source/unres/data/energy_data.F90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=57 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17       integer,parameter :: maxcontsshi=50
  18 !-----------------------------------------------------------------------------
  19 ! Max. number of SC contacts
  20       integer :: maxcont
  21 ! Maximum number of valence and torsional in rigorous approach
  22       integer,parameter :: maxtor_kcc=6
  23       integer,parameter :: maxval_kcc=6
  24       integer,parameter :: maxang_kcc=36
  25
  26 !-----------------------------------------------------------------------------
  27 ! commom.contacts
  28 !      common /contacts/
  29       integer :: ncont,ncont_ref
  30       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  31 !#ifdef WHAM_RUN
  32 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  33 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  34 !#endif
  35 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  36 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  37 !      common /contdistrib/
  38       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  39 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  40       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  41       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  42        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  43       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  44       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  45 !-----------------------------------------------------------------------------
  46 ! commom.deriv;
  47 !      common /derivat/
  48       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  49       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  50       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  51       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  52       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  53       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  54       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  55       integer :: nfl,icg
  56
  57 !      common /derivat/   wham
  58       logical :: calc_grad
  59 !      common /mpgrad/
  60       integer :: igrad_start,igrad_end
  61       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  62 !-----------------------------------------------------------------------------
  63 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  64 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  65 ! 12/1/95 wcorr added
  66 !-----------------------------------------------------------------------------
  67 ! common.ffield
  68 !      common /ffield/
  69       integer :: n_ene_comp
  70       integer :: rescale_mode
  71       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  72        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  73        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube, &
  74        wbond_nucl,wang_nucl,wcorr_nucl,wcorr3_nucl,welpp,wtor_nucl,&
  75        wtor_d_nucl,welsb,wsbloc,wvdwsb,welpsb,wvdwpp_nucl,wvdwpsb,wcatprot,&
  76        wcatcat,wscbase,wpepbase,wscpho,wpeppho,wdihc,wcatnucl,wcat_tran,wcat_ang
  77 #ifdef CLUSTER
  78       real(kind=8) :: scalscp
  79 #endif
  80       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  81       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  82       integer :: ipot,ipot_nucl
  83 !      common /potentials/
  84       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  85         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  86 !-----------------------------------------------------------------------------
  87 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  88 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  89 ! and local side-chain terms.
  90 !
  91 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  92 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  93 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  94 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  95 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  96 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  97 !-----------------------------------------------------------------------------
  98 ! common.interact
  99 !      common /interact/
 100       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
 101       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
 102        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
 103       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_nucl,bb_nucl
 104       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
 105       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
 106       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
 107       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
 108       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
 109       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: aad_nucl,bad_nucl !(ntyp,2)
 110       real(kind=8),dimension(2,2) :: app_nucl,bpp_nucl
 111       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: ael6_nucl,&
 112         ael3_nucl,ael32_nucl,ael63_nucl
 113       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 114       integer,dimension(5) :: nnt_molec,nct_molec
 115       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 116       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 117        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 118       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart_nucl,iend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 119       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr_nucl,itel_nucl,&
 120        ielstart_nucl,ielend_nucl,ielstart_vdw_nucl,ielend_vdw_nucl,nscp_gr_nucl !(maxres)
 121       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart_nucl,iscpend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 122
 123       integer,dimension(:),allocatable :: istype,molnum
 124       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 125       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 126       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 127        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 128       integer :: iatsc_s_nucl,iatsc_e_nucl,iatel_s_nucl,iatel_e_nucl,&
 129        iatel_s_vdw_nucl,iatel_e_vdw_nucl,iatscp_s_nucl,iatscp_e_nucl,&
 130        ispp_nucl,iscp_nucl
 131
 132 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 133 !      common /body/
 134       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 135       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 136        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 137       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 138        sigii,rr0        !(ntyp)
 139       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 140       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma_nucl !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 141       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps_nucl,sigmaii_nucl,&
 142        chi_nucl,r0_nucl, chip_nucl   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 143       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: alp_nucl,sigma0_nucl,&
 144        sigii_nucl,rr0_nucl        !(ntyp)
 145       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp_nucl,epp_nucl
 146       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable ::elpp6_nucl,&
 147        elpp3_nucl,elpp32_nucl,elpp63_nucl
 148       real(kind=8):: r0pp,epspp,AEES,BEES
 149
 150       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 151       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: eps_scp_nucl,rscp_nucl!(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 152
