source/cluster/CMakeLists.txt

   1 #
   2 # CMake project file for cluster analysis from WHAM for single-chain proteins
   3 #
   4
   5 enable_language (Fortran)
   6
   7 #================================
   8 # Set source file lists
   9 #================================
  10 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0
  11  clust_data.F90
  12  ../wham/wham_data.F90
  13  ../unres/data/names.F90
  14  ../unres/data/io_units.F90
  15  ../unres/data/calc_data.F90
  16  ../unres/data/compare_data.F90
  17  ../unres/data/control_data.F90
  18  ../unres/data/energy_data.F90
  19  ../unres/data/geometry_data.F90
  20  ../unres/data/map_data.F90
  21  ../unres/data/MCM_data.F90
  22  ../unres/data/MD_data.F90
  23  ../unres/data/minim_data.F90
  24  ../unres/data/MPI_data.F90
  25  ../unres/data/comm_local.F90
  26  ../unres/math.F90
  27  ../unres/geometry.F90
  28  ../unres/io_base.F90
  29  ../unres/energy.F90
  30  ../unres/control.F90
  31  ../unres/io_config.F90
  32  ../unres/regularize.F90
  33  ../wham/io_wham.F90
  34  ../wham/conform_compar.F90
  35  ../wham/work_partition.F90
  36  probabl.F90
  37  track.F90
  38  hc.F90
  39  io_clust.F90
  40  cluster.F90
  41 )
  42
  43
  44 #================================================
  45 # Set compiler flags for different sourcefiles
  46 #================================================
  47 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  48   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_RELEASE " ")
  49   set (CMAKE_Fortran_FLAGS_DEBUG   "-O0 -g -traceback")
  50   set(FFLAGS0 "-CB -g -fpp -mcmodel=medium -shared-intel -ip " )
  51 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
  52   set(FFLAGS0 "-std=legacy -mcmodel=medium " )
  53 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgF90")
  54   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium -Mlarge_arrays " )
  55 else ()
  56   set(FFLAGS0 "-mcmodel=medium " )
  57 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  58
  59 #=========================================
  60 # Add MPI compiler flags
  61 #=========================================
  62 if(UNRES_WITH_MPI)
  63   set(FFLAGS0 "${FFLAGS0} -I${MPI_Fortran_INCLUDE_PATH}")
  64 endif(UNRES_WITH_MPI)
  65
  66 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_FLAGS ${FFLAGS0} )
  67
  68 #=========================================
  69 #  Settings for GAB force field
  70 #=========================================
  71 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB" )
  72    # set preprocesor flags
  73    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DCRYST_BOND  -DCRYST_THETA -DCRYST_SC  -DSCCORPDB" )
  74
  75 #=========================================
  76 #  Settings for E0LL2Y force field
  77 #=========================================
  78 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
  79    # set preprocesor flags
  80    set(CPPFLAGS "PROCOR  -DSPLITELE -DSCCORPDB" )
  81 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "NEWCORR")
  82   # set preprocesor flags
  83   set(CPPFLAGS "PROCOR -DUNRES -DISNAN -DSPLITELE -DLANG0  -DNEWCORR -DCORRCD" )
  84 elseif(UNRES_MD_FF STREQUAL "4P")
  85   set(CPPFLAGS "SPLITELE -DLANG0 -DCRYST_BOND -DCRYST_THETA -DCRYST_SC -DSCCORPDB" )
  86 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "GAB")
  87
  88 #=========================================
  89 # Additional flags
  90 #=========================================
  91 set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DUNRES -DISNAN -DCLUSTER" )
  92
  93 #=========================================
  94 # Compiler specific flags
  95 #=========================================
  96 if (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
  97   # Add ifort preprocessor flags
  98   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
  99 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "f95")
 100   # Add new gfortran flags
 101   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 102 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "gfortran")
 103   # Add old gfortran flags
 104   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DG77")
 105 elseif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "pgf90")
 106   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DPGI")
 107   FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/source/isnan_pgi.f DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 108   list(APPEND UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0 ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/isnan_pgi.f)
 109   set(CMAKE_EXE_LINKER_FLAGS "-Bdynamic")
 110 endif (Fortran_COMPILER_NAME STREQUAL "ifort")
 111
 112
 113 #=========================================
 114 # System specific flags
 115 #=========================================
 116 if(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 117   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DLINUX")
 118 endif(${CMAKE_SYSTEM_NAME} MATCHES "Linux")
 119
 120 #=========================================
 121 # Add MPI preprocessor flags
 122 #=========================================
 123 if (UNRES_WITH_MPI)
 124   set(CPPFLAGS "${CPPFLAGS} -DMP -DMPI")
 125 endif(UNRES_WITH_MPI)
 126
 127
 128 #=========================================
