files/pbs8_newct-9p.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q nowy
   3 #PBS -l nodes=4:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres-mult-symetr_KCC_ifort_MPICH-NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
   7 #-----------------------------------------------------------------------------
   8 setenv DD /users2/czarek/UNRES/PARAM
   9 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  10 setenv THETPAR $DD/theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  11 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  12 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  13 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  14 setenv TORPAR $DD/torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
  15 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  16 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  17 setenv SIDEPAR $DD/scinter_GB_ext_lip.parm
  18 setenv FOURIER $DD/fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  19 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  20 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  21 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  22 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  23 #-----------------------------------------------------------------------------
  24 cd $PBS_O_WORKDIR
  25
  26 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  27 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  28
  29 setenv FGPROCS 2
  30 setenv POT GB
  31 setenv PREFIX file
  32 setenv OUT1FILE YES
  33
  34 #UNRES MREMD
  35 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  36
  37 #WHAM
  38 setenv WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/wham_ifort_KCC_MPICH-okeanos_NEWCORR-SAXS-NMRAMB-Bfac.exe
  39 setenv CONTFUNC GB
  40 setenv SIDEP $DD/contact_ext.3.parm
  41 setenv SCRATCHDIR .
  42 setenv PREFIX file_wham
  43
  44 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $WHAM_BIN
  45
  46 #test images
  47 setenv line `awk '{}END{print int(NR*0.2)}' file_GB000.stat`
  48
  49 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  50  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' >remd_all.stat
  51  cat file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' > remd_all0.stat
  52 else
  53  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 10 ) print}' >remd_all.stat
  54  cat file_GB*.stat |awk '{if ( NF == 10 ) print}' > remd_all0.stat
  55 endif
  56 ../files/matplotlib_hist.py $temperatures
  57 rm remd_all.stat remd_all0.stat
  58
  59 #CLUSTER WHAM
  60 setenv INPUT file_cluster
  61 setenv INTIN file_wham
  62 setenv OUTPUT file_cluster
  63 setenv PDB CART
  64 setenv COORD CX
  65 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  66 setenv CLUSTER_WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/run/ADAM/unres_clustMD-mult_ifort_MPICH_NEWCORR-SAXS-MRAMB-bfac.exe
  67
  68 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $CLUSTER_WHAM_BIN
  69
  70 if `awk '{cap=toupper($0); if (cap!=$0) {print 1;exit}}' file.seq` then
  71 #no allatom conversion/refinementkx for proteins with D-aminoacids
  72  ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  73  sed -n '/ENERGY/,/ENDMDL/p' ave >tmp.pdb
  74  setenv numstruc `grep ENERGY tmp.pdb|wc -l`
  75  setenv allline `cat tmp.pdb|wc -l`
  76  setenv onestruc `echo $allline "/" $numstruc| bc -l|sed 's/\.0*//'`
  77  foreach i (`seq 2 2 $numstruc`)
  78    setenv headval `echo $i "*" $onestruc|bc -l`
  79    setenv halfi `echo $i/2|bc`
  80    head -n $headval tmp.pdb | tail -n $onestruc >MODEL${halfi}.pdb
  81  end
  82  rm ave tmp.pdb
  83 else
  84 # proteins with L-aminoacids only
  85 ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  86 setenv numstruc `awk '/ENERGY/{i++}END{print i/2}' ave`
  87 ../files/cluster2allatom.sh ave
  88 rm ave
  89
  90 #amber min refinement
  91 foreach i (`seq 1 $numstruc`)
  92 ../files/refine.sh MODEL$i.pdb $ssbond
  93 end
  94 endif
  95
  96 /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/model.pml
  97
  98 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  99  awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' plik.pdb > tmp.pdb
 100  if ( -f "plik1ter.pdb" ) then
 101   grep -v TER plik1ter.pdb | awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' > tmp.pdb
 102   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh plik.pdb |grep ATOM > plik1chain.pdb
 103   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh plik2.pdb |grep ATOM >> plik1chain.pdb
 104   foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 105     sed /TER/q MODEL$i.pdb_ > tmp1.pdb
 106     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh tmp1.pdb |grep ATOM > MODEL${i}chain.pdb
 107     sed '0,/TER/d' MODEL$i.pdb_ > tmp2.pdb
 108     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh tmp2.pdb |grep ATOM >> MODEL${i}chain.pdb
 109     rm tmp1.pdb tmp2.pdb MODEL$i.pdb_
 110     ../files/DockQ.py MODEL${i}chain.pdb plik1chain.pdb > dockq_$i.out
 111   end
 112  endif
 113  /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -renumber 1 -out generic tmp.pdb > plik1.pdb
 114  rm tmp.pdb
 115
 116  foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 117  /users2/local/bin/tmscore MODEL${i}.pdb plik1.pdb > tmscore${i}.out
 118  end
 119  if (-e saxs.data) then
 120   awk -f ../files/saxs_dist.awk plik1.pdb > plik_saxs.data
 121  endif
 122 # rm plik1.pdb
 123 endif
 124
 125 if (-e saxs.data) then
 126 foreach i (`seq 1 $numstruc`)
 127 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL${i}.pdb > MODEL${i}_saxs.data
 128 end
 129 ../files/plot_saxs.py
 130 endif
 131
 132 #END
 133 touch finished