examples/unres/new/MD/DYN_SS/dyn_ss/small.out_GB000

   1 --------------------------------------------------------------------------------
   2                               FILE ASSIGNMENT
   3 --------------------------------------------------------------------------------
   4  Input file                      : small.inp
   5  Output file                     : small.out_GB000
   6
   7  Sidechain potential file        :
   8  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-
   9  10-8k
  10  SCp potential file              : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scp.parm
  11  Electrostatic potential file    :
  12  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/electr_631Gdp.parm
  13  Cumulant coefficient file       :
  14  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/fourier_opt.parm.1igd_hc_iter3_3
  15  Torsional parameter file        :
  16  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_631Gdp.parm
  17  Double torsional parameter file :
  18  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/torsion_double_631Gdp.parm
  19  SCCOR parameter file : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/sccor_pdb_shelly.dat
  20  Bond & inertia constant file    : /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/bond.parm
  21  Bending parameter file          :
  22  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/thetaml.5parm
  23  Rotamer parameter file          :
  24  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/scgauss.parm
  25  Threading database              :
  26  /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM/patterns.cart
  27 --------------------------------------------------------------------------------
  28 ********************************************************************************
  29 United-residue force field calculation - parallel job.
  30 ********************************************************************************
  31  ### LAST MODIFIED  03/28/12 23:29 by czarek
  32  ++++ Compile info ++++
  33  Version 3.1 build 30
  34  compiled Wed Nov  7 12:05:42 2012
  35  compiled by czarek@piasek3
  36  OS name:    Linux
  37  OS release: 2.6.32-42-generic
  38  OS version: #96-Ubuntu SMP Wed Aug 15 19:37:37 UTC 2012
  39  flags:
  40  INSTALL_DIR = /users/software/mpich-1.2.7p1_int...
  41  FC= ifort
  42  OPT =  -O3 -ip -w
  43  FFLAGS = -c ${OPT} -I$(INSTALL_DIR)/include
  44  FFLAGS1 = -c -w -g -d2 -CA -CB -I$(INSTALL_DIR)...
  45  FFLAGS2 = -c -w -g -O0 -I$(INSTALL_DIR)/include
  46  FFLAGSE = -c -w -O3 -ipo -ipo_obj  -opt_report ...
  47  LIBS = -L$(INSTALL_DIR)/lib -lmpich xdrf/libxdr...
  48  ARCH = LINUX
  49  PP = /lib/cpp -P
  50  object = unres.o arcos.o cartprint.o chainbuild...
