files/cluster2allatom.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # to use you need syntax ./cluster2allatom.sh YOUR_CLUSTER_FILENAME
   3 file=$1
   4 sed -n '/ENERGY/,/ENDMDL/p' $file |sed  's/CB /SC /' >tmp.pdb
   5 numstruc=`grep ENERGY tmp.pdb|wc -l`
   6 allline=`cat tmp.pdb|wc -l`
   7 onestruc=`echo $allline "/" $numstruc| bc -l|sed 's/\.0*//'`
   8 for ((i=2;i<=numstruc;i+=2))
   9 do
  10 echo $i $onestruc
  11 headval=`echo $i "*" $onestruc|bc -l`
  12 head -n $headval tmp.pdb | tail -n $onestruc >act.pdb
  13
  14 rm -f act_file*
  15 cat act.pdb | tr '\n' '\r' | sed -e 's/TER\rTER/TERTER/g' | tr '\r' '\n' \
  16  | awk 'BEGIN{f=1}/TERTER/{close("act_file"f);f++}{ if ($0!="TERTER") print $0 > "act_file"f}'
  17
  18  for f in act_file*
  19   do
  20 #change the pulchra directory for each server acordingly
  21    /users2/local/pulchra306/pulchra -q -g $f
  22   done
  23
  24 cat act_file*.rebuilt.pdb |grep -v TER |grep -v END > tmp1.pdb
  25
  26 /users2/local/mmtsb/perl/convpdb.pl -renumber 1 -out generic tmp1.pdb > act.rebuilt.pdb
  27
  28 halfi=`echo $i/2|bc`
  29 #mv act.rebuilt.pdb  MODEL${halfi}_pulchra.pdba
  30 /users2/local/scwrl4/Scwrl4 -h -i act.rebuilt.pdb -o tmp2.pdb
  31 #tmscore MODEL${i}a.pdb ../template_1.pdb > tmscore${i}a.txt
  32
  33 awk 'BEGIN{oxt=0}{if (substr($0,14,3)=="OXT") oxt=int(substr($0,24,3)); if (int(substr($0,24,3))>oxt && oxt>0) {print "TER";print $0;oxt=0} else print $0}' tmp2.pdb > MODEL${halfi}.pdb
  34
  35 done
  36 rm tmp.pdb tmp1.pdb tmp2.pdb act.pdb act.rebuilt.pdb  act_file*