files/pbs_md.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q express
   3 #PBS -l nodes=1:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/unresMD-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
   7 #-----------------------------------------------------------------------------
   8 setenv DD /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/unres/PARAM
   9 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  10 setenv THETPAR $DD/theta_abinitio_old_ext.parm
  11 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  12 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  13 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  14 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
  15 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
  16 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  17 setenv SIDEPAR $DD//scinter_GB_ext_lip.parm
  18 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  19 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  20 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  21 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  22 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  23 #-----------------------------------------------------------------------------
  24 cd $PBS_O_WORKDIR
  25
  26 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  27 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  28
  29 setenv FGPROCS 4
  30 setenv POT GB
  31 setenv PREFIX file
  32 setenv OUT1FILE YES
  33
  34 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  35
  36 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  37  awk '{if ( NF == 14 ) print}' file_GB000.stat > md.stat
  38 else
  39  awk '{if ( NF == 10 ) print}' file_GB000.stat > md.stat
  40 endif
  41
  42 ../files/matplotlib_fit_hist.py $dimen3
  43 rm md.stat
  44
  45 if ( -f "file_MD000.pdb" ) then
  46  mkdir tmp
  47  /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/movie.pml
  48  ffmpeg2theora tmp/aa%4d.png -o md.ogv
  49  if ( `grep -c pdbstart file.inp` ) then
  50   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/overlap.pml
  51   ../files/fluct_plot.py intra_fit.pdb > fluctuations.txt
  52   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c -r ../files/fluct.py
  53   rm -f intra_fit.pdb
  54  endif
  55  rm -rf tmp
  56 else
  57  /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/xdrf2pdb-mult one file.seq file_MD000.cx
  58  mkdir tmp
  59  /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/movie.pml
  60  ffmpeg2theora tmp/aa%4d.png -o md.ogv
  61  if ( `grep -c pdbstart file.inp` ) then
  62   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/overlap.pml
  63   ../files/fluct_plot.py intra_fit.pdb > fluctuations.txt
  64   /users2/local/pymol_1.6/pymol -c -r ../files/fluct.py
  65   rm -f intra_fit.pdb
  66  endif
  67  rm -rf tmp file_MD000.pdb
  68 endif
  69
  70 touch finished