source/unres/data/energy_data.F90

   1       module energy_data
   2 !-----------------------------------------------------------------------------
   3       use names
   4 !-----------------------------------------------------------------------------
   5 ! Max. number of energy intervals
   6       integer,parameter :: max_ene=49 !10
   7 !-----------------------------------------------------------------------------
   8 ! Maximum number of terms in SC bond-stretching potential
   9       integer,parameter :: maxbondterm=3
  10 !-----------------------------------------------------------------------------
  11 ! Max. number of derivatives of virtual-bond and side-chain vectors in theta
  12 ! or phi.
  13       integer :: maxdim
  14 !-----------------------------------------------------------------------------
  15 ! Max. number of contacts per residue
  16       integer :: maxconts
  17       integer,parameter :: maxcontsshi=50
  18 !-----------------------------------------------------------------------------
  19 ! Max. number of SC contacts
  20       integer :: maxcont
  21 ! Maximum number of valence and torsional in rigorous approach
  22       integer,parameter :: maxtor_kcc=6
  23       integer,parameter :: maxval_kcc=6
  24       integer,parameter :: maxang_kcc=36
  25
  26 !-----------------------------------------------------------------------------
  27 ! commom.contacts
  28 !      common /contacts/
  29       integer :: ncont,ncont_ref
  30       integer,dimension(:,:),allocatable :: icont,icont_ref !(2,maxcont)
  31 !#ifdef WHAM_RUN
  32 !      integer,dimension(:),allocatable :: nsccont_frag_ref !(mmaxfrag) !wham
  33 !      integer,dimension(:,:,:),allocatable :: isccont_frag_ref !(2,maxcont,mmaxfrag) !wham
  34 !#endif
  35 ! 12/13/2008 (again Poland-Jaruzel war anniversary)
  36 !   RE: Parallelization of 4th and higher order loc-el correlations
  37 !      common /contdistrib/
  38       integer,dimension(:),allocatable :: iat_sent !(maxres)
  39 ! iat_sent - zainicjowane w initialize_p.F;
  40       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: iint_sent,iint_sent_local !(4,maxres,maxres)
  41       integer,dimension(:,:),allocatable :: iturn3_sent,iturn4_sent,&
  42        iturn3_sent_local,iturn4_sent_local      !(4,maxres),
  43       integer,dimension(:),allocatable :: itask_cont_from,itask_cont_to !(0:max_fg_procs-1),
  44       integer :: nat_sent,ntask_cont_from,ntask_cont_to
  45 !-----------------------------------------------------------------------------
  46 ! commom.deriv;
  47 !      common /derivat/
  48       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dcdv,dxdv !(6,maxdim)
  49       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: dxds !(6,maxres)
  50       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gradx,gradc !(3,maxres,2)
  51       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gvdwx !(3,maxres)
  52       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gloc,gloc_x !(maxvar,2)   ,gloc_x  !!! nie używane
  53       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dtheta       !(3,2,maxres)
  54       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: dphi,dalpha,domega !(3,3,maxres)
  55       integer :: nfl,icg
  56
  57 !      common /derivat/   wham
  58       logical :: calc_grad
  59 !      common /mpgrad/
  60       integer :: igrad_start,igrad_end
  61       integer,dimension(:),allocatable :: jgrad_start,jgrad_end !(maxres)
  62 !-----------------------------------------------------------------------------
  63 ! The following COMMON block selects the type of the force field used in
  64 ! calculations and defines weights of various energy terms.
