files/pbs_newct-9p.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q express
   3 #PBS -l nodes=1:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres-mult-symetr_KCC_ifort_MPICH-NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
   7 #-----------------------------------------------------------------------------
   8 setenv DD /users2/czarek/UNRES/PARAM
   9 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  10 setenv THETPAR $DD/theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  11 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  12 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  13 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  14 setenv TORPAR $DD/torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
  15 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  16 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  17 setenv SIDEPAR $DD/scinter_GB_ext_lip.parm
  18 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  19 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  20 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  21 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  22 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  23 #-----------------------------------------------------------------------------
  24 cd $PBS_O_WORKDIR
  25
  26 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  27 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  28
  29 setenv FGPROCS 4
  30 setenv POT GB
  31 setenv PREFIX file
  32 setenv OUT1FILE YES
  33
  34 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  35
  36 /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/pdb.pml
  37
  38 touch finished