  51  GAB: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNRES ...
  52  GAB: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort_MP...
  53  E0LL2Y: CPPFLAGS = -DPROCOR -DLINUX -DPGI -DUNR...
  54  E0LL2Y: BIN = ../../../bin/unres/MD/unres_ifort...
  55  ++++ End of compile info ++++
  56
  57 Potential is GB , exponents are   6 12
  58
  59 Disulfide bridge parameters:
  60 S-S bridge energy:      -5.50
  61 d0cm:      3.78 akcm:     15.10
  62 akth:     11.00 akct:     12.00
  63 v1ss:     -1.08 v2ss:      7.61 v3ss:     13.70
  64  MPI: node=            0  iseed(4)=            0           0         -16
  65       -62756
  66  ran_num  6.422640197456531E-013
  67 RMSDBC =        3.0
  68 RMSDBC1 =        0.5
  69 RMSDBC1MAX =        1.5
  70 DRMS    =        0.1
  71 RMSDBCM =        3.0
  72 Time limit (min):     960.0
  73  RESCALE_MODE           2
  74 Library  routine used to diagonalize matrices.
  75
  76 =========================== Parameters of the MD run ===========================
  77
  78 The units are:
  79 positions: angstrom, time: 48.9 fs
  80 velocity: angstrom/(48.9 fs), acceleration: angstrom/(48.9 fs)**2
  81 energy: kcal/mol, temperature: K
  82
  83                                        Number of time steps:     20000
  84                  Initial time step of numerical integration:   0.10000 natural units
  85                                                                4.89000 fs
  86 Maximum acceleration threshold to reduce the time step/increase split number:   5.00000
  87 Maximum predicted energy drift to reduce the timestep/increase split number:  10.00000
  88             Maximum velocity threshold to reduce velocities:  20.00000
  89                                Frequency of property output:      1000
  90                              Frequency of coordinate output:       300
  91 Berendsen bath calculation
  92                                                 Temperature: 400.00000
  93                                     Coupling constant (tau):   1.00000
  94 Momenta will be reset at zero every      1000 steps
  95
  96 ============================== End of MD run setup =============================
  97
  98
  99 Energy-term weights (unscaled):
 100
 101 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 102 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 103 WELEC=    0.145810 (p-p electr)
 104 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 105 WBOND=    1.000000 (stretching)
 106 WANG=     1.956840 (bending)
 107 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 108 WTOR=     2.046980 (torsional)
 109 WTORD=    1.696240 (double torsional)
 110 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 111 WEL_LOC=  1.218370 (multi-body 3-rd order)
 112 WCORR4=   1.846150 (multi-body 4th order)
 113 WCORR5=   0.027300 (multi-body 5th order)
 114 WCORR6=   0.007410 (multi-body 6th order)
 115 WSCCOR=   1.000000 (back-scloc correlation)
 116 WTURN3=   2.913860 (turns, 3rd order)
 117 WTURN4=   0.731780 (turns, 4th order)
 118 WTURN6=   0.023910 (turns, 6th order)
 119
 120 Hydrogen-bonding correlation between contact pairs of peptide groups
 121
 122 Scaling factor of 1,4 SC-p interactions:   0.400
 123 General scaling factor of SC-p interactions:   1.000
 124
 125 Energy-term weights (scaled):
 126
 127 WSCC=     1.000000 (SC-SC)
 128 WSCP=     2.794050 (SC-p)
 129 WELEC=    0.117327 (p-p electr)
 130 WVDWPP=   0.145810 (p-p VDW)
 131 WBOND=    1.000000 (stretching)
 132 WANG=     1.956840 (bending)
 133 WSCLOC=   0.170100 (SC local)
 134 WTOR=     1.647115 (torsional)
 135 WTORD=    1.058472 (double torsional)
 136 WSTRAIN=  1.000000 (SS bridges & dist. cnstr.)
 137 WEL_LOC=  0.760276 (multi-body 3-rd order)
 138 WCORR4=   0.874494 (multi-body 4th order)
 139 WCORR5=   0.009729 (multi-body 5th order)
 140 WCORR6=   0.001982 (multi-body 6th order)
 141 WSCCOR=   0.804656 (back-scloc correlatkion)
 142 WTURN3=   1.818280 (turns, 3rd order)
 143 WTURN4=   0.346633 (turns, 4th order)
 144 WTURN6=   0.006394 (turns, 6th order)
 145  Reference temperature for weights calculation:   300.000000000000
 146  Parameters of the SS-bond potential:
 147  D0CM   3.78000000000000       AKCM   15.1000000000000       AKTH
 148    11.0000000000000       AKCT   12.0000000000000
 149  V1SS  -1.08000000000000       V2SS   7.61000000000000       V3SS
 150    13.7000000000000
 151  EBR  -5.50000000000000       SS_DEPTH  -6.90133843152500
 152   HT  -1.40133843152500
 153  ITEL
 154            1          10           1
 155            2           9           1
 156            3           9           1
 157            4           9           1
 158            5           1           1
 159            6           9           1
 160            7           9           1
 161            8           9           1
 162            9           9           1
 163           10           9           1
 164           11           9           1
 165           12           9           1
 166           13           9           1
 167           14           1           1
 168           15           9           1
 169           16           9           1
 170           17           9           1
 171  ns=           2  iss:           5          14
 172  nss=           0  ihpb,jhpb:
 173 Boundaries in phi angle sampling:
 174 GLY    1    -180.0     180.0
 175 ALA    2    -180.0     180.0
 176 ALA    3    -180.0     180.0
 177 ALA    4    -180.0     180.0
 178 CYS    5    -180.0     180.0
 179 ALA    6    -180.0     180.0
 180 ALA    7    -180.0     180.0
 181 ALA    8    -180.0     180.0
 182 ALA    9    -180.0     180.0
 183 ALA   10    -180.0     180.0
 184 ALA   11    -180.0     180.0
 185 ALA   12    -180.0     180.0
 186 ALA   13    -180.0     180.0
 187 CYS   14    -180.0     180.0
 188 ALA   15    -180.0     180.0
 189 ALA   16    -180.0     180.0
 190 ALA   17    -180.0     180.0
 191 GLY   18    -180.0     180.0
 192  NZ_START=           1  NZ_END=          18
 193  IZ_SC=           0
 194 Initial geometry will be read in.
 195
 196 Geometry of the virtual chain.
 197   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 198 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 199 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 200 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 201 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 202 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 203 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 204 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 205 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 206 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 207 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 208 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 209 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 210 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 211 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 212 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 213 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 214 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 215 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000     0.000     0.000
 216
 217 The chain contains  2 disulfide-bridging cysteines.
 218    5  14
 219  Running with dynamic disulfide-bond formation
 220  Processor           0  CG group           0  absolute rank           0  nhpb
 221            0  link_start=           1  link_end           0
 222
 223
 224 ********************************************************************************
 225                     Processor   0: end reading molecular data.
 226 ********************************************************************************
 227
 228
 229 Mesoscopic molecular dynamics (MD) calculation.
 230
 231 ********************************************************************************
 232
 233  Calling chainbuild
 234 ====================MD calculation start====================
 235  Initial velocities randomly generated
 236  Initial velocities
 237   0   0.39133   0.02679   0.27319      0.00000   0.00000   0.00000
 238   1  -0.17409  -0.26585  -0.21721      0.00000   0.00000   0.00000
 239   2  -0.17148   0.42025   0.20576     -0.07613   0.16475   0.01193
 240   3  -0.01404  -0.36110  -0.46494     -0.31406   0.04480  -0.30309
 241   4   0.15172   0.29663   0.29266     -0.07974   0.11323   0.22586
 242   5  -0.32168  -0.01456   0.05151     -0.17812  -0.01530  -0.02557
 243   6   0.11448   0.13832   0.17223     -0.12900  -0.20376  -0.11786
 244   7  -0.18175  -0.37828  -0.09633     -0.17966  -0.19816  -0.31341
 245   8  -0.02028   0.22735  -0.36928     -0.04858   0.08355  -0.26764
 246   9   0.34459  -0.25203   0.14694      0.01426  -0.12058  -0.21343
 247  10  -0.41200   0.20762  -0.12944     -0.00588  -0.02316   0.01848
 248  11   0.48857  -0.08617   0.25832      0.35227  -0.04402   0.04919
 249  12  -0.32840  -0.19630  -0.27333     -0.07994  -0.13029  -0.14699
 250  13   0.13872   0.24955   0.17068      0.08823   0.11539   0.21615
 251  14   0.18253   0.02951  -0.14956     -0.11740  -0.10145  -0.17371
 252  15  -0.19102  -0.09980   0.23974      0.03607  -0.01130   0.14715
 253  16   0.08092   0.16784  -0.32778      0.01162   0.30480  -0.18318
 254  17  -0.14311  -0.25973   0.34658     -0.44245  -0.17578   0.34891
 255  18   0.00000   0.00000   0.00000      0.00000   0.00000   0.00000
 256  Calling the zero-angular  momentum subroutine