  65 ! 12/1/95 wcorr added
  66 !-----------------------------------------------------------------------------
  67 ! common.ffield
  68 !      common /ffield/
  69       integer :: n_ene_comp
  70       integer :: rescale_mode
  71       real(kind=8) :: wsc,wscp,welec,wbond,wstrain,wtor,wtor_d,wang,&
  72        wscloc,wcorr,wcorr4,wcorr5,wcorr6,wsccor,wel_loc,wturn3,wturn4,&
  73        wturn6,wvdwpp,wliptran,wshield,lipscale,wtube, &
  74        wbond_nucl,wang_nucl,wcorr_nucl,wcorr3_nucl,welpp,wtor_nucl,&
  75        wtor_d_nucl,welsb,wsbloc,wvdwsb,welpsb,wvdwpp_nucl,wvdwpsb,wcatprot,&
  76        wcatcat,wscbase,wpepbase,wscpho,wpeppho,wdihc
  77 #ifdef CLUSTER
  78       real(kind=8) :: scalscp
  79 #endif
  80       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: weights !(n_ene)
  81       real(kind=8) :: temp0,scal14,cutoff_corr,delt_corr,r0_corr
  82       integer :: ipot,ipot_nucl
  83 !      common /potentials/
  84       character(len=3),dimension(5) :: potname = &
  85         (/'LJ ','LJK','BP ','GB ','GBV'/)
  86 !-----------------------------------------------------------------------------
  87 ! wlong,welec,wtor,wang,wscloc are the weight of the energy terms
  88 ! corresponding to side-chain, electrostatic, torsional, valence-angle,
  89 ! and local side-chain terms.
  90 !
  91 ! IPOT determines which SC...SC interaction potential will be used:
  92 ! 1 - LJ:  2n-n Lennard-Jones
  93 ! 2 - LJK: 2n-n Kihara type (shifted Lennard-Jones)
  94 ! 3 - BP;  Berne-Pechukas (angular dependence)
  95 ! 4 - GB;  Gay-Berne (angular dependence)
  96 ! 5 - GBV; Gay-Berne-Vorobjev; angularly-dependent Kihara potential
  97 !-----------------------------------------------------------------------------
  98 ! common.interact
  99 !      common /interact/
 100       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_aq,bb_aq,augm,aa_lip,bb_lip !(ntyp,ntyp)
 101       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: sc_aa_tube_par,sc_bb_tube_par,&
 102        acavtub,bcavtub,ccavtub,dcavtub,tubetranene
 103       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aa_nucl,bb_nucl
 104       real(kind=8) :: acavtubpep,bcavtubpep,ccavtubpep,dcavtubpep, &
 105       tubetranenepep,pep_aa_tube,pep_bb_tube,tubeR0
 106       real(kind=8),dimension(3) :: tubecenter
 107       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: aad,bad !(ntyp,2)
 108       real(kind=8),dimension(2,2) :: app,bpp,ael6,ael3
 109       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: aad_nucl,bad_nucl !(ntyp,2)
 110       real(kind=8),dimension(2,2) :: app_nucl,bpp_nucl
 111       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: ael6_nucl,&
 112         ael3_nucl,ael32_nucl,ael63_nucl
 113       integer :: expon,expon2, nnt,nct,itypro
 114       integer,dimension(5) :: nnt_molec,nct_molec
 115       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart,iend !(maxres,maxint_gr)
 116       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr,itel,&
 117        ielstart,ielend,ielstart_vdw,ielend_vdw,nscp_gr !(maxres)
 118       integer,dimension(:,:),allocatable :: istart_nucl,iend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 119       integer,dimension(:),allocatable :: nint_gr_nucl,itel_nucl,&
 120        ielstart_nucl,ielend_nucl,ielstart_vdw_nucl,ielend_vdw_nucl,nscp_gr_nucl !(maxres)
 121       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart_nucl,iscpend_nucl !(maxres,maxint_gr)
 122
 123       integer,dimension(:),allocatable :: istype,molnum
 124       integer,dimension(:,:),allocatable :: itype ! now itype has more molecule types
 125       integer,dimension(:,:),allocatable :: iscpstart,iscpend !(maxres,maxint_gr)
 126       integer :: iatsc_s,iatsc_e,iatel_s,iatel_e,iatel_s_vdw,&
 127        iatel_e_vdw,iatscp_s,iatscp_e,ispp,iscp
 128       integer :: iatsc_s_nucl,iatsc_e_nucl,iatel_s_nucl,iatel_e_nucl,&
 129        iatel_s_vdw_nucl,iatel_e_vdw_nucl,iatscp_s_nucl,iatscp_e_nucl,&
 130        ispp_nucl,iscp_nucl
 131
 132 ! 12/1/95 Array EPS included in the COMMON block.