 153 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 154 !      common /stretch/
 155       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 156       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 157       real(kind=8) :: vbldp0_nucl,akp_nucl
 158       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0_nucl,&
 159        aksc_nucl,abond0_nucl !(maxbondterm,ntyp)
 160
 161       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 162       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm_nucl     !(ntyp)
 163
 164
 165
 166       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_scend     !(ntyp)
 167       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable:: arotam_end
 168 !-----------------------------------------------------------------------------
 169 ! common.local
 170 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 171 !      common /theta_abinitio/
 172       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 173        ndouble,nntheterm
 174       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 175       integer,dimension(:,:),allocatable :: nstate !(-ntyp1:ntyp1)
 176       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 177 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 178       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 179       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 180        ccthet,ddthet,eethet
 181 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 182       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 183
 184 !-----------nucleic acid parameters--------------------------
 185       integer :: nthetyp_nucl,ntheterm_nucl,ntheterm2_nucl,&
 186       ntheterm3_nucl,nsingle_nucl,&
 187        ndouble_nucl,nntheterm_nucl
 188       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 189       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: aa0thet_nucl
 190 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 191       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aathet_nucl
 192       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet_nucl,&
 193        ccthet_nucl,ddthet_nucl,eethet_nucl
 194 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 195       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet_nucl,ggthet_nucl
 196
 197 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 198 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 199 !      common /thetas/
 200       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 201        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 202       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 203       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 204       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 205 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 206 !      common /sclocal/
 207       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 208       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 209       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 210       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 211       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 212 ! Virtual-bond lenghts
 213 !      common /peptbond/
 214       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 215 !      common /indices/
 216       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 217        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 218        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 219        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 220        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 221        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 222       integer :: ibond_nucl_start,ibond_nucl_end,iphi_nucl_start,&
 223        iphi_nucl_end,iphid_nucl_start,iphid_nucl_end,&
 224        ibondp_nucl_start,ibondp_nucl_end,ithet_nucl_start,ithet_nucl_end,&
 225         loc_start_nucl,loc_end_nucl
 226       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 227        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 228        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 229        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 230 !-----------------------------------------------------------------------------
 231 ! common.MD
 232 !      common /mdgrad/
 233       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 234       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 235 !      common /back_constr/
 236       integer :: nfrag_back
 237       real(kind=8) :: uconst_back
 238       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 239       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 240       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 241 !      common /qmeas/ in module geometry
 242 !-----------------------------------------------------------------------------
 243 ! common.sbridge
 244 !      common /sbridge/
 245       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 246       integer :: ns,nss,nfree
 247       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 248 !      common /links/
 249       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 250       integer :: nhpb
 251       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 252 !      common /restraints/
 253       real(kind=8) :: weidis
 254 !      common /links_split/
 255       integer :: link_start,link_end
 256 !      common /dyn_ssbond/
 257       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 258       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 259       logical :: dyn_ss
 260       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 261 !-----------------------------------------------------------------------------
 262 ! common.sccor
 263 ! Parameters of the SCCOR term
 264 !      common/sccor/
 265       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 266       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 267       integer :: nsccortyp
 268       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 269       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 270       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 271        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 272       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 273       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 274 !-----------------------------------------------------------------------------
 275 ! common.scrot
 276 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 277 !      common/scrot/
 278       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 279       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin_nucl !(maxsccoef,ntyp)
 280
 281 !-----------------------------------------------------------------------------
 282 ! common.torcnstr
 283 !      common /torcnstr/
 284       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 285       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 286       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 287        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 288 !      real(kind=8) :: ftors
 289       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 290       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0,ftors !(maxdih_constr)
 291       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 292
 293 !-----------------------------------------------------------------------------
 294 ! common.torsion
 295 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 296 !      common/torsion/
 297       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 298 #ifdef CRYST_TOR
