source/cluster/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11 )
  12
  13
  14 #================================================
  15 # Set compiler flags for different sourcefiles
  16 #================================================
  17 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  18   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -shared-intel -ip -w -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  19 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  20   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  21 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  22   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres" )
  23 else ()
  24   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -I. -I${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/include_unres " )
  25 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  26
  27 #=========================================
  28 # Add MPI compiler flags
  29 #=========================================
  30 if(UNRES_WITH_MPI)
  31   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  32 endif(UNRES_WITH_MPI)
  33
  34 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  35
  36 #=========================================
  37 #  Settings for GAB force field
  38 #=========================================
  39 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  40    # set preprocesor flags
  41    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  42
  43 #=========================================
  44 #  Settings for E0LL2Y force field
  45 #=========================================
  46 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  47    # set preprocesor flags
  48    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  49 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  50   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  51 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  52
  53 #=========================================
  54 # Additional flags
  55 #=========================================
  56 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUST" )
  57
  58 #=========================================
  59 # Compiler specific flags
  60 #=========================================
  61 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  62   # Add ifort preprocessor flags
  63   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  64 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
  65   # Add new gfortran flags
  66   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  67 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  68   # Add old gfortran flags
  69   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
  70 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
  71   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  72   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
  73   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
  74   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
  75 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  76
  77
  78 #=========================================
  79 # System specific flags
  80 #=========================================
  81 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  82   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
  83 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
  84
  85 #=========================================
  86 # Add MPI preprocessor flags
  87 #=========================================
  88 if (UNRES_WITH_MPI)
  89   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
  90 endif(UNRES_WITH_MPI)
  91
  92
  93 #=========================================
  94 # Apply preprocesor flags to *.F files
  95 #=========================================
  96 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_PP_SRC} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
  97
  98
  99 #========================================
 100 #  Setting binary name
 101 #========================================
 102 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "cluster_wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 103
 104 set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 105
 106 #=========================================
 107 # Set full unres CLUSTER sources
 108 #=========================================
 109 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} proc_proc.c)
 110
 111 #=========================================
 112 # Build the binary
 113 #=========================================
 114 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 115 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 116 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 117
 118 #=========================================
 119 # Link libraries
 120 #=========================================
 121 # link MPI libraries
 122 if(UNRES_WITH_MPI)
 123   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 124 endif(UNRES_WITH_MPI)
 125 # link libxdrf.a
 126 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 127
 128 #=========================================
 129 # Install Path
 130 #=========================================
 131 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/cluster)
 132
 133
 134 #=========================================
 135 # TESTS
 136 #=========================================
 137
 138 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 139   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 140      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 141      set (boot_lam "-boot")
 142   else()
 143      set (boot_lam "")
 144   endif()
 145
 146   if (UNRES_SRUN)
 147    set (np "-n")
 148    set (mpiexec "srun")
 149   elseif(UNRES_MPIRUN)
 150    set (np "-np")
 151    set (mpiexec "mpirun")
 152   else()
 153    set (np "-np")
 154    set (mpiexec "mpiexec")
 155   endif()
 156
 157 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 158 "#!/bin/sh
 159 export POT=GB
 160 export INPUT=$1
 161 export INTIN=1L2Y_wham
 162 export OUTPUT=1L2Y_clust
 163 export PDB=CART
 164 export COORD=CX
 165 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 166 #-----------------------------------------------------------------------------
 167 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 168 #-----------------------------------------------------------------------------
 169 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 170 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 171 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 172 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 173 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 174 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 175 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 176 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 177 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 178 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 179 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 180 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 181 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 182 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 183 export CONTFUNC=GB
 184 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 185 export SCRATCHDIR=.
 186 #-----------------------------------------------------------------------------
 187 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 188 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 189 ./cluster_wham_check.sh $1
 190 ")
 191
 192 #
 193 # File permissions workaround
 194 #
 195 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 196         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 197         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 198 )
 199
 200 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 201         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 202         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 203 )
 204
 205 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 206         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 207
 208 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 209         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 210
 211 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 212         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 213
 214
 215 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 216     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 217 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")