source/unres/data/energy_data.f90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=49 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17 !-----------------------------------------------------------------------------
  18 ! Max. number of SC contacts
  19       integer :: maxcont
  20 !-----------------------------------------------------------------------------
  21 ! commom.contacts
  22 !      common /contacts/
  23       integer :: ncont,ncont_ref
  24       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  25 !#ifdef WHAM_RUN
  26 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  27 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  28 !#endif
  29 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  30 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  31 !      common /contdistrib/
  32       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  33 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  34       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  35       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  36        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  37       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  38       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  39 !-----------------------------------------------------------------------------
  40 ! commom.deriv;
  41 !      common /derivat/
  42       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  43       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  44       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  45       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  46       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  47       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  48       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  49       integer :: nfl,icg
  50
  51 !      common /derivat/   wham
  52       logical :: calc_grad
  53 !      common /mpgrad/
  54       integer :: igrad_start,igrad_end
  55       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  56 !-----------------------------------------------------------------------------
  57 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  58 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  59 ! 12/1/95 wcorr added
  60 !-----------------------------------------------------------------------------
  61 ! common.ffield
  62 !      common /ffield/
  63       integer :: n_ene_comp
  64       integer :: rescale_mode
  65       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  66        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  67        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube, &
  68        wbond_nucl,wang_nucl,wcorr_nucl,wcorr3_nucl,welpp,wtor_nucl,&
  69        wtor_d_nucl,welsb,wsbloc,wvdwsb,welpsb,wvdwpp_nucl,wvdwpsb,wcatprot,&
  70        wcatcat,wscbase,wpepbase,wscpho,wpeppho
  71 #ifdef CLUSTER
  72       real(kind=8) :: scalscp
  73 #endif
  74       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  75       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  76       integer :: ipot,ipot_nucl
  77 !      common /potentials/
  78       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  79         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  80 !-----------------------------------------------------------------------------
  81 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  82 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  83 ! and local side-chain terms.
  84 !
  85 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  86 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  87 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  88 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  89 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  90 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  91 !-----------------------------------------------------------------------------
  92 ! common.interact
  93 !      common /interact/
  94       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
  95       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
  96        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
  97       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_nucl,bb_nucl
  98       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
  99       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
 100       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
 101       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
 102       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
 103       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: aad_nucl,bad_nucl !(ntyp,2)
 104       real(kind=8),dimension(2,2) :: app_nucl,bpp_nucl
 105       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: ael6_nucl,&
 106         ael3_nucl,ael32_nucl,ael63_nucl
 107       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 108       integer,dimension(5) :: nnt_molec,nct_molec
 109       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 110       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 111        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 112       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart_nucl,iend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 113       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr_nucl,itel_nucl,&
 114        ielstart_nucl,ielend_nucl,ielstart_vdw_nucl,ielend_vdw_nucl,nscp_gr_nucl !(maxres)
 115       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart_nucl,iscpend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 116
 117       integer,dimension(:),allocatable :: istype,molnum
 118       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 119       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 120       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 121        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 122       integer :: iatsc_s_nucl,iatsc_e_nucl,iatel_s_nucl,iatel_e_nucl,&
 123        iatel_s_vdw_nucl,iatel_e_vdw_nucl,iatscp_s_nucl,iatscp_e_nucl,&
 124        ispp_nucl,iscp_nucl
 125
 126 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 127 !      common /body/
 128       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 129       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 130        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 131       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 132        sigii,rr0        !(ntyp)
 133       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 134       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma_nucl !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 135       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps_nucl,sigmaii_nucl,&
 136        chi_nucl,r0_nucl, chip_nucl   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 137       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: alp_nucl,sigma0_nucl,&
 138        sigii_nucl,rr0_nucl        !(ntyp)
 139       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp_nucl,epp_nucl
 140       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable ::elpp6_nucl,&
 141        elpp3_nucl,elpp32_nucl,elpp63_nucl
 142       real(kind=8):: r0pp,epspp,AEES,BEES
 143
 144       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 145       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: eps_scp_nucl,rscp_nucl!(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 146
 147 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 148 !      common /stretch/
 149       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 150       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 151       real(kind=8) :: vbldp0_nucl,akp_nucl
 152       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0_nucl,&
 153        aksc_nucl,abond0_nucl !(maxbondterm,ntyp)
 154
 155       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 156       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm_nucl     !(ntyp)
 157
 158 !-----------------------------------------------------------------------------
 159 ! common.local
 160 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 161 !      common /theta_abinitio/
 162       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 163        ndouble,nntheterm
 164       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 165       integer,dimension(:,:),allocatable :: nstate !(-ntyp1:ntyp1)
 166       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 167 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 168       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 169       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 170        ccthet,ddthet,eethet
 171 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 172       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 173
 174 !-----------nucleic acid parameters--------------------------
 175       integer :: nthetyp_nucl,ntheterm_nucl,ntheterm2_nucl,&
 176       ntheterm3_nucl,nsingle_nucl,&
 177        ndouble_nucl,nntheterm_nucl
 178       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 179       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: aa0thet_nucl
 180 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 181       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aathet_nucl
 182       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet_nucl,&
 183        ccthet_nucl,ddthet_nucl,eethet_nucl
 184 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 185       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet_nucl,ggthet_nucl
 186
 187 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 188 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 189 !      common /thetas/
 190       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 191        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 192       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 193       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 194       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 195 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 196 !      common /sclocal/