 133 !      common /body/
 134       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 135       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps,epslip,sigmaii,&
 136        rs0,chi,r0,r0e   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 137       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: chip,alp,sigma0,&
 138        sigii,rr0        !(ntyp)
 139       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp,epp,elpp6,elpp3
 140       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sigma_nucl !(0:ntyp1,0:ntyp1)
 141       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: eps_nucl,sigmaii_nucl,&
 142        chi_nucl,r0_nucl, chip_nucl   !(ntyp,ntyp) r0e !!! nie używane
 143       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: alp_nucl,sigma0_nucl,&
 144        sigii_nucl,rr0_nucl        !(ntyp)
 145       real(kind=8),dimension(2,2) :: rpp_nucl,epp_nucl
 146       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable ::elpp6_nucl,&
 147        elpp3_nucl,elpp32_nucl,elpp63_nucl
 148       real(kind=8):: r0pp,epspp,AEES,BEES
 149
 150       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: r0d,eps_scp,rscp !(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 151       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: eps_scp_nucl,rscp_nucl!(ntyp,2)  r0d  !!! nie używane
 152
 153 ! 12/5/03 modified 09/18/03 Bond stretching parameters.
 154 !      common /stretch/
 155       real(kind=8) :: vbldp0,akp,distchainmax,vbldpDUM
 156       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0,aksc,abond0 !(maxbondterm,ntyp)
 157       real(kind=8) :: vbldp0_nucl,akp_nucl
 158       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: vbldsc0_nucl,&
 159        aksc_nucl,abond0_nucl !(maxbondterm,ntyp)
 160
 161       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm     !(ntyp)
 162       integer,dimension(:),allocatable :: nbondterm_nucl     !(ntyp)
 163
 164 !-----------------------------------------------------------------------------
 165 ! common.local
 166 ! Parameters of ab initio-derived potential of virtual-bond-angle bending
 167 !      common /theta_abinitio/
 168       integer :: nthetyp,ntheterm,ntheterm2,ntheterm3,nsingle,&
 169        ndouble,nntheterm
 170       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp !(-ntyp1:ntyp1)
 171       integer,dimension(:,:),allocatable :: nstate !(-ntyp1:ntyp1)
 172       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aa0thet
 173 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 174       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: aathet
 175       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet,&
 176        ccthet,ddthet,eethet
 177 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 178       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet,ggthet
 179
 180 !-----------nucleic acid parameters--------------------------
 181       integer :: nthetyp_nucl,ntheterm_nucl,ntheterm2_nucl,&
 182       ntheterm3_nucl,nsingle_nucl,&
 183        ndouble_nucl,nntheterm_nucl
 184       integer,dimension(:),allocatable :: ithetyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 185       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: aa0thet_nucl
 186 !(-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 187       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: aathet_nucl
 188       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: bbthet_nucl,&
 189        ccthet_nucl,ddthet_nucl,eethet_nucl
 190 !(maxsingle,maxtheterm2,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 191       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: ffthet_nucl,ggthet_nucl
 192
 193 !(maxdouble,maxdouble,maxtheterm3,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,-maxthetyp1:maxthetyp1,2)
 194 ! Parameters of the virtual-bond-angle probability distribution
 195 !      common /thetas/
 196       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: a0thet,theta0,&
 197        sig0,sigc0       !(-ntyp:ntyp)
 198       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: athet,bthet !(2,-ntyp:ntyp,-1:1,-1:1)
 199       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: polthet        !(0:3,-ntyp:ntyp)
 200       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gthet  !(3,-ntyp:ntyp)
 201 ! Parameters of the side-chain probability distribution
 202 !      common /sclocal/
 203       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dsc,dsc_inv,dsc0 !(ntyp1)
