source/unres/data/energy_data.F90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=57 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17       integer,parameter :: maxcontsshi=50
  18 !-----------------------------------------------------------------------------
  19 ! Max. number of SC contacts
  20       integer :: maxcont
  21 ! Maximum number of valence and torsional in rigorous approach
  22       integer,parameter :: maxtor_kcc=6
  23       integer,parameter :: maxval_kcc=6
  24       integer,parameter :: maxang_kcc=36
  25
  26 !-----------------------------------------------------------------------------
  27 ! commom.contacts
  28 !      common /contacts/
  29       integer :: ncont,ncont_ref
  30       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  31 !#ifdef WHAM_RUN
  32 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  33 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  34 !#endif
  35 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  36 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  37 !      common /contdistrib/
  38       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  39 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  40       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  41       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  42        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  43       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  44       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  45 !-----------------------------------------------------------------------------
  46 ! commom.deriv;
  47 !      common /derivat/
  48       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  49       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  50       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  51       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  52       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  53       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  54       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  55       integer :: nfl,icg
  56
  57 !      common /derivat/   wham
  58       logical :: calc_grad
  59 !      common /mpgrad/
  60       integer :: igrad_start,igrad_end
  61       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  62 !-----------------------------------------------------------------------------
  63 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  64 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  65 ! 12/1/95 wcorr added
  66 !-----------------------------------------------------------------------------
  67 ! common.ffield
  68 !      common /ffield/
  69       integer :: n_ene_comp
  70       integer :: rescale_mode
  71       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  72        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  73        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube, &
  74        wbond_nucl,wang_nucl,wcorr_nucl,wcorr3_nucl,welpp,wtor_nucl,&
  75        wtor_d_nucl,welsb,wsbloc,wvdwsb,welpsb,wvdwpp_nucl,wvdwpsb,wcatprot,&
  76        wcatcat,wscbase,wpepbase,wscpho,wpeppho,wdihc,wcatnucl,wcat_tran,wcat_ang,&
  77        wlip_prot,wmartini
  78 #ifdef CLUSTER
  79       real(kind=8) :: scalscp
  80 #endif
  81       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  82       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  83       integer :: ipot,ipot_nucl
  84 !      common /potentials/
  85       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  86         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  87 !-----------------------------------------------------------------------------
  88 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  89 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  90 ! and local side-chain terms.
  91 !
  92 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  93 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  94 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  95 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  96 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  97 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  98 !-----------------------------------------------------------------------------
  99 ! common.interact
 100 !      common /interact/
 101       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
 102       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
 103        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
 104       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_nucl,bb_nucl
 105       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
 106       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
 107       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
 108       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
 109       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
 110       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: aad_nucl,bad_nucl !(ntyp,2)
 111       real(kind=8),dimension(2,2) :: app_nucl,bpp_nucl
 112       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: ael6_nucl,&
 113         ael3_nucl,ael32_nucl,ael63_nucl
 114       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 115       integer,dimension(5) :: nnt_molec,nct_molec
 116       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 117       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 118        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 119       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart_nucl,iend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 120       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr_nucl,itel_nucl,&
 121        ielstart_nucl,ielend_nucl,ielstart_vdw_nucl,ielend_vdw_nucl,nscp_gr_nucl !(maxres)
