files/pbs8_newct-9p.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q nowy
   3 #PBS -l nodes=4:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 #ORG: setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres-mult-symetr_KCC_ifort_MPICH-NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
   7 #setenv UNRES_BIN /users2/adam/bin/unres-ms_ifort_MPICH_SC-HCD5-DFA-nmr.exe
   8 #DZIALA: setenv UNRES_BIN /users2/adam/bin/unres-ms_ifort_MPICH_SC-HCD5_nmr.exe
   9 setenv UNRES_BIN /users2/adam/bin/unres-ms_ifort_MPICH_SC-HCD5_nmr-SAXS.exe
  10 #-----------------------------------------------------------------------------
  11 #ORG: setenv DD /users2/czarek/UNRES/PARAM
  12 setenv DD /users2/adam/unres/PARAM
  13 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  14 #setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
  15  setenv THETPAR $DD/theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  16 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  17 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  18 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  19 #setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  20  setenv TORPAR $DD/torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
  21 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  22 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  23 setenv SIDEPAR $DD/scinter_GB_ext_lip.parm
  24 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  25 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  26 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  27 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  28 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  29 setenv NMRPAR ${DD}/nmr.parm
  30 #-----------------------------------------------------------------------------
  31 cd $PBS_O_WORKDIR
  32
  33 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  34 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  35
  36 setenv FGPROCS 2
  37 setenv POT GB
  38 setenv PREFIX file
  39 setenv OUT1FILE YES
  40
  41 #UNRES MREMD
  42 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  43
  44 #WHAM
  45 #ORG: setenv WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/wham_ifort_KCC_MPICH-okeanos_NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
  46 #FAIL: setenv WHAM_BIN /users2/adam/bin/wham_ifort_MPICH-SC-HCD5-nmr-SAXS.exe
  47 #DZIALA: setenv WHAM_BIN /users2/adam/unres/bin/wham/wham_ifort_MPICH-SC-HCD5-NMR.exe
  48 setenv WHAM_BIN /users2/adam/bin/wham_ifort_MPICH-SC-HCD5-nmr-SAXS.exe
  49 setenv CONTFUNC GB
  50 setenv SIDEP $DD/contact_ext.3.parm
  51 setenv SCRATCHDIR .
  52 setenv PREFIX file_wham
  53
  54 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $WHAM_BIN
  55
  56 #test images
  57 setenv line `awk '{}END{print int(NR*0.2)}' file_GB000.stat`
  58
  59 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  60  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' >remd_all.stat
  61  cat file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' > remd_all0.stat
  62 else
  63  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 10 ) print}' >remd_all.stat
  64  cat file_GB*.stat |awk '{if ( NF == 10 ) print}' > remd_all0.stat
  65 endif
  66 ../files/matplotlib_hist.py $temperatures
  67 rm remd_all.stat remd_all0.stat
  68
  69 #CLUSTER WHAM
  70 setenv INPUT file_cluster
  71 setenv INTIN file_wham
  72 setenv OUTPUT file_cluster
  73 setenv PDB CART
  74 setenv COORD CX
  75 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  76 #ORG: setenv CLUSTER_WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres_clustMD-mult_ifort_MPICH_NEWCORR-SAXS-MRAMB-bfac.exe
  77 setenv CLUSTER_WHAM_BIN /users2/adam/bin/unres_clustMD_ifort_MPICH-piasek_SC-HCD5-nmr-SAXS.exe
  78
  79 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $CLUSTER_WHAM_BIN
  80
  81 if `awk '{cap=toupper($0); if (cap!=$0) {print 1;exit}}' file.seq` then
  82 #no allatom conversion/refinementkx for proteins with D-aminoacids
  83  ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  84  sed -n '/ENERGY/,/ENDMDL/p' ave >tmp.pdb
  85  setenv numstruc `grep ENERGY tmp.pdb|wc -l`
  86  setenv allline `cat tmp.pdb|wc -l`
  87  setenv onestruc `echo $allline "/" $numstruc| bc -l|sed 's/\.0*//'`
  88  foreach i (`seq 2 2 $numstruc`)
  89    setenv headval `echo $i "*" $onestruc|bc -l`
  90    setenv halfi `echo $i/2|bc`
  91    head -n $headval tmp.pdb | tail -n $onestruc >MODEL${halfi}.pdb
  92  end
  93  rm ave tmp.pdb
  94 else
  95 # proteins with L-aminoacids only
  96 ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  97 setenv numstruc `awk '/ENERGY/{i++}END{print i/2}' ave`
  98 ../files/cluster2allatom.sh ave
  99 rm ave
 100
 101 #amber min refinement
 102 foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 103 ../files/refine.sh MODEL$i.pdb $ssbond
 104 end
 105 endif
 106
 107 /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/model.pml
 108
 109 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
 110  awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' plik.pdb > tmp.pdb
 111  if ( -f "plik1ter.pdb" ) then
 112   grep -v TER plik1ter.pdb | awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' > tmp.pdb
 113   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh plik.pdb |grep ATOM > plik1chain.pdb
 114   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh plik2.pdb |grep ATOM >> plik1chain.pdb
 115   foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 116     sed /TER/q MODEL$i.pdb_ > tmp1.pdb
 117     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh tmp1.pdb |grep ATOM > MODEL${i}chain.pdb
 118     sed '0,/TER/d' MODEL$i.pdb_ > tmp2.pdb
 119     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh tmp2.pdb |grep ATOM >> MODEL${i}chain.pdb
 120     rm tmp1.pdb tmp2.pdb MODEL$i.pdb_
 121     ../files/DockQ.py MODEL${i}chain.pdb plik1chain.pdb > dockq_$i.out
 122   end
 123  endif
 124  /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -renumber 1 -out generic tmp.pdb > plik1.pdb
 125  rm tmp.pdb
 126
 127  foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 128  /users2/local/bin/tmscore MODEL${i}.pdb plik1.pdb > tmscore${i}.out
 129  end
 130  if (-e saxs.data) then
 131   awk -f ../files/saxs_dist.awk plik1.pdb > plik_saxs.data
 132  endif
 133 # rm plik1.pdb
 134 endif
 135
 136 if (-e saxs.data) then
 137 foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 138 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL${i}.pdb > MODEL${i}_saxs.data
 139 end
 140 ../files/plot_saxs.py
 141 endif
 142
 143 #NMR:
 144 if (-e file_wham_T*K_0001.nmr) then
 145  setenv LD_LIBRARY_PATH `pwd`/../files/gnuplot:$LD_LIBRARY_PATH
 146  foreach i (`seq -f "%04g" 1 $numstruc`)
 147  set pl_cur=`ls -1 file_wham_T*K_${i}.nmr`
 148  ln -s $pl_cur _a.nmr
 149  ../files/gnuplot/gnuplot ../files/nmr_cont.gnu
 150  rm _a.nmr
 151  mv _a.png `basename $pl_cur nmr`png
 152  end
 153 endif
 154
 155
 156 #END
 157 touch finished