source/ga/common.inc

   1       integer*4 :: timeArray(4)              ! used for random seed
   2       integer*4 :: npdb = 0                  ! number of pdb files
   3       integer*4 :: ntwham = 0                ! number of WHAM template files
   4       integer*4 :: ntmremd = 0               ! number of MREMD template files
   5       integer*4 :: nscripts = 0              ! number of shell scripts to copy
   6       integer*4 :: maxgen = 0                ! maximum number of generations
   7       integer*4 :: banksize = 0              ! size of bank
   8       integer*4 :: generation = 0            ! current generation
   9       integer*4 :: maxminstep = 0            ! max minimalization to be done by zscore
  10       integer*4,parameter :: maxnpdb = 10    ! hard limit for maximum number of proteins
  11       integer*4,parameter :: maxscripts = 10
  12       real*8 :: csacutoff = 0.0              ! CSA cutoff
  13       real*8 :: minco = 0.0                  ! minimal CSA cutoff factor
  14       real*8 :: maxco = 0.0                  ! maximal CSA cutoff factor
  15       real*8 :: avrd = 0.0                   ! average distance between ind in first bank
  16       logical :: do_optima = .false.         ! do optimization in this step (internal variable)
  17       logical :: do_ga = .false.             ! do genetic algotithm in this step (internal variable)
  18       logical :: do_fs = .false.             ! do first step (internal variable)
  19       character*32 :: pdbfiles(maxnpdb)           ! PDB filenames
  20       character*32 :: scripts(maxscripts)         ! shell scripts filenames
  21       character*32 :: whamtemplate(maxnpdb)       ! WHAM template filenames
  22       character*32 :: mremdtemplate(maxnpdb)      ! MREMD template filenames
  23       character*32 :: zscoretemplate              ! ZSCORE template filename
  24       character*16 :: alg                         ! algorithm type (internal variable)
  25
  26       common /inputy/ npdb,nscripts,ntwham,ntmremd,maxgen,banksize,csacu&
  27      &toff,avrd,minco,maxco,alg,pdbfiles,scripts,whamtemplate,mremdtempl&
  28      &ate,generation,maxminstep,do_optima, do_ga
  29       character*7 :: version = "1.1.2"
  30       character*50 :: info = "= Last modified by Lightnir 04/07/2012"
  31       real*8,allocatable :: bank(:,:),populacja(:,:),temppopulacja(:,:)
  32       integer*4, allocatable :: pairs(:)