 122       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart_nucl,iscpend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 123
 124       integer,dimension(:),allocatable :: istype,molnum
 125       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 126       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 127       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 128        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 129       integer :: iatsc_s_nucl,iatsc_e_nucl,iatel_s_nucl,iatel_e_nucl,&
 130        iatel_s_vdw_nucl,iatel_e_vdw_nucl,iatscp_s_nucl,iatscp_e_nucl,&
 131        ispp_nucl,iscp_nucl
 132
 133 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 134 !      common /body/
 135       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 136       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 137        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 138       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 139        sigii,rr0        !(ntyp)
 140       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 141       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma_nucl !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 142       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps_nucl,sigmaii_nucl,&
 143        chi_nucl,r0_nucl, chip_nucl   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 144       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: alp_nucl,sigma0_nucl,&
 145        sigii_nucl,rr0_nucl        !(ntyp)
 146       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp_nucl,epp_nucl
 147       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable ::elpp6_nucl,&
 148        elpp3_nucl,elpp32_nucl,elpp63_nucl
 149       real(kind=8):: r0pp,epspp,AEES,BEES
 150
 151       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 152       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: eps_scp_nucl,rscp_nucl!(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 153
 154 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 155 !      common /stretch/
 156       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 157       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 158       real(kind=8) :: vbldp0_nucl,akp_nucl
 159       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0_nucl,&
 160        aksc_nucl,abond0_nucl !(maxbondterm,ntyp)
 161
 162       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 163       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm_nucl     !(ntyp)
 164
 165
 166
 167       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_scend     !(ntyp)
 168       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable:: arotam_end
 169 !-----------------------------------------------------------------------------
 170 ! common.local
 171 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 172 !      common /theta_abinitio/
 173       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 174        ndouble,nntheterm
 175       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 176       integer,dimension(:,:),allocatable :: nstate !(-ntyp1:ntyp1)
 177       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 178 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 179       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 180       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 181        ccthet,ddthet,eethet
 182 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 183       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 184
 185 !-----------nucleic acid parameters--------------------------
 186       integer :: nthetyp_nucl,ntheterm_nucl,ntheterm2_nucl,&
 187       ntheterm3_nucl,nsingle_nucl,&
 188        ndouble_nucl,nntheterm_nucl
 189       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 190       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: aa0thet_nucl
 191 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 192       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aathet_nucl
 193       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet_nucl,&
 194        ccthet_nucl,ddthet_nucl,eethet_nucl
 195 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 196       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet_nucl,ggthet_nucl
 197
 198 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 199 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 200 !      common /thetas/
 201       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 202        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 203       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 204       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 205       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 206 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 207 !      common /sclocal/
 208       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 209       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 210       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 211       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 212       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 213 ! Virtual-bond lenghts
 214 !      common /peptbond/
 215       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 216 !      common /indices/
 217       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 218        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 219        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 220        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 221        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 222        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 223       integer :: ibond_nucl_start,ibond_nucl_end,iphi_nucl_start,&
