files/fluct.py

   1 from pymol import cmd, stored, math
   2 import time
   3
   4 cmd.load('plik.pdb')
   5 mol='plik'
   6 obj=cmd.get_object_list(mol)[0]
   7 inFile = open('fluctuations.txt', 'r')
   8
   9 cmd.iterate("first %s and polymer and n. CA" % mol,"stored.first=resv")
  10 counter=stored.first
  11
  12 bfacts=[]
  13 for line in inFile.readlines():
  14    bfact=float(line)
  15    bfacts.append(bfact)
  16    cmd.alter("%s and resi %s and n. CA"%(mol,counter), "b=%s"%bfact)
  17    counter=counter+1
  18
  19 #cmd.hide("all")
  20 #cmd.show_as("stick", "name ca")
  21
  22 cmd.show_as("cartoon",mol)
  23 cmd.cartoon("putty", mol)
  24 cmd.set("cartoon_putty_scale_min", min(bfacts),obj)
  25 cmd.set("cartoon_putty_scale_max", max(bfacts),obj)
  26 cmd.set("cartoon_putty_transform", 7,obj)
  27 cmd.set("cartoon_putty_radius", 0.3,obj)
  28
  29 cmd.spectrum("b","rainbow", "%s and n. CA " %mol)
  30 cmd.ramp_new("count", obj, [min(bfacts), max(bfacts)], "rainbow")
  31 cmd.recolor()
  32 cmd.bg_color("white")
  33 #cmd.zoom("all",7)
  34 #cmd.set("all_states","on")
  35 cmd.save("fluct.pse")
  36 cmd.png("fluct.png",500,400,ray=1)
  37 cmd.quit()
  38
  39