 299       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 300 #else
 301       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 302 #endif
 303       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 304       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 305       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 306       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 307 ! ---- for rigorous approach
 308       integer :: ntortyp,nterm_old
 309 !      integer nloctyp
 310       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_kcc_Tb,nterm_kcc
 311       integer,dimension(:),allocatable :: iloctyp,itype2loc
 312       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: v1_kcc,v2_kcc
 313       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v1bend_chyb
 314       integer,dimension(:),allocatable :: nbend_kcc_Tb
 315 !------torsion nucleic
 316       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v0_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 317       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1_nucl,v2_nucl !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 318       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1_nucl !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 319       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2_nucl,vlor3_nucl !(maxlor,maxtor,maxtor)
 320       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 321       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_nucl,nlor_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 322       integer :: ntortyp_nucl,nterm_old_nucl
 323
 324 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 325 !      common /torsiond/
 326       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 327         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 328       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 329         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 330       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 331         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 332 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 333 !           surfacecommon
 334 !      common/fourier/
 335       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 336        b1tilde,b2tilde,gtb1,gtb2!(2,-maxtor:maxtor),
 337       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 338        ctilde,dtilde,bnew1,bnew2,ccnew,ddnew,bnew1tor,&
 339        bnew2tor,ccnewtor,ddnewtor,ccold,ddold,eeold,&
 340        gtCC,gtDD,gtEE,gtEUg
 341       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: eenew,eenewtor
 342       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: e0new,e0newtor
 343       integer :: nloctyp
 344 !      common/fourier/  z wham
 345       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 346 !---------------MOMO---------------------------------------------------
 347         integer,dimension(:),allocatable :: icharge
 348         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 349            sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 350            epsintab,debaykap
 351         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasur,alphiso,&
 352            wqdip,wstate,dtail
 353          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dhead
 354 !-----------------------------------------------------------------------------
 355 ! 24 Apr 2017
 356 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 357       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 358       integer xshift,yshift,zshift
 359 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 360       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 361       real(kind=8) :: pepliptran
 362
 363 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 364       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 365         short_r_sidechain
 366       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 367 ! AFM
 368        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst,&
 369        velnanoconst,distnanoinit,forcenanoconst,inanomove,vecsim,vectrue
 370       real(kind=8),dimension(1000) :: inanotab
 371       integer :: afmend,afmbeg,nbegafmmat,nendafmmat
 372       integer, dimension(1000) :: afmendcentr,afmbegcentr
 373       real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: catprm
 374       real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: catnuclprm
 375
 376
 377          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable ::  eps_scbase, &
 378         sigma_scbase,                         &
 379         sigmap1_scbase,sigmap2_scbase,        &
 380         dhead_scbasei, dhead_scbasej, epshead_scbase,&
 381         sig0head_scbase,  rborn_scbasei,rborn_scbasej,alphapol_scbase,epsintab_scbase,&
 382         aa_scbase,bb_scbase
 383          real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: alphasur_scbase, &
 384         wdipdip_scbase,wqdip_scbase,chi_scbase,chipp_scbase,chis_scbase
 385
 386         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_pepbase, &
 387         sigma_pepbase,                         &
 388         sigmap1_pepbase,sigmap2_pepbase,&
 389         aa_pepbase,bb_pepbase
 390
 391          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_pepbase, &
 392         wdipdip_pepbase,chi_pepbase,chipp_pepbase,chis_pepbase
 393
 394         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_scpho, &
 395         sigma_scpho,                         &
 396         sigmap1_scpho,sigmap2_scpho,&
 397         aa_scpho,bb_scpho,wqq_scpho,epsintab_scpho,alphapol_scpho,&
 398         rborn_scphoi,rborn_scphoj,dhead_scphoi,alphi_scpho
 399
 400          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_scpho, &
 401         chi_scpho,chipp_scpho,chis_scpho,              &
 402         wqdip_scpho
 403          real(kind=8) ,dimension(4) :: alphasur_peppho
 404          real(kind=8) ,dimension(2) :: wqdip_peppho
 405          real(kind=8) :: eps_peppho,sigma_peppho,sigmap1_peppho,sigmap2_peppho, &
 406          aa_peppho,bb_peppho
 407 !------------- for psi prec constraints
 408          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: vpsipred,sdihed
 409
 410 !23 Jul 2019 ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)--------------------
 411 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat,&
 412 !           epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,sigmap1cat,&
 413 !           sigmap2cat,wquadcat,chicat,chiscat,chippcat,&
 414 !           epsintabcat,debaykapcat
 415         integer,dimension(:),allocatable :: ichargecat
 416 !        integer oldion
 417
 418         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat, alphapolcat2, &
 419            epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,rborn1cat,rborn2cat,&
 420            sigmap1cat,sigmap2cat,chis1cat,chis2cat,wquadcat,chipp1cat,chipp2cat,&
 421            epsintabcat,debaykapcat,chi1cat,chi2cat,sigmacat, nstatecat, epscat,&
 422            aa_aq_cat,bb_aq_cat
 423
 424         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasurcat,&
 425            alphisocat,wqdipcat,dtailcat,wstatecat
 426          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dheadcat
 427           integer,dimension(60000) :: contlistscpi_f,contlistscpj_f
 428 !         integer :: ifirstrun,ilist_scp_first
 429 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 430 !           sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 431 !           epsintab,debaykap
 432
 433
 434 !end of ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)-----------------------
 435 !
