source/cluster/wham/src/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11         arcos.f
  12         cartprint.f
  13         chainbuild.f
  14         contact.f
  15         convert.f
  16         energy_p_new.F
  17         fitsq.f
  18         geomout.F
  19         gnmr1.f
  20         hc.f
  21         icant.f
  22         initialize_p.F
  23         intcor.f
  24         int_from_cart1.F
  25         main_clust.F
  26         matmult.f
  27         misc.f
  28         noyes.f
  29         parmread.F
  30         pinorm.f
  31         probabl.F
  32         read_coords.F
  33         readpdb.F
  34         readrtns.F
  35         rescode.f
  36         setup_var.f
  37         srtclust.f
  38         ssMD.F
  39         timing.F
  40         track.F
  41         wrtclust.f
  42         work_partition.F
  43         dfa.F
  44 )
  45
  46 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC
  47         energy_p_new.F
  48         initialize_p.F
  49         geomout.F
  50         main_clust.F
  51         parmread.F
  52         probabl.F
  53         read_coords.F
  54         readrtns.F
  55         ssMD.F
  56         timing.F
  57         track.F
  58         work_partition.F
  59 )
  60
  61
  62 #================================================
  63 # Set comipiler flags for different sourcefiles
  64 #================================================
  65 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  66   set(FFLAGS0 "-ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  67 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  68   set(FFLAGS0 "-std=legacy -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  69 else ()
  70   set(FFLAGS0 "-g -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  71 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  72
  73 # Add MPI compiler flags
  74 if(UNRES_WITH_MPI)
  75   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  76 endif(UNRES_WITH_MPI)
  77
  78 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  79
  80 #=========================================
  81 #  Settings for GAB force field
  82 #=========================================
  83 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  84    # set preprocesor flags
  85    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  86
  87 #=========================================
  88 #  Settings for E0LL2Y force field
  89 #=========================================
  90 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  91    # set preprocesor flags
  92    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  93 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  94
  95 #=========================================
  96 # Additional flags
  97 #=========================================
  98 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
  99
 100 #=========================================
 101 # Compiler specific flags
 102 #=========================================
 103 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 104   # Add ifort preprocessor flags
 105   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 106 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 107   # Add new gfortran flags
 108   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 109 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 110   # Add old gfortran flags
 111   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 112 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 113
 114
 115 #=========================================
 116 # System specific flags
 117 #=========================================
 118 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 119   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 120 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 121
 122 #=========================================
 123 # Add MPI preprocessor flags
 124 #=========================================
 125 if (UNRES_WITH_MPI)
 126   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 127 endif(UNRES_WITH_MPI)
 128
 129
 130 #=========================================
 131 # Apply preprocesor flags to *.F files
 132 #=========================================
 133 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 134
 135
 136 #========================================
 137 #  Setting binary name
 138 #========================================
 139 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "unres_clustMD.exe")
 140
 141 #=========================================
 142 # cinfo.f workaround for CMake
 143 #=========================================
 144 # get the current date
 145 TODAY(DATE)
 146 # generate cinfo.f
 147
 148 set(CINFO "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f")
 149 FILE(WRITE ${CINFO}
 150 "C CMake generated file
 151        subroutine cinfo
 152        include 'COMMON.IOUNITS'
 153        write(iout,*)'++++ Compile info ++++'
 154        write(iout,*)'Version ${UNRES_MAJOR}.${UNRES_MINOR} build ${UNRES_PATCH}'
 155 ")
 156
 157 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled" "${DATE}" )
 158 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Compiled by" "$ENV{USER}@$ENV{HOST}" )