 204       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: bsc !(maxlob,ntyp)
 205       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: censc !(3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 206       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: gaussc !(3,3,maxlob,-ntyp:ntyp)
 207       integer,dimension(:),allocatable :: nlob !(ntyp1)
 208 ! Virtual-bond lenghts
 209 !      common /peptbond/
 210       real(kind=8) :: vbl,vblinv,vblinv2,vbl_cis,vbl0
 211 !      common /indices/
 212       integer :: loc_start,loc_end,ithet_start,ithet_end,iphi_start,&
 213        iphi_end,iphid_start,iphid_end,ibond_start,ibond_end,&
 214        ibondp_start,ibondp_end,ivec_start,ivec_end,iset_start,iset_end,&
 215        iturn3_start,iturn3_end,iturn4_start,iturn4_end,iint_start,&
 216        iint_end,iphi1_start,iphi1_end,itau_start,itau_end,&
 217        ilip_start,ilip_end,itube_start,itube_end
 218       integer :: ibond_nucl_start,ibond_nucl_end,iphi_nucl_start,&
 219        iphi_nucl_end,iphid_nucl_start,iphid_nucl_end,&
 220        ibondp_nucl_start,ibondp_nucl_end,ithet_nucl_start,ithet_nucl_end,&
 221         loc_start_nucl,loc_end_nucl
 222       integer,dimension(:),allocatable :: ibond_displ,ibond_count,&
 223        ithet_displ,ithet_count,iphi_displ,iphi_count,iphi1_displ,&
 224        iphi1_count,ivec_displ,ivec_count,iset_displ,iset_count,&
 225        iint_count,iint_displ    !(0:max_fg_procs-1)
 226 !-----------------------------------------------------------------------------
 227 ! common.MD
 228 !      common /mdgrad/
 229       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gcart,gxcart !(3,0:MAXRES)
 230       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: gradcag,gradxag !(3,MAXRES)  !!! nie używane
 231 !      common /back_constr/
 232       integer :: nfrag_back
 233       real(kind=8) :: uconst_back
 234       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: utheta,ugamma,uscdiff !(maxfrag_back)
 235       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: wfrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 236       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: ifrag_back !(3,maxfrag_back,maxprocs/20)
 237 !      common /qmeas/ in module geometry
 238 !-----------------------------------------------------------------------------
 239 ! common.sbridge
 240 !      common /sbridge/
 241       real(kind=8) :: ss_depth,ebr,d0cm,akcm,akth,akct,v1ss,v2ss,v3ss
 242       integer :: ns,nss,nfree
 243       integer,dimension(:),allocatable :: iss   !(maxss)
 244 !      common /links/
 245       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: dhpb,forcon,dhpb1,fordepth !(maxdim) !el dhpb1 !!! nie używane
 246       integer :: nhpb
 247       integer,dimension(:),allocatable :: ihpb,jhpb,ibecarb !(maxdim) !el ibecarb !!! nie używane
 248 !      common /restraints/
 249       real(kind=8) :: weidis
 250 !      common /links_split/
 251       integer :: link_start,link_end
 252 !      common /dyn_ssbond/
 253       real(kind=8) :: Ht,atriss,btriss,ctriss,dtriss
 254       integer,dimension(:),allocatable :: idssb,jdssb !(maxdim)
 255       logical :: dyn_ss
 256       logical,dimension(:),allocatable :: dyn_ss_mask !(maxres)
 257 !-----------------------------------------------------------------------------
 258 ! common.sccor
 259 ! Parameters of the SCCOR term
 260 !      common/sccor/
 261       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1sccor,v2sccor !(maxterm_sccor,3,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 262       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0sccor !(maxterm_sccor,-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 263       integer :: nsccortyp
 264       integer,dimension(:),allocatable :: isccortyp !(-ntyp:ntyp)
 265       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_sccor,nlor_sccor !(-ntyp:ntyp,-ntyp:ntyp)
 266       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1sccor,&
 267        vlor2sccor,vlor3sccor    !(maxterm_sccor,20,20)
 268       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: gloc_sc !(3,0:maxres2,10)
 269       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dtauangle !(3,3,3,maxres2)
 270 !-----------------------------------------------------------------------------
 271 ! common.scrot
 272 ! Parameters of the SC rotamers (local) term
 273 !      common/scrot/
