source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.F
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.F
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43         dfa.F
  44         printmat.f
  45 )
  46
  47 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  48         energy_p_new.F
  49         initialize_p.F
  50         geomout.F
  51         main_clust.F
  52         parmread.F
  53         probabl.F
  54         read_coords.F
  55         readrtns.F
  56         ssMD.F
  57         timing.F
  58         track.F
  59         work_partition.F
  60 )
  61
  62
  63 #================================================
  64 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  65 #================================================
  66 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  67   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  68 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  69   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  70 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  71   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  72 else ()
  73   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  74 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  75
  76 #=========================================
  77 # Add MPI compiler flags
  78 #=========================================
  79 if(UNRES_WITH_MPI)
  80   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  81 endif(UNRES_WITH_MPI)
  82
  83 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  84
  85 #=========================================
  86 #  Settings for GAB force field
  87 #=========================================
  88 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  89    # set preprocesor flags
  90    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  91
  92 #=========================================
  93 #  Settings for E0LL2Y force field
  94 #=========================================
  95 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  96    # set preprocesor flags
  97    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  98 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  99   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
 100 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
 101
 102 #=========================================
 103 # Additional flags
 104 #=========================================
 105 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
 106
 107 #=========================================
 108 # Compiler specific flags
 109 #=========================================
 110 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 111   # Add ifort preprocessor flags
 112   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 113 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 114   # Add new gfortran flags
 115   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 116 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 117   # Add old gfortran flags
 118   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 119 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 120   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 121   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/lib/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 122   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 123   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 124 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 125
 126
 127 #=========================================
 128 # System specific flags
 129 #=========================================
 130 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 131   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 132 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 133
 134 #=========================================
 135 # Add MPI preprocessor flags
 136 #=========================================
 137 if (UNRES_WITH_MPI)
 138   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 139 endif(UNRES_WITH_MPI)
 140
 141
 142 #=========================================
 143 # Apply preprocesor flags to *.F files
 144 #=========================================
 145 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 146
 147
 148 #========================================
 149 #  Setting binary name
 150 #========================================
 151 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "cluster_wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 152
 153 #=========================================
 154 # cinfo.f workaround for CMake
 155 #=========================================
 156 # get the current date
 157 TODAY(DATE)
 158 # generate cinfo.f
 159
 160 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 161 FILE(WRITE ${CINFO}
 162 "C CMake generated file
 163        subroutine cinfo
 164        include 'COMMON.IOUNITS'
 165        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 166        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 167 ")
 168
 169 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 170 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 171 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 172 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 173 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 174 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 175 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 176
 177 FILE(APPEND ${CINFO}
 178 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 179        return
 180        end ")
 181
 182 # set include path
 183 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 184
 185
 186 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 187
 188 #=========================================
 189 # Set full unres CLUSTER sources
 190 #=========================================
 191 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 192
 193
 194
 195 #=========================================
 196 # Build the binary
 197 #=========================================
 198 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 199 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 200 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 201
 202 #=========================================
 203 # Link libraries
 204 #=========================================
 205 # link MPI libraries
 206 if(UNRES_WITH_MPI)
 207   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 208 endif(UNRES_WITH_MPI)
 209 # link libxdrf.a
 210 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 211
 212 #=========================================
 213 # Install Path
 214 #=========================================
 215 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 216
 217
 218 #=========================================
 219 # TESTS
 220 #=========================================
 221
 222 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 223   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 224      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 225      set (boot_lam "-boot")
 226   else()
 227      set (boot_lam "")
 228   endif()
 229
 230   if (UNRES_SRUN)
 231    set (np "-n")
 232    set (mpiexec "srun")
 233   elseif(UNRES_MPIRUN)
 234    set (np "-np")
 235    set (mpiexec "mpirun")
 236   else()
 237    set (np "-np")
 238    set (mpiexec "mpiexec")
 239   endif()
 240
 241 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 242 "#!/bin/sh
 243 export POT=GB
 244 export INPUT=$1
 245 export INTIN=1L2Y_wham
 246 export OUTPUT=1L2Y_clust
 247 export PDB=CART
 248 export COORD=CX
 249 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 250 #-----------------------------------------------------------------------------
 251 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 252 #-----------------------------------------------------------------------------
 253 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 254 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 255 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 256 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 257 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 258 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 259 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 260 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 261 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 262 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 263 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 264 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 265 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 266 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 267 export CONTFUNC=GB
 268 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 269 export SCRATCHDIR=.
 270 #-----------------------------------------------------------------------------
 271 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 272 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 273 ./cluster_wham_check.sh $1
 274 ")
 275
 276 #
 277 # File permissions workaround
 278 #
 279 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 280         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 281         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 282 )
 283
 284 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 285         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 286         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 287 )
 288
 289 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 290         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 291
 292 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 293         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 294
 295 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 296         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 297
 298 if(UNRES_DFA)
 299 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/dfa
 300         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 301
 302 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 303 "#!/bin/sh
 304 export POT=GB
 305 export INPUT=$1
 306 export INTIN=dfa_wham
 307 export OUTPUT=dfa_clust
 308 export PDB=CART
 309 export COORD=CX
 310 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 311 #-----------------------------------------------------------------------------
 312 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 313 #-----------------------------------------------------------------------------
 314 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 315 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 316 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 317 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 318 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 319 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 320 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 321 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 322 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 323 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 324 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 325 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 326 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 327 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 328 export CONTFUNC=GB
 329 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 330 export SCRATCHDIR=.
 331 #-----------------------------------------------------------------------------
 332 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 333 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 334 ./cluster_wham_check.sh $1
 335 ")
 336
 337 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh
 338         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa
 339         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 340 )
 341
 342
 343 endif()
 344
 345
 346 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 347     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 348   if(UNRES_DFA)
 349       add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd_dfa COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa/cluster_wham_mpi_E0LL2Y_dfa.sh dfa_clust 2 WORKING_DIRECTORY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/dfa )
 350   endif()
 351 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")