 224        iphi_nucl_end,iphid_nucl_start,iphid_nucl_end,&
 225        ibondp_nucl_start,ibondp_nucl_end,ithet_nucl_start,ithet_nucl_end,&
 226         loc_start_nucl,loc_end_nucl
 227       integer :: icatb_start,icatb_end
 228       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 229        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 230        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 231        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 232 !-----------------------------------------------------------------------------
 233 ! common.MD
 234 !      common /mdgrad/
 235       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 236       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 237 !      common /back_constr/
 238       integer :: nfrag_back
 239       real(kind=8) :: uconst_back
 240       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 241       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 242       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 243 !      common /qmeas/ in module geometry
 244 !-----------------------------------------------------------------------------
 245 ! common.sbridge
 246 !      common /sbridge/
 247       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 248       integer :: ns,nss,nfree
 249       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 250 !      common /links/
 251       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 252       integer :: nhpb
 253       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 254 !      common /restraints/
 255       real(kind=8) :: weidis
 256 !      common /links_split/
 257       integer :: link_start,link_end
 258 !      common /dyn_ssbond/
 259       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 260       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 261       logical :: dyn_ss
 262       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 263 !-----------------------------------------------------------------------------
 264 ! common.sccor
 265 ! Parameters of the SCCOR term
 266 !      common/sccor/
 267       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 268       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 269       integer :: nsccortyp
 270       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 271       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 272       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 273        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 274       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 275       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 276 !-----------------------------------------------------------------------------
 277 ! common.scrot
 278 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 279 !      common/scrot/
 280       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 281       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin_nucl !(maxsccoef,ntyp)
 282
 283 !-----------------------------------------------------------------------------
 284 ! common.torcnstr
 285 !      common /torcnstr/
 286       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 287       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 288       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 289        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 290 !      real(kind=8) :: ftors
 291       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 292       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0,ftors !(maxdih_constr)
 293       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 294
 295 !-----------------------------------------------------------------------------
 296 ! common.torsion
 297 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 298 !      common/torsion/
 299       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 300 #ifdef CRYST_TOR
 301       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 302 #else
 303       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 304 #endif
 305       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 306       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 307       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 308       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 309 ! ---- for rigorous approach
 310       integer :: ntortyp,nterm_old
 311 !      integer nloctyp
 312       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_kcc_Tb,nterm_kcc
 313       integer,dimension(:),allocatable :: iloctyp,itype2loc
 314       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: v1_kcc,v2_kcc
 315       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v1bend_chyb
 316       integer,dimension(:),allocatable :: nbend_kcc_Tb
 317 !------torsion nucleic
 318       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v0_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 319       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1_nucl,v2_nucl !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 320       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1_nucl !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 321       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2_nucl,vlor3_nucl !(maxlor,maxtor,maxtor)
 322       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 323       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_nucl,nlor_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 324       integer :: ntortyp_nucl,nterm_old_nucl
 325
 326 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 327 !      common /torsiond/