 274       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin !(maxsccoef,ntyp)
 275       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: sc_parmin_nucl !(maxsccoef,ntyp)
 276
 277 !-----------------------------------------------------------------------------
 278 ! common.torcnstr
 279 !      common /torcnstr/
 280       integer :: ndih_constr,ndih_nconstr,ntheta_constr
 281       integer,dimension(:),allocatable :: idih_constr,idih_nconstr,itheta_constr !(maxdih_constr)
 282       integer :: idihconstr_start,idihconstr_end, &
 283        ithetaconstr_start,ithetaconstr_end
 284 !      real(kind=8) :: ftors
 285       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: drange,theta_constr0,theta_drange !(maxdih_constr)
 286       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: phi0,ftors !(maxdih_constr)
 287       real(kind=8),dimension(:),allocatable :: for_thet_constr !(maxdih_constr)
 288
 289 !-----------------------------------------------------------------------------
 290 ! common.torsion
 291 ! Torsional constants of the rotation about virtual-bond dihedral angles
 292 !      common/torsion/
 293       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v0 !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 294 #ifdef CRYST_TOR
 295       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 296 #else
 297       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: v1,v2 !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 298 #endif
 299       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1 !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 300       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2,vlor3 !(maxlor,maxtor,maxtor)
 301       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp !(-ntyp1:ntyp1)
 302       integer,dimension(:,:,:),allocatable :: nterm,nlor !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 303 ! ---- for rigorous approach
 304       integer :: ntortyp,nterm_old
 305 !      integer nloctyp
 306       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_kcc_Tb,nterm_kcc
 307       integer,dimension(:),allocatable :: iloctyp,itype2loc
 308       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:),allocatable :: v1_kcc,v2_kcc
 309       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v1bend_chyb
 310       integer,dimension(:),allocatable :: nbend_kcc_Tb
 311 !------torsion nucleic
 312       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: v0_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 313       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: v1_nucl,v2_nucl !(maxterm,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 314       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor1_nucl !(maxlor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor)
 315       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: vlor2_nucl,vlor3_nucl !(maxlor,maxtor,maxtor)
 316       integer,dimension(:),allocatable :: itortyp_nucl !(-ntyp1:ntyp1)
 317       integer,dimension(:,:),allocatable :: nterm_nucl,nlor_nucl !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 318       integer :: ntortyp_nucl,nterm_old_nucl
 319
 320 ! 6/23/01 - constants for double torsionals
 321 !      common /torsiond/
 322       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v1c,v1s
 323         !(2,maxtermd_1,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 324       real(kind=8),dimension(:,:,:,:,:,:),allocatable :: v2c,v2s
 325         !(maxtermd_2,maxtermd_2,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 326       integer,dimension(:,:,:,:),allocatable :: ntermd_1,ntermd_2
 327         !(-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,-maxtor:maxtor,2)
 328 ! 9/18/99 - added Fourier coeffficients of the expansion of local energy
 329 !           surfacecommon
 330 !      common/fourier/
 331       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b1,b2,&
 332        b1tilde,b2tilde,gtb1,gtb2!(2,-maxtor:maxtor),
 333       real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: cc,dd,ee,&
 334        ctilde,dtilde,bnew1,bnew2,ccnew,ddnew,bnew1tor,&
 335        bnew2tor,ccnewtor,ddnewtor,ccold,ddold,eeold,&
 336        gtCC,gtDD,gtEE,gtEUg
 337       real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: eenew,eenewtor
 338       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: e0new,e0newtor
 339       integer :: nloctyp
 340 !      common/fourier/  z wham
