files/pbs8.csh

   1 #PBS -N test_server
   2 #PBS -q nowy
   3 #PBS -l nodes=4:ppn=4
   4
   5 #-----------------------------------------------------------------------------
   6 setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/unresMD-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
   7 #-----------------------------------------------------------------------------
   8 setenv DD /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/unres/PARAM
   9 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  10 setenv THETPAR $DD/theta_abinitio_old_ext.parm
  11 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  12 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  13 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  14 setenv TORPAR $DD/torsion_631Gdp_old_ext.parm
  15 setenv TORDPAR $DD/torsion_double_631Gdp_old_ext.parm
  16 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  17 setenv SIDEPAR $DD//scinter_GB_ext_lip.parm
  18 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  19 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  20 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  21 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  22 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  23 #-----------------------------------------------------------------------------
  24 cd $PBS_O_WORKDIR
  25
  26 setenv MPIRUN "/users2/local/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
  27 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  28
  29 setenv FGPROCS 2
  30 setenv POT GB
  31 setenv PREFIX file
  32 setenv OUT1FILE YES
  33
  34 #UNRES MREMD
  35 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  36
  37 #WHAM
  38 setenv WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/wham-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
  39 setenv CONTFUNC GB
  40 setenv SIDEP $DD/contact_ext.3.parm
  41 setenv SCRATCHDIR .
  42 setenv PREFIX file_wham
  43
  44 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $WHAM_BIN
  45
  46 #test images
  47 setenv line `awk '{}END{print int(NR*0.2)}' file_GB000.stat`
  48
  49 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  50  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' >remd_all.stat
  51  cat file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 14 ) print}' > remd_all0.stat
  52 else
  53  tail -q -n +$line file_GB*.stat |  awk '{if ( NF == 10 ) print}' >remd_all.stat
  54  cat file_GB*.stat |awk '{if ( NF == 10 ) print}' > remd_all0.stat
  55 endif
  56 ../files/matplotlib_hist.py $temperatures
  57 rm remd_all.stat remd_all0.stat
  58
  59 #CLUSTER WHAM
  60 setenv INPUT file_cluster
  61 setenv INTIN file_wham
  62 setenv OUTPUT file_cluster
  63 setenv PDB CART
  64 setenv COORD CX
  65 setenv PRINTCOOR PRINT_PDB
  66 setenv CLUSTER_WHAM_BIN /users2/czarek/UNRES/git3_tmp/build/bin/cluster_wham-mult_ifort_MPI_E0LL2Y.exe
  67
  68 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np 2 $CLUSTER_WHAM_BIN
  69
  70 if `awk '{cap=toupper($0); if (cap!=$0) {print 1;exit}}' file.seq` then
  71 #no allatom conversion/refinementkx for proteins with D-aminoacids
  72  ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  73  sed -n '/ENERGY/,/ENDMDL/p' ave >tmp.pdb
  74  setenv numstruc `grep ENERGY tmp.pdb|wc -l`
  75  setenv allline `cat tmp.pdb|wc -l`
  76  setenv onestruc `echo $allline "/" $numstruc| bc -l|sed 's/\.0*//'`
  77  foreach i (2 4 6 8 10)
  78    setenv headval `echo $i "*" $onestruc|bc -l`
  79    setenv halfi `echo $i/2|bc`
  80    head -n $headval tmp.pdb | tail -n $onestruc >MODEL${halfi}.pdb
  81  end
  82  rm ave tmp.pdb
  83 else
  84 # proteins with L-aminoacids only
  85 ln -s file_wham_T*K_ave.pdb ave
  86 ../files/cluster2allatom.sh ave
  87 rm ave
  88
  89 #amber min refinement
  90 foreach i (`seq 1 5`)
  91 ../files/refine.sh MODEL$i.pdb $ssbond
  92 end
  93 endif
  94
  95 /users2/local/pymol_1.6/pymol -c ../files/model.pml
  96
  97 if ( `grep -c pdbref file.inp` ) then
  98  awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' plik.pdb > tmp.pdb
  99  if ( -f "plik1ter.pdb" ) then
 100   grep -v TER plik1ter.pdb | awk '{printf "%s%s%s\n",substr($0,0,21)," ",substr($0,23)}' > tmp.pdb
 101   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh plik.pdb |grep ATOM > plik1chain.pdb
 102   /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh plik2.pdb |grep ATOM >> plik1chain.pdb
 103   foreach i (`seq 1 5`)
 104     sed /TER/q MODEL$i.pdb_ > tmp1.pdb
 105     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain A -renumber 1 -out generic_noh tmp1.pdb |grep ATOM > MODEL${i}chain.pdb
 106     sed '0,/TER/d' MODEL$i.pdb_ > tmp2.pdb
 107     /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -setchain B -renumber 1 -out generic_noh tmp2.pdb |grep ATOM >> MODEL${i}chain.pdb
 108     rm tmp1.pdb tmp2.pdb MODEL$i.pdb_
 109     ../files/DockQ.py MODEL${i}chain.pdb plik1chain.pdb > dockq_$i.out
 110   end
 111  endif
 112  /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -renumber 1 -out generic tmp.pdb > plik1.pdb
 113  rm tmp.pdb
 114
 115
 116  /users2/local/bin/tmscore MODEL1.pdb plik1.pdb > tmscore1.out
 117  /users2/local/bin/tmscore MODEL2.pdb plik1.pdb > tmscore2.out
 118  /users2/local/bin/tmscore MODEL3.pdb plik1.pdb > tmscore3.out
 119  /users2/local/bin/tmscore MODEL4.pdb plik1.pdb > tmscore4.out
 120  /users2/local/bin/tmscore MODEL5.pdb plik1.pdb > tmscore5.out
 121  if (-e saxs.data) then
 122   awk -f ../files/saxs_dist.awk plik1.pdb > plik_saxs.data
 123  endif
 124 # rm plik1.pdb
 125 endif
 126
 127 if (-e saxs.data) then
 128 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL1.pdb > MODEL1_saxs.data
 129 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL2.pdb > MODEL2_saxs.data
 130 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL3.pdb > MODEL3_saxs.data
 131 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL4.pdb > MODEL4_saxs.data
 132 awk -f ../files/saxs_dist.awk MODEL5.pdb > MODEL5_saxs.data
 133 ../files/plot_saxs.py
 134 endif
 135
 136 #END
 137 touch finished