 159 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS name:" "${CMAKE_SYSTEM_NAME}" )
 160 CINFO_FORMAT(${CINFO} "OS release:" "${CMAKE_SYSTEM}" )
 161 CINFO_FORMAT(${CINFO} "Fortran Compiler:" "${CMAKE_Fortran_COMPILER}" )
 162 CINFO_FORMAT(${CINFO} "MD Force field:" "${UNRES_MD_FF}" )
 163 CINFO_FORMAT(${CINFO} "CPPFLAGS =" "${CPPFLAGS}")
 164
 165 FILE(APPEND ${CINFO}
 166 "       write(iout,*)'++++ End of compile info ++++'
 167        return
 168        end ")
 169
 170 # set include path
 171 set_property(SOURCE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f PROPERTY COMPILE_FLAGS "${FFLAGS0} -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}" )
 172
 173
 174 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 175
 176
 177
 178 #=========================================
 179 # Set full unres CLUSTER sources
 180 #=========================================
 181 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cinfo.f proc_proc.c)
 182
 183
 184
 185 #=========================================
 186 # Build the binary
 187 #=========================================
 188 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 189 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 190
 191 #=========================================
 192 # Link libraries
 193 #=========================================
 194 # link MPI library (libmpich.a)
 195 if(UNRES_WITH_MPI)
 196   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPIF_LIBRARIES} )
 197 endif(UNRES_WITH_MPI)
 198 # link libxdrf.a
 199 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 200
 201 #=========================================
 202 # TESTS
 203 #=========================================
 204
 205 #-- Copy all the data files from the test directory into the source directory
 206 #SET(UNRES_TEST_FILES
 207 #       ala10.inp
 208 #    )
 209
 210 #FOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 211 #      SET (unres_test_dest "${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${UNRES_TEST_FILE}")
 212 #      MESSAGE (STATUS " Copying ${UNRES_TEST_FILE} from ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} to ${unres_test_dest}")
 213 #      ADD_CUSTOM_COMMAND (
 214 #          TARGET     ${UNRES_BIN}
 215 #          POST_BUILD
 216 #          COMMAND    ${CMAKE_COMMAND} -E copy ${CMAKE_SOURCE_DIR}/examples/unres/MD/ff_gab/${UNRES_TEST_FILE} ${unres_test_dest}
 217 #      )
 218 #ENDFOREACH (UNRES_TEST_FILE ${UNRES_TEST_FILES})
 219
 220 #=========================================
 221 # Generate data test files
 222 #=========================================
 223 #  test_single_ala.sh
 224 #=========================================
 225
 226 #FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh
 227 #"#!/bin/sh
 228 #export POT=GB
 229 #export PREFIX=ala10
 230 #-----------------------------------------------------------------------------
 231 #UNRES_BIN=./${UNRES_BIN}
 232 #-----------------------------------------------------------------------------
 233 #DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 234 #export BONDPAR=$DD/bond.parm
 235 #export THETPAR=$DD/thetaml.5parm
 236 #export ROTPAR=$DD/scgauss.parm
 237 #export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 238 #export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 239 #export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 240 #export SIDEPAR=$DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
 241 #export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 242 #export SCPPAR=$DD/scp.parm
 243 #export SCCORPAR=$DD/rotcorr_AM1.parm
 244 #export PATTERN=$DD/patterns.cart
 245 #-----------------------------------------------------------------------------
 246 #$UNRES_BIN
 247 #")
 248
 249 #=========================================
 250 #  ala10.inp
 251 #=========================================
 252
 253 #file(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/ala10.inp
 254 #"ala10 unblocked
 255 #SEED=-1111333 MD ONE_LETTER rescale_mode=2 PDBOUT
 256 #nstep=15000 ntwe=100 ntwx=1000 dt=0.1 lang=0 tbf t_bath=300 damax=1.0          &
 257 #reset_moment=1000 reset_vel=1000 MDPDB
 258 #WLONG=1.35279 WSCP=1.59304 WELEC=0.71534 WBOND=1.00000 WANG=1.13873            &
 259 #WSCLOC=0.16258 WTOR=1.98599 WTORD=1.57069 WCORRH=0.42887 WCORR5=0.00000        &
 260 #WCORR6=0.00000 WEL_LOC=0.16036 WTURN3=1.68722 WTURN4=0.66230 WTURN6=0.00000    &
 261 #WVDWPP=0.11371 WHPB=1.00000                                                    &
 262 #CUTOFF=7.00000 WCORR4=0.00000
 263 #12
 264 #XAAAAAAAAAAX
 265 # 0
 266 # 0
 267 #   90.0000   90.0000   90.0000  90.000   90.000   90.000   90.000   90.000
 268 #   90.0000   90.0000
 269 #  180.0000  180.0000  180.0000 180.000  180.000  180.000  180.000  180.000
 270 #  180.0000
 271 #  110.0000  110.0000  110.0000 100.000  110.000  100.000  110.000  110.000
 272 #  110.0000  110.0000
 273 # -120.0000 -120.0000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000 -120.000
 274 # -120.0000 -120.0000
 275 #")
 276
 277
 278 # Add tests
 279
 280 #if(NOT UNRES_WITH_MPI)
 281
 282 #  add_test(NAME UNRES_MD_Ala10 COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/test_single_ala.sh )
 283
 284 #endif(NOT UNRES_WITH_MPI)