 436
 437 ! Parameters for transistion ions
 438        real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable:: agamacattran,&
 439        athetacattran
 440        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable::acatshiftdsc,&
 441        bcatshiftdsc,demorsecat,alphamorsecat,x0catleft,x0catright,&
 442        x0cattrans,aomicattr
 443        real(kind=8),dimension(:),allocatable::ntrantyp
 444
 445 ! FRAGMENT FOR INTERACTION LIST
 446         integer,dimension(:),allocatable :: newcontlistppi,newcontlistppj,&
 447         newcontlisti,newcontlistj,  newcontlistscpi,newcontlistscpj,&
 448         newcontlistcatscnormi,newcontlistcatscnormj,&
 449         newcontlistcatpnormi,newcontlistcatpnormj,&
 450         newcontlistcatsctrani,newcontlistcatsctranj,&
 451         newcontlistcatptrani,newcontlistcatptranj,&
 452         newcontlistcatscangi,newcontlistcatscangj,&
 453         newcontlistcatscangfi,newcontlistcatscangfj,&
 454         newcontlistcatscangfk,&
 455         newcontlistcatscangti,newcontlistcatscangtj,&
 456         newcontlistcatscangtk,newcontlistcatscangtl
 457
 458
 459
 460
 461         integer :: g_listpp_start,g_listpp_end,g_listscp_start,g_listscp_end,&
 462         g_listscsc_start,g_listscsc_end, &
 463         g_listcatsctran_start,g_listcatsctran_end,&
 464         g_listcatscnorm_start,g_listcatscnorm_end,&
 465         g_listcatptran_start,g_listcatptran_end,&
 466         g_listcatpnorm_start,g_listcatpnorm_end,&
 467         g_ilist_catscnorm,g_ilist_catsctran,g_ilist_catpnorm,&
 468         g_ilist_catptran,g_ilist_catscang,g_ilist_catscangf,g_ilist_catscangt,&
 469         g_listcatscang_start,g_listcatscang_end,&
 470         g_listcatscangf_start,g_listcatscangf_end,&
 471         g_listcatscangt_start,g_listcatscangt_end
 472
 473
 474 ! MARTINI FORCE FIELD
 475         integer :: ilipbond_start,ilipbond_end,ilipang_start,ilipang_end, &
 476         maxelecliplist,ilip_elec_start,ilipelec_end,maxljliplist,iliplj_start,iliplj_end,&
 477         ilipbond_start_tub,ilipbond_end_tub
 478         integer,dimension(:),allocatable :: mlipljlisti,mlipljlistj,&
 479         mlipeleclisti,mlipeleclistj
 480         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: lip_angle_force,lip_angle_angle
 481         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: lip_bond,lip_eps,lip_sig
 482         integer,dimension(:),allocatable :: ichargelipid
 483         real(kind=8) :: kjtokcal,krad,k_coulomb_lip,kbondlip
 484 !homology
 485       integer ::  inprint,npermut,&
 486        tubelog,constr_homology,homol_nset
 487       logical :: mremd_dec,out_cart,&
 488        out_int,gmatout,&
 489        with_dihed_constr,read2sigma,start_from_model,read_homol_frag,&
 490        out_template_coord,out_template_restr,loc_qlike,adaptive
 491       real(kind=8) :: aincr,waga_dist,waga_angle,waga_theta,&
 492        waga_d,dist2_cut
 493       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: waga_homology
 494       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: odl,&
 495        sigma_odl,dih,sigma_dih, sigma_odlir, xxtpl,&
 496        yytpl,zztpl,thetatpl,sigma_theta,sigma_d
 497       integer,dimension(:),allocatable :: ires_homo,jres_homo
 498       integer,dimension(:,:),allocatable :: idomain,tabpermchain,iequiv,&
 499                   chain_border,chain_border1
 500       integer :: lim_odl,lim_dih,link_start_homo,&
 501        link_end_homo,idihconstr_start_homo,idihconstr_end_homo
 502       logical,dimension(:,:),allocatable :: l_homo
 503       integer ::nchain,iprzes,&
 504         npermchain,&
 505         nchain_group,&
 506         nmodel_start,nran_start
 507 !      real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: c,dc,dc_old,xloc,xrot,&
 508 !                 dc_norm,dc_norm2,cref,crefjlee
 509 !      real(kind=8),dimension(:),allocatable :: d_c_work
 510       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: chomo
 511 !      real(kind=8) :: totTafm
 512       character(len=256),dimension(:),allocatable:: pdbfiles_chomo
 513       integer,dimension(:),allocatable :: chain_length,ireschain,&
 514        nequiv,mapchain, nres_chomo
 515       real(kind=8) :: enecut,sscut,sss,sssgrad
 516 ! waterwater
 517        real(kind=8),dimension(:),allocatable :: awaterenta,bwaterenta,&
 518            cwaterenta,dwaterenta,awaterentro,bwaterentro,cwaterentro,&
 519            dwaterentro
 520 !       buflipbot, bufliptop,bordlipbot,bordliptop,lipbufthick,lipthick
 521 !-------------------------------------------------------------------------
 522         real(kind=8),dimension(3,70000) :: ea
 523 !      real(kind=8) :: buftubebot, buftubetop,bordtubebot,bordtubetop,tubebufthick
 524       end module energy_data