 328       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 329         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 330       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 331         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 332       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 333         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 334 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 335 !           surfacecommon
 336 !      common/fourier/
 337       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 338        b1tilde,b2tilde,gtb1,gtb2!(2,-maxtor:maxtor),
 339       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 340        ctilde,dtilde,bnew1,bnew2,ccnew,ddnew,bnew1tor,&
 341        bnew2tor,ccnewtor,ddnewtor,ccold,ddold,eeold,&
 342        gtCC,gtDD,gtEE,gtEUg
 343       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: eenew,eenewtor
 344       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: e0new,e0newtor
 345       integer :: nloctyp
 346 !      common/fourier/  z wham
 347       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 348 !---------------MOMO---------------------------------------------------
 349         integer,dimension(:),allocatable :: icharge
 350         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 351            sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 352            epsintab,debaykap
 353         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasur,alphiso,&
 354            wqdip,wstate,dtail
 355          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dhead
 356 !-----------------------------------------------------------------------------
 357 ! 24 Apr 2017
 358 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 359       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 360       integer xshift,yshift,zshift
 361 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 362       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 363       real(kind=8) :: pepliptran
 364
 365 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 366       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 367         short_r_sidechain
 368       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 369 ! AFM
 370        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst,&
 371        velnanoconst,distnanoinit,forcenanoconst,inanomove,vecsim,vectrue
 372       real(kind=8),dimension(1000) :: inanotab
 373       integer :: afmend,afmbeg,nbegafmmat,nendafmmat
 374       integer, dimension(1000) :: afmendcentr,afmbegcentr
 375       real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: catprm
 376       real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: catnuclprm
 377
 378
 379          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable ::  eps_scbase, &
 380         sigma_scbase,                         &
 381         sigmap1_scbase,sigmap2_scbase,        &
 382         dhead_scbasei, dhead_scbasej, epshead_scbase,&
 383         sig0head_scbase,  rborn_scbasei,rborn_scbasej,alphapol_scbase,epsintab_scbase,&
 384         aa_scbase,bb_scbase
 385          real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: alphasur_scbase, &
 386         wdipdip_scbase,wqdip_scbase,chi_scbase,chipp_scbase,chis_scbase
 387
 388         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_pepbase, &
 389         sigma_pepbase,                         &
 390         sigmap1_pepbase,sigmap2_pepbase,&
 391         aa_pepbase,bb_pepbase
 392
 393          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_pepbase, &
 394         wdipdip_pepbase,chi_pepbase,chipp_pepbase,chis_pepbase
 395
 396         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_scpho, &
 397         sigma_scpho,                         &
 398         sigmap1_scpho,sigmap2_scpho,&
 399         aa_scpho,bb_scpho,wqq_scpho,epsintab_scpho,alphapol_scpho,&
 400         rborn_scphoi,rborn_scphoj,dhead_scphoi,alphi_scpho
 401
 402          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_scpho, &
 403         chi_scpho,chipp_scpho,chis_scpho,              &
 404         wqdip_scpho
 405          real(kind=8) ,dimension(4) :: alphasur_peppho
 406          real(kind=8) ,dimension(2) :: wqdip_peppho
 407          real(kind=8) :: eps_peppho,sigma_peppho,sigmap1_peppho,sigmap2_peppho, &
 408          aa_peppho,bb_peppho
 409 !------------- for psi prec constraints
 410          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: vpsipred,sdihed
 411
 412 !23 Jul 2019 ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)--------------------
 413 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat,&
 414 !           epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,sigmap1cat,&
 415 !           sigmap2cat,wquadcat,chicat,chiscat,chippcat,&
 416 !           epsintabcat,debaykapcat
 417         integer,dimension(:),allocatable :: ichargecat
 418 !        integer oldion
 419
 420         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat, alphapolcat2, &
 421            epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,rborn1cat,rborn2cat,&
 422            sigmap1cat,sigmap2cat,chis1cat,chis2cat,wquadcat,chipp1cat,chipp2cat,&
 423            epsintabcat,debaykapcat,chi1cat,chi2cat,sigmacat, nstatecat, epscat,&
 424            aa_aq_cat,bb_aq_cat
 425
 426         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasurcat,&
 427            alphisocat,wqdipcat,dtailcat,wstatecat
 428          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dheadcat
 429
 430
 431         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolmart, alphapolmart2, &
 432            epsheadmart,sig0headmart,sigiso1mart,sigiso2mart,rborn1mart,rborn2mart,&
 433            sigmap1mart,sigmap2mart,chis1mart,chis2mart,wquadmart,chipp1mart,chipp2mart,&
 434            epsintabmart,debaykapmart,chi1mart,chi2mart,sigmamart, nstatemart, epsmart,&
 435            aa_aq_mart,bb_aq_mart
 436
 437         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasurmart,&
