       integer :: ibond_nucl_start,ibond_nucl_end,iphi_nucl_start,&
 214        iphi_nucl_end,iphid_nucl_start,iphid_nucl_end,&
 215        ibondp_nucl_start,ibondp_nucl_end,ithet_nucl_start,ithet_nucl_end,&
 216         loc_start_nucl,loc_end_nucl
 217       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 218        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 219        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 220        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 221 !-----------------------------------------------------------------------------
 222 ! common.MD
 223 !      common /mdgrad/
 224       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 225       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 226 !      common /back_constr/
 227       integer :: nfrag_back
 228       real(kind=8) :: uconst_back
 229       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 230       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 231       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 232 !      common /qmeas/ in module geometry
 233 !-----------------------------------------------------------------------------
 234 ! common.sbridge
 235 !      common /sbridge/
 236       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 237       integer :: ns,nss,nfree
 238       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 239 !      common /links/
 240       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 241       integer :: nhpb
 242       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 243 !      common /restraints/
 244       real(kind=8) :: weidis
 245 !      common /links_split/
 246       integer :: link_start,link_end
 247 !      common /dyn_ssbond/
 248       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 249       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 250       logical :: dyn_ss
 251       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 252 !-----------------------------------------------------------------------------
 253 ! common.sccor
 254 ! Parameters of the SCCOR term
 255 !      common/sccor/
 256       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 257       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 258       integer :: nsccortyp
 259       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 260       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 261       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 262        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 263       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 264       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 265 !-----------------------------------------------------------------------------
 266 ! common.scrot
 267 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 268 !      common/scrot/
 269       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 270       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin_nucl !(maxsccoef,ntyp)
 271
 272 !-----------------------------------------------------------------------------
 273 ! common.torcnstr
 274 !      common /torcnstr/
 275       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 276       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 277       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 278        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 279 !      real(kind=8) :: ftors
 280       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 281       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0,ftors !(maxdih_constr)
 282       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 283
 284 !-----------------------------------------------------------------------------
 285 ! common.torsion
 286 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 287 !      common/torsion/
 288       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 289 #ifdef CRYST_TOR
 290       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 291 #else
 292       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 293 #endif
 294       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 295       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 296       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 297       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 298       integer :: ntortyp,nterm_old
 299 !------torsion nucleic
 300       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v0_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 301       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1_nucl,v2_nucl !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 302       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1_nucl !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 303       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2_nucl,vlor3_nucl !(maxlor,maxtor,maxtor)
 304       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 305       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_nucl,nlor_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 306       integer :: ntortyp_nucl,nterm_old_nucl
 307
 308 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 309 !      common /torsiond/
 310       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 311         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 312       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 313         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 314       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 315         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 316 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 317 !           surfacecommon
 318 !      common/fourier/
 319       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 320        b1tilde  !(2,-maxtor:maxtor),
 321       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 322        ctilde,dtilde !(2,2,-maxtor:maxtor)
 323       integer :: nloctyp
 324 !      common/fourier/  z wham
 325       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 326 !---------------MOMO---------------------------------------------------
 327         integer,dimension(:),allocatable :: icharge
 328         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 329            sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 330            epsintab
 331         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasur,alphiso,&
 332            wqdip,wstate,dtail
 333          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dhead
 334 !-----------------------------------------------------------------------------
 335 ! 24 Apr 2017
 336 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 337       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 338       integer xshift,yshift,zshift
 339 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 340       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 341       real(kind=8) :: pepliptran
 342
 343 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 344       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 345         short_r_sidechain
 346       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 347 ! AFM
 348        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst
 349       integer :: afmend,afmbeg
 350       real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: catprm
 351
 352          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable ::  eps_scbase, &
 353         sigma_scbase,                         &
 354         sigmap1_scbase,sigmap2_scbase,        &
 355         dhead_scbasei, dhead_scbasej, epshead_scbase,&
 356         sig0head_scbase,  rborn_scbasei,rborn_scbasej,alphapol_scbase,epsintab_scbase,&
 357         aa_scbase,bb_scbase
 358          real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: alphasur_scbase, &
 359         wdipdip_scbase,wqdip_scbase,chi_scbase,chipp_scbase,chis_scbase
 360
 361         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_pepbase, &
 362         sigma_pepbase,                         &
 363         sigmap1_pepbase,sigmap2_pepbase,&
 364         aa_pepbase,bb_pepbase
 365
 366          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_pepbase, &
 367         wdipdip_pepbase,chi_pepbase,chipp_pepbase,chis_pepbase
 368
 369         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_scpho, &
 370         sigma_scpho,                         &
 371         sigmap1_scpho,sigmap2_scpho,&
 372         aa_scpho,bb_scpho,wqq_scpho,epsintab_scpho,alphapol_scpho,&
 373         rborn_scphoi,rborn_scphoj,dhead_scphoi,alphi_scpho
 374
 375          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_scpho, &
 376         chi_scpho,chipp_scpho,chis_scpho,              &
 377         wqdip_scpho
 378          real(kind=8) ,dimension(4) :: alphasur_peppho
 379          real(kind=8) ,dimension(2) :: wqdip_peppho
 380          real(kind=8) :: eps_peppho,sigma_peppho,sigmap1_peppho,sigmap2_peppho, &
 381          aa_peppho,bb_peppho
 382       end module energy_data