 341       real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: b !(13,0:maxtor)
 342 !---------------MOMO---------------------------------------------------
 343         integer,dimension(:),allocatable :: icharge
 344         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 345            sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 346            epsintab,debaykap
 347         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasur,alphiso,&
 348            wqdip,wstate,dtail
 349          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dhead
 350 !-----------------------------------------------------------------------------
 351 ! 24 Apr 2017
 352 ! Varibles for cutoff on electorstatic
 353       real(kind=8) sss_ele_cut,sss_ele_grad
 354       integer xshift,yshift,zshift
 355 !2 Jul 2017 lipidc parameters -----------------------------------------------------
 356       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: liptranene
 357       real(kind=8) :: pepliptran
 358
 359 ! 4 Jul 2017 parameters for shieliding
 360       real(kind=8),dimension(:), allocatable :: long_r_sidechain, &
 361         short_r_sidechain
 362       real(kind=8) :: VSolvSphere,VSolvSphere_div,buff_shield
 363 ! AFM
 364        real(kind=8) :: distafminit,forceAFMconst,velAFMconst
 365       integer :: afmend,afmbeg
 366       real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: catprm
 367
 368          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable ::  eps_scbase, &
 369         sigma_scbase,                         &
 370         sigmap1_scbase,sigmap2_scbase,        &
 371         dhead_scbasei, dhead_scbasej, epshead_scbase,&
 372         sig0head_scbase,  rborn_scbasei,rborn_scbasej,alphapol_scbase,epsintab_scbase,&
 373         aa_scbase,bb_scbase
 374          real(kind=8),dimension(:,:,:), allocatable :: alphasur_scbase, &
 375         wdipdip_scbase,wqdip_scbase,chi_scbase,chipp_scbase,chis_scbase
 376
 377         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_pepbase, &
 378         sigma_pepbase,                         &
 379         sigmap1_pepbase,sigmap2_pepbase,&
 380         aa_pepbase,bb_pepbase
 381
 382          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_pepbase, &
 383         wdipdip_pepbase,chi_pepbase,chipp_pepbase,chis_pepbase
 384
 385         real(kind=8),dimension(:), allocatable ::  eps_scpho, &
 386         sigma_scpho,                         &
 387         sigmap1_scpho,sigmap2_scpho,&
 388         aa_scpho,bb_scpho,wqq_scpho,epsintab_scpho,alphapol_scpho,&
 389         rborn_scphoi,rborn_scphoj,dhead_scphoi,alphi_scpho
 390
 391          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: alphasur_scpho, &
 392         chi_scpho,chipp_scpho,chis_scpho,              &
 393         wqdip_scpho
 394          real(kind=8) ,dimension(4) :: alphasur_peppho
 395          real(kind=8) ,dimension(2) :: wqdip_peppho
 396          real(kind=8) :: eps_peppho,sigma_peppho,sigmap1_peppho,sigmap2_peppho, &
 397          aa_peppho,bb_peppho
 398 !------------- for psi prec constraints
 399          real(kind=8),dimension(:,:), allocatable :: vpsipred,sdihed
 400
 401 !23 Jul 2019 ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)--------------------
 402 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat,&
 403 !           epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,sigmap1cat,&
 404 !           sigmap2cat,wquadcat,chicat,chiscat,chippcat,&
 405 !           epsintabcat,debaykapcat
 406         integer,dimension(:),allocatable :: ichargecat
 407 !        integer oldion
 408
 409         real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapolcat,&
 410            epsheadcat,sig0headcat,sigiso1cat,sigiso2cat,rborncat,&
 411            sigmap1cat,sigmap2cat,chiscat,wquadcat,chippcat,&
 412            epsintabcat,debaykapcat,chicat,sigmacat, nstatecat, epscat,&
 413            aa_aq_cat,bb_aq_cat
 414
 415         real(kind=8),dimension(:,:,:),allocatable :: alphasurcat,&
 416            alphisocat,wqdipcat,dtailcat,wstatecat
 417          real(kind=8),dimension(:,:,:,:),allocatable :: dheadcat
 418
 419 !        real(kind=8),dimension(:,:),allocatable :: alphapol,epshead,&
 420 !           sig0head,sigiso1,sigiso2,rborn,sigmap1,sigmap2,chis,wquad,chipp,&
 421 !           epsintab,debaykap
 422
 423
 424 !end of ions parameters by Agnieszka Lipska (Ca, K, Na, Mg, Cl)-----------------------
 425
 426       end module energy_data