 438            alphisomart,wqdipmart,dtailmart,wstatemart
 439          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dheadmart
 440
 441
 442           integer,dimension(60000) :: contlistscpi_f,contlistscpj_f
 443 !         integer :: ifirstrun,ilist_scp_first
 444 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 445 !           sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 446 !           epsintab,debaykap
 447
 448
 449 !end of ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)-----------------------
 450 !
 451
 452 ! Parameters for transistion ions
 453        real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable:: agamacattran,&
 454        athetacattran
 455        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable::acatshiftdsc,&
 456        bcatshiftdsc,demorsecat,alphamorsecat,x0catleft,x0catright,&
 457        x0cattrans,aomicattr
 458        real(kind=8),dimension(:),allocatable::ntrantyp
 459
 460 ! FRAGMENT FOR INTERACTION LIST
 461         integer,dimension(:),allocatable :: newcontlistppi,newcontlistppj,&
 462         newcontlisti,newcontlistj,  newcontlistscpi,newcontlistscpj,&
 463         newcontlistcatscnormi,newcontlistcatscnormj,&
 464         newcontlistcatpnormi,newcontlistcatpnormj,&
 465         newcontlistcatsctrani,newcontlistcatsctranj,&
 466         newcontlistcatptrani,newcontlistcatptranj,&
 467         newcontlistcatscangi,newcontlistcatscangj,&
 468         newcontlistcatscangfi,newcontlistcatscangfj,&
 469         newcontlistcatscangfk,&
 470         newcontlistcatscangti,newcontlistcatscangtj,&
 471         newcontlistcatscangtk,newcontlistcatscangtl,&
 472         newcontlistcatcatnormi,newcontlistcatcatnormj,&
 473         newcontlistmartsci,newcontlistmartscj,&
 474         newcontlistmartpi,newcontlistmartpj
 475
 476
 477
 478
 479
 480         integer :: g_listpp_start,g_listpp_end,g_listscp_start,g_listscp_end,&
 481         g_listscsc_start,g_listscsc_end, &
 482         g_listcatsctran_start,g_listcatsctran_end,&
 483         g_listcatscnorm_start,g_listcatscnorm_end,&
 484         g_listcatptran_start,g_listcatptran_end,&
 485         g_listcatpnorm_start,g_listcatpnorm_end,&
 486         g_ilist_catscnorm,g_ilist_catsctran,g_ilist_catpnorm,&
 487         g_ilist_catptran,g_ilist_catscang,g_ilist_catscangf,g_ilist_catscangt,&
 488         g_listcatscang_start,g_listcatscang_end,&
 489         g_listcatscangf_start,g_listcatscangf_end,&
 490         g_listcatscangt_start,g_listcatscangt_end,&
 491         g_listcatcatnorm_start,g_listcatcatnorm_end,g_ilist_catcatnorm,&
 492         g_ilist_martp,g_ilist_martsc,&
 493         g_listmartsc_start,g_listmartsc_end,&
 494         g_listmartp_start,g_listmartp_end
 495
 496
 497
 498 ! MARTINI FORCE FIELD
 499         integer :: ilipbond_start,ilipbond_end,ilipang_start,ilipang_end, &
 500         maxelecliplist,ilip_elec_start,ilipelec_end,maxljliplist,iliplj_start,iliplj_end,&
 501         ilipbond_start_tub,ilipbond_end_tub
 502         integer,dimension(:),allocatable :: mlipljlisti,mlipljlistj,&
 503         mlipeleclisti,mlipeleclistj
 504         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: lip_angle_force,lip_angle_angle
 505         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: lip_bond,lip_eps,lip_sig
 506         integer,dimension(:),allocatable :: ichargelipid
 507         real(kind=8) :: kjtokcal,krad,k_coulomb_lip,kbondlip
 508 !homology
 509       integer ::  inprint,npermut,&
 510        tubelog,constr_homology,homol_nset
 511       logical :: mremd_dec,out_cart,&
 512        out_int,gmatout,&
 513        with_dihed_constr,read2sigma,start_from_model,read_homol_frag,&
 514        out_template_coord,out_template_restr,loc_qlike,adaptive
 515       real(kind=8) :: aincr,waga_dist,waga_angle,waga_theta,&
 516        waga_d,dist2_cut
 517       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: waga_homology
 518       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: odl,&
 519        sigma_odl,dih,sigma_dih, sigma_odlir, xxtpl,&
 520        yytpl,zztpl,thetatpl,sigma_theta,sigma_d
 521       integer,dimension(:),allocatable :: ires_homo,jres_homo
 522       integer,dimension(:,:),allocatable :: idomain,tabpermchain,iequiv,&
 523                   chain_border,chain_border1
 524       integer :: lim_odl,lim_dih,link_start_homo,&
 525        link_end_homo,idihconstr_start_homo,idihconstr_end_homo
 526       logical,dimension(:,:),allocatable :: l_homo
 527       integer ::nchain,iprzes,&
 528         npermchain,&
 529         nchain_group,&
 530         nmodel_start,nran_start
 531 !      real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: c,dc,dc_old,xloc,xrot,&
 532 !                 dc_norm,dc_norm2,cref,crefjlee
 533 !      real(kind=8),dimension(:),allocatable :: d_c_work
 534       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: chomo
 535 !      real(kind=8) :: totTafm
 536       character(len=256),dimension(:),allocatable:: pdbfiles_chomo
 537       integer,dimension(:),allocatable :: chain_length,ireschain,&
 538        nequiv,mapchain, nres_chomo
 539       real(kind=8) :: enecut,sscut,sss,sssgrad
 540 ! waterwater
 541        real(kind=8),dimension(:),allocatable :: awaterenta,bwaterenta,&
 542            cwaterenta,dwaterenta,awaterentro,bwaterentro,cwaterentro,&
 543            dwaterentro
 544 !       buflipbot, bufliptop,bordlipbot,bordliptop,lipbufthick,lipthick
 545 !-------------------------------------------------------------------------
 546         real(kind=8),dimension(3,70000) :: ea
 547 #ifdef LBFGS
 548       character*9 statusbf
 549       integer niter,nfun,ncalls
 550 #endif
 551 !      real(kind=8) :: buftubebot, buftubetop,bordtubebot,bordtubetop,tubebufthick
 552       end module energy_data