files/cluster2allatom.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # to use you need syntax ./cluster2allatom.sh YOUR_CLUSTER_FILENAME
   3 file=$1
   4 sed -n '/ENERGY/,/TER/p' $file |sed  's/CB /SC /' >tmp.pdb
   5 numstruc=`grep ENERGY tmp.pdb|wc -l`
   6 allline=`cat tmp.pdb|wc -l`
   7 onestruc=`echo $allline "/" $numstruc| bc -l|sed 's/\.0*//'`
   8 for ((i=2;i<=numstruc;i+=2))
   9 do
  10 echo $i $onestruc
  11 headval=`echo $i "*" $onestruc|bc -l`
  12 head -n $headval tmp.pdb | tail -n $onestruc >act.pdb
  13
  14 #change the pulchra directory for each server acordingly
  15 /users2/local/pulchra306/pulchra -q -g act.pdb
  16 halfi=`echo $i/2|bc`
  17 #mv act.rebuilt.pdb  MODEL${halfi}_pulchra.pdb
  18 /users2/local/scwrl4/Scwrl4 -h -i act.rebuilt.pdb -o MODEL${halfi}.pdb
  19 #tmscore MODEL${i}a.pdb ../template_1.pdb > tmscore${i}a.txt
  20
  21
  22 done
  23 rm tmp.pdb act.pdb act.rebuilt.pdb