 129 # Apply preprocesor flags to *.F files
 130 #=========================================
 131 set_property(SOURCE ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0} PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS ${CPPFLAGS} )
 132
 133
 134 #========================================
 135 #  Setting binary name
 136 #========================================
 137 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN "cluster_wham_${Fortran_COMPILER_NAME}_MPI_${UNRES_MD_FF}.exe")
 138
 139 #set_property(SOURCE proc_proc.c PROPERTY COMPILE_DEFINITIONS "LINUX -DPGI" )
 140
 141 #=========================================
 142 # Set full unres CLUSTER sources
 143 #=========================================
 144 set(UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRC0})
 145
 146 #=========================================
 147 # Build the binary
 148 #=========================================
 149 add_executable(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${UNRES_CLUSTER_WHAM_SRCS} )
 150 set_target_properties(UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTIES OUTPUT_NAME ${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN})
 151 set_property(TARGET UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN PROPERTY RUNTIME_OUTPUT_DIRECTORY ${CMAKE_BINARY_DIR}/bin )
 152
 153 #=========================================
 154 # Link libraries
 155 #=========================================
 156 # link MPI libraries
 157 if(UNRES_WITH_MPI)
 158   target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN ${MPI_Fortran_LIBRARIES} )
 159 endif(UNRES_WITH_MPI)
 160 # link libxdrf.a
 161 target_link_libraries( UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN xdrf )
 162
 163 #=========================================
 164 # Install Path
 165 #=========================================
 166 install(TARGETS UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN DESTINATION ${CMAKE_INSTALL_PREFIX})
 167
 168
 169 #=========================================
 170 # TESTS
 171 #=========================================
 172
 173 #  MESSAGE (STATUS "${MPI_Fortran_LIBRARIES}")
 174   if ("${MPI_Fortran_LIBRARIES}"  MATCHES "lam")
 175      MESSAGE (STATUS "LAM MPI library detected")
 176      set (boot_lam "-boot")
 177   else()
 178      set (boot_lam "")
 179   endif()
 180
 181   if (UNRES_SRUN)
 182    set (np "-n")
 183    set (mpiexec "srun")
 184   elseif(UNRES_MPIRUN)
 185    set (np "-np")
 186    set (mpiexec "mpirun")
 187   else()
 188    set (np "-np")
 189    set (mpiexec "mpiexec")
 190   endif()
 191
 192 FILE(WRITE ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 193 "#!/bin/sh
 194 export POT=GB
 195 export INPUT=$1
 196 export INTIN=1L2Y_wham
 197 export OUTPUT=1L2Y_clust
 198 export PDB=CART
 199 export COORD=CX
 200 export PRINTCOOR=PRINT_PDB
 201 #-----------------------------------------------------------------------------
 202 CLUSTER_WHAM_BIN=${CMAKE_BINARY_DIR}/bin/${UNRES_CLUSTER_WHAM_BIN}
 203 #-----------------------------------------------------------------------------
 204 DD=${CMAKE_SOURCE_DIR}/PARAM
 205 export BONDPAR=$DD/bond_AM1.parm
 206 export THETPAR=$DD/theta_abinitio.parm
 207 export ROTPAR=$DD/rotamers_AM1_aura.10022007.parm
 208 export TORPAR=$DD/torsion_631Gdp.parm
 209 export TORDPAR=$DD/torsion_double_631Gdp.parm
 210 export ELEPAR=$DD/electr_631Gdp.parm
 211 export SIDEPAR=$DD/scinter_$POT.parm
 212 export FOURIER=$DD/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
 213 export SCPPAR=$DD/scp.parm
 214 export SCCORPAR=$DD/sccor_am1_pawel.dat
 215 export THETPARPDB=$DD/thetaml.5parm
 216 export ROTPARPDB=$DD/scgauss.parm
 217 export PATTERN=$DD/patterns.cart
 218 export CONTFUNC=GB
 219 export SIDEP=$DD/contact.3.parm
 220 export SCRATCHDIR=.
 221 #-----------------------------------------------------------------------------
 222 echo CTEST_FULL_OUTPUT
 223 ${mpiexec} ${boot_lam} ${np} $2 $CLUSTER_WHAM_BIN
 224 ./cluster_wham_check.sh $1
 225 ")
 226
 227 #
 228 # File permissions workaround
 229 #
 230 FILE(   COPY ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/scripts/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh
 231         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 232         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 233 )
 234
 235 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/cluster_wham_check.sh
 236         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}
 237         FILE_PERMISSIONS OWNER_READ OWNER_WRITE OWNER_EXECUTE GROUP_READ GROUP_EXECUTE WORLD_READ WORLD_EXECUTE
 238 )
 239
 240 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_clust.inp
 241         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 242
 243 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y_wham.cx
 244         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 245
 246 FILE(COPY ${CMAKE_SOURCE_DIR}/ctest/1L2Y.pdb
 247         DESTINATION ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR} )
 248
 249
 250 if(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")
 251     add_test(NAME CLUSTER_WHAM_remd COMMAND sh ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/cluster_wham_mpi_E0LL2Y.sh 1L2Y_clust 2 )
 252 endif(UNRES_MD_FF STREQUAL "E0LL2Y")