 197       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 198       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 199       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 200       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 201       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 202 ! Virtual-bond lenghts
 203 !      common /peptbond/
 204       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 205 !      common /indices/
 206       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 207        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 208        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 209        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 210        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 211        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 212       integer :: ibond_nucl_start,ibond_nucl_end,iphi_nucl_start,&
 213        iphi_nucl_end,iphid_nucl_start,iphid_nucl_end,&
 214        ibondp_nucl_start,ibondp_nucl_end,ithet_nucl_start,ithet_nucl_end,&
 215         loc_start_nucl,loc_end_nucl
 216       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 217        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 218        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 219        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 220 !-----------------------------------------------------------------------------
 221 ! common.MD
 222 !      common /mdgrad/
 223       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 224       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 225 !      common /back_constr/
 226       integer :: nfrag_back
 227       real(kind=8) :: uconst_back
 228       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 229       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 230       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 231 !      common /qmeas/ in module geometry
 232 !-----------------------------------------------------------------------------
 233 ! common.sbridge
 234 !      common /sbridge/
 235       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 236       integer :: ns,nss,nfree
 237       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 238 !      common /links/
 239       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 240       integer :: nhpb
 241       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 242 !      common /restraints/
 243       real(kind=8) :: weidis
 244 !      common /links_split/
 245       integer :: link_start,link_end
 246 !      common /dyn_ssbond/
 247       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 248       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 249       logical :: dyn_ss
 250       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 251 !-----------------------------------------------------------------------------
 252 ! common.sccor
 253 ! Parameters of the SCCOR term
 254 !      common/sccor/
 255       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 256       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 257       integer :: nsccortyp
 258       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 259       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 260       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 261        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 262       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 263       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 264 !-----------------------------------------------------------------------------
 265 ! common.scrot
 266 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 267 !      common/scrot/
 268       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 269       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin_nucl !(maxsccoef,ntyp)
 270
 271 !-----------------------------------------------------------------------------
 272 ! common.torcnstr
 273 !      common /torcnstr/
 274       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 275       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 276       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 277        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 278 !      real(kind=8) :: ftors
 279       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 280       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0,ftors !(maxdih_constr)
 281       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 282
 283 !-----------------------------------------------------------------------------
 284 ! common.torsion
 285 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 286 !      common/torsion/
 287       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 288 #ifdef CRYST_TOR
 289       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 290 #else
 291       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 292 #endif
 293       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 294       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 295       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 296       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 297       integer :: ntortyp,nterm_old
 298 !------torsion nucleic
 299       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v0_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 300       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1_nucl,v2_nucl !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 301       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1_nucl !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 302       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2_nucl,vlor3_nucl !(maxlor,maxtor,maxtor)
 303       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 304       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_nucl,nlor_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 305       integer :: ntortyp_nucl,nterm_old_nucl
 306
 307 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 308 !      common /torsiond/
 309       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 310         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 311       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 312         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 313       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 314         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 315 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 316 !           surfacecommon
 317 !      common/fourier/
 318       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 319        b1tilde  !(2,-maxtor:maxtor),
 320       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 321        ctilde,dtilde !(2,2,-maxtor:maxtor)
 322       integer :: nloctyp
 323 !      common/fourier/  z wham
 324       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 325 !---------------MOMO---------------------------------------------------
 326         integer,dimension(:),allocatable :: icharge
 327         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 328            sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 329            epsintab
 330         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasur,alphiso,&
 331            wqdip,wstate,dtail
 332          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dhead
 333 !-----------------------------------------------------------------------------
 334 ! 24 Apr 2017
 335 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 336       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 337       integer xshift,yshift,zshift
 338 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 339       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 340       real(kind=8) :: pepliptran
 341
 342 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 343       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 344         short_r_sidechain
 345       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 346 ! AFM
 347        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst
 348       integer :: afmend,afmbeg
 349       real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: catprm
 350
 351          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable ::  eps_scbase, &
 352         sigma_scbase,                         &
 353         sigmap1_scbase,sigmap2_scbase,        &
 354         dhead_scbasei, dhead_scbasej, epshead_scbase,&
 355         sig0head_scbase,  rborn_scbasei,rborn_scbasej,alphapol_scbase,epsintab_scbase,&
 356         aa_scbase,bb_scbase
 357          real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: alphasur_scbase, &
 358         wdipdip_scbase,wqdip_scbase,chi_scbase,chipp_scbase,chis_scbase
 359
 360         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_pepbase, &
 361         sigma_pepbase,                         &
 362         sigmap1_pepbase,sigmap2_pepbase,&
 363         aa_pepbase,bb_pepbase
 364
 365          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_pepbase, &
 366         wdipdip_pepbase,chi_pepbase,chipp_pepbase,chis_pepbase
 367
 368         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_scpho, &
 369         sigma_scpho,                         &
 370         sigmap1_scpho,sigmap2_scpho,&
 371         aa_scpho,bb_scpho,wqq_scpho,epsintab_scpho,alphapol_scpho,&
 372         rborn_scphoi,rborn_scphoj,dhead_scphoi,alphi_scpho
 373
 374          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_scpho, &
 375         chi_scpho,chipp_scpho,chis_scpho,              &
 376         wqdip_scpho
 377          real(kind=8) ,dimension(4) :: alphasur_peppho
 378          real(kind=8) ,dimension(2) :: wqdip_peppho
 379          real(kind=8) :: eps_peppho,sigma_peppho,sigmap1_peppho,sigmap2_peppho, &
 380          aa_peppho,bb_peppho
 381       end module energy_data