files/saxs_dist.awk

   1 {
   2   if ($1 == "ATOM" && $3 == "CA") {
   3     nres = nres + 1
   4     x[nres] = substr($0,31,8)
   5     y[nres] = substr($0,39,8)
   6     z[nres] = substr($0,47,8)
   7
   8 #    print "nres",nres," x",x[nres],y[nres],z[nres]
   9   }
  10 }END{
  11 #  print "nres",nres
  12   sigma = 2.50
  13   for (i=1;i<=nres;i++) {
  14     for (j=1;j<i;j++) {
  15        dij = sqrt ((x[i]-x[j])^2+(y[i]-y[j])^2+(z[i]-z[j])^2)
  16 #       print i,j,dij
  17        ibin = int(dij)
  18        h[ibin] = h[ibin] + 1
  19        for (k=0;k<=100;k++) {
  20           dd = k+0.5
  21 #  print k,dd,dij,dd-dij,(dd-dij)^2/(2*sigma^2)
  22           if ((dd-dij)^2/(2*sigma^2)<100) hh[k] = hh[k] + exp(-(dd-dij)^2/(2*sigma^2))
  23        }
  24      }
  25    }
  26   norm = 0;
  27   nnorm = 0;
  28   for (k=0;k<=100;k++) {
  29     norm = norm + h[k];
  30     nnorm = nnorm + hh[k];
  31   }
  32   for (k=0;k<=100;k++) printf("%10.5f%15.5e%15.5e\n",k+0.5,h[k]/norm,hh[k]/nnorm)
  33 }