source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.F
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.F
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43         dfa.F
  44         printmat.f
  45 )
  46
  47 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  48         energy_p_new.F
  49         initialize_p.F
  50         geomout.F
  51         main_clust.F
  52         parmread.F
  53         probabl.F
  54         read_coords.F
  55         readrtns.F
  56         ssMD.F
  57         timing.F
  58         track.F
  59         work_partition.F
  60 )
  61
  62
  63 #================================================
  64 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  65 #================================================
  66 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  69   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  70 else ()
  71   set(FFLAGS0 "-g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  72 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  73
  74 #=========================================
  75 # Add MPI compiler flags
  76 #=========================================
  77 if(UNRES_WITH_MPI)
  78   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  79 endif(UNRES_WITH_MPI)
  80
  81 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  82
  83 #=========================================
  84 #  Settings for GAB force field
  85 #=========================================
  86 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  87    # set preprocesor flags
  88    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  89
  90 #=========================================
  91 #  Settings for E0LL2Y force field
  92 #=========================================
  93 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  94    # set preprocesor flags
  95    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  96 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  97   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  98 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  99
 100 #=========================================
 101 # Additional flags
 102 #=========================================
 103 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 104
 105 #=========================================
 106 # Compiler specific flags
 107 #=========================================
 108 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 109   # Add ifort preprocessor flags
 110   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 111 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 112   # Add new gfortran flags
 113   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 114 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 115   # Add old gfortran flags
 116   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 117 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 118
 119
 120 #=========================================
 121 # System specific flags
 122 #=========================================
 123 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 124   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 125 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 126
 127 #=========================================
 128 # Add MPI preprocessor flags
 129 #=========================================
 130 if (UNRES_WITH_MPI)
 131   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 132 endif(UNRES_WITH_MPI)
 133
 134
 135 #=========================================
 136 # Apply preprocesor flags to *.F files
 137 #=========================================
 138 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 139
 140
 141 #========================================
 142 #  Setting binary name
 143 #========================================
 144 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "cluster_wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 145
 146 #=========================================
 147 # cinfo.f workaround for CMake
 148 #=========================================
 149 # get the current date
 150 TODAY(DATE)
 151 # generate cinfo.f
 152
 153 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 154 FILE(WRITE ${CINFO}
 155 "C CMake generated file
 156        subroutine cinfo
 157        include 'COMMON.IOUNITS'
 158        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 159        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 160 ")
 161
 162 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 163 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 164 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 165 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 166 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 167 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 168 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 169
 170 FILE(APPEND ${CINFO}
 171 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 172        return
 173        end ")
 174
 175 # set include path
 176 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 177
 178
 179 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 180
 181 #=========================================
 182 # Set full unres CLUSTER sources
 183 #=========================================
 184 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 185
 186
 187
 188 #=========================================
 189 # Build the binary
 190 #=========================================
 191 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 192 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 193 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 194
 195 #=========================================
 196 # Link libraries
 197 #=========================================
 198 # link MPI libraries
 199 if(UNRES_WITH_MPI)
 200   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 201 endif(UNRES_WITH_MPI)
 202 # link libxdrf.a
 203 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 204
 205 #=========================================
 206 # Install Path
 207 #=========================================
 208 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 209
 210
 211 #=========================================
 212 # TESTS
 213 #=========================================
 214
 215 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 216   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 217      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 218      set (boot_lam "-boot")
 219   else()
 220      set (boot_lam "")
 221   endif()
 222
 223   if (UNRES_SRUN)
 224    set (np "-n")
 225    set (mpiexec "srun")
 226   elseif(UNRES_MPIRUN)
 227    set (np "-np")
 228    set (mpiexec "mpirun")
 229   else()
 230    set (np "-np")
 231    set (mpiexec "mpiexec")
 232   endif()
 233
 234 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 235 "#!/bin/sh
 236 export POT=GB
 237 export INPUT=$1
 238 export INTIN=1L2Y_wham
 239 export OUTPUT=1L2Y_clust
 240 export PDB=CART
 241 export COORD=CX
 242 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 243 #-----------------------------------------------------------------------------
 244 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 245 #-----------------------------------------------------------------------------
 246 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 247 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 248 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 249 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 250 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 251 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 252 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 253 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 254 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 255 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 256 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 257 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 258 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 259 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 260 export CONTFUNC=GB
 261 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 262 export SCRATCHDIR=.
 263 #-----------------------------------------------------------------------------
 264 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 265 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 266 ./cluster_wham_check.sh $1
 267 ")
 268
 269 #
 270 # File permissions workaround
 271 #
 272 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 273         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 274         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 275 )
 276
 277 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 278         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 279         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 280 )
 281
 282 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 283         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 284
 285 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 286         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 287
 288 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 289         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 290
 291 if(UNRES_DFA)
 292 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/dfa
 293         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 294
 295 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 296 "#!/bin/sh
 297 export POT=GB
 298 export INPUT=$1
 299 export INTIN=dfa_wham
 300 export OUTPUT=dfa_clust
 301 export PDB=CART
 302 export COORD=CX
 303 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 304 #-----------------------------------------------------------------------------
 305 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 306 #-----------------------------------------------------------------------------
 307 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 308 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 309 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 310 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 311 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 312 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 313 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 314 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 315 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 316 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 317 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 318 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 319 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 320 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 321 export CONTFUNC=GB
 322 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 323 export SCRATCHDIR=.
 324 #-----------------------------------------------------------------------------
 325 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 326 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 327 ./cluster_wham_check.sh $1
 328 ")
 329
 330 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 331         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa
 332         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 333 )
 334
 335
 336 endif()
 337
 338
 339 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 340     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 341   if(UNRES_DFA)
 342       add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd_dfa COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh dfa_clust 2 WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa )
 343   endif()
 344 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")