files/pbs_md_newct-9p.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q express
   3 #PBS -l nodes=1:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 #ORG: setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres-mult-symetr_KCC_ifort_MPICH-NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
   7 setenv UNRES_BIN /users2/adam/bin/unres-ms_ifort_MPICH_SC-HCD5_nmr.exe
   8 #-----------------------------------------------------------------------------
   9 #ORG: setenv DD /users2/czarek/unres/PARAM
  10 setenv DD /users2/adam/unres/PARAM
  11 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  12 #setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
  13  setenv THETPAR $DD/theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  14 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  15 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  16 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  17 #setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  18  setenv TORPAR $DD/torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
  19 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  20 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  21 setenv SIDEPAR $DD/scinter_GB_ext_lip.parm
  22 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  23 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  24 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  25 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  26 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  27 setenv NMRPAR ${DD}/nmr.parm
  28 #-----------------------------------------------------------------------------
  29 cd $PBS_O_WORKDIR
  30
  31 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  32 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  33
  34 setenv FGPROCS 4
  35 setenv POT GB
  36 setenv PREFIX file
  37 setenv OUT1FILE YES
  38
  39 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  40
  41 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  42  awk '{if ( NF == 14 ) print}' file_GB000.stat > md.stat
  43 else
  44  awk '{if ( NF == 10 ) print}' file_GB000.stat > md.stat
  45 endif
  46
  47 ../files/matplotlib_fit_hist.py $dimen3
  48 rm md.stat
  49
  50 if ( -f "file_MD000.pdb" ) then
  51  mkdir tmp
  52  /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/movie.pml
  53  ffmpeg2theora tmp/aa%4d.png -o md.ogv
  54  if ( `grep -c pdbstart file.inp` ) then
  55   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/overlap.pml
  56   ../files/fluct_plot.py intra_fit.pdb > fluctuations.txt
  57   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c -r ../files/fluct.py
  58   rm -f intra_fit.pdb
  59  endif
  60  rm -rf tmp
  61 else
  62  /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/xdrf2pdb-mult one file.seq file_MD000.cx
  63  mkdir tmp
  64  /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/movie.pml
  65  ffmpeg2theora tmp/aa%4d.png -o md.ogv
  66  if ( `grep -c pdbstart file.inp` ) then
  67   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/overlap.pml
  68   ../files/fluct_plot.py intra_fit.pdb > fluctuations.txt
  69   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c -r ../files/fluct.py
  70   rm -f intra_fit.pdb
  71  endif
  72  rm -rf tmp file_MD000.pdb
  73 endif
  74
  75 touch finished