 257  vcm right after adjustment:
 258   2.064717366521174E-017 -1.189837126469829E-017  5.249281440308069E-018
 259
 260
 261               alpha-carbon coordinates            centroid coordinates
 262              X           Y           Z          X           Y           Z
 263 GLY(  1)     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000     0.00000
 264 ALA(  2)     3.80000     0.00000     0.00000     3.73284     0.42654     0.60465
 265 ALA(  3)     3.80000    -3.80000     0.00000     3.37346    -3.73284    -0.60465
 266 ALA(  4)     7.60000    -3.80000     0.00000     7.53284    -3.37346     0.60465
 267 CYS(  5)     7.60000    -7.60000     0.00000     7.01741    -7.32119    -1.05500
 268 ALA(  6)    11.40000    -7.60000     0.00000    11.33284    -7.17346     0.60465
 269 ALA(  7)    11.40000   -11.40000     0.00000    11.05007   -11.23253    -0.63368
 270 ALA(  8)    15.20000   -11.40000     0.00000    15.13284   -10.97346     0.60465
 271 ALA(  9)    15.20000   -15.20000     0.00000    14.77346   -15.13284    -0.60465
 272 ALA( 10)    19.00000   -15.20000     0.00000    18.93284   -14.77346     0.60465
 273 ALA( 11)    19.00000   -19.00000     0.00000    18.57346   -18.93284    -0.60465
 274 ALA( 12)    22.80000   -19.00000     0.00000    22.73284   -18.57346     0.60465
 275 ALA( 13)    22.80000   -22.80000     0.00000    22.45007   -22.63253    -0.63368
 276 CYS( 14)    26.60000   -22.80000     0.00000    26.48819   -22.08987     1.00667
 277 ALA( 15)    26.60000   -26.60000     0.00000    26.25007   -26.43253    -0.63368
 278 ALA( 16)    30.40000   -26.60000     0.00000    30.33284   -26.17346     0.60465
 279 ALA( 17)    30.40000   -30.40000     0.00000    29.97346   -30.33284    -0.60465
 280 GLY( 18)    34.20000   -30.40000     0.00000    34.20000   -30.40000     0.00000
 281
 282 Geometry of the virtual chain.
 283   Res           d     Theta     Gamma       Dsc     Alpha      Beta
 284 GLY   1     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000     0.000
 285 ALA   2     3.800     0.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 286 ALA   3     3.800    90.000     0.000     0.743   110.000  -120.000
 287 ALA   4     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 288 CYS   5     3.800    90.000   180.000     1.237   100.000  -120.000
 289 ALA   6     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 290 ALA   7     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 291 ALA   8     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 292 ALA   9     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 293 ALA  10     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 294 ALA  11     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 295 ALA  12     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 296 ALA  13     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 297 CYS  14     3.800    90.000   180.000     1.237   110.000  -120.000
 298 ALA  15     3.800    90.000   180.000     0.743   100.000  -120.000
 299 ALA  16     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 300 ALA  17     3.800    90.000   180.000     0.743   110.000  -120.000
 301 GLY  18     3.800    90.000   180.000     0.000   180.000   180.000
 302  Potential energy and its components
 303
 304 Virtual-chain energies:
 305
 306 EVDW=     -1.784028E+01 WEIGHT=    1.000000D+00 (SC-SC)
 307 EVDW2=     2.118779E+01 WEIGHT=    2.794050D+00 (SC-p)
 308 EES=      -8.122745E+00 WEIGHT=    1.173269D-01 (p-p)
 309 EVDWPP=   -2.540621E+01 WEIGHT=    1.458100D-01 (p-p VDW)
 310 ESTR=      4.237046E-27 WEIGHT=    1.000000D+00 (stretching)
 311 EBE=      -1.185178E+00 WEIGHT=    1.956840D+00 (bending)
 312 ESC=       1.520408E+02 WEIGHT=    1.701000D-01 (SC local)
 313 ETORS=     0.000000E+00 WEIGHT=    1.647115D+00 (torsional)
 314 ETORSD=   -2.194244E+00 WEIGHT=    1.058472D+00 (double torsional)
 315 EHPB=      0.000000E+00 WEIGHT=    1.000000D+00 (SS bridges & dist. cnstr.)
 316 ECORR4=   -5.324225E+00 WEIGHT=    8.744941D-01 (multi-body)
 317 ECORR5=    2.317900E+01 WEIGHT=    9.728750D-03 (multi-body)
 318 ECORR6=    1.215220E+01 WEIGHT=    1.981519D-03 (multi-body)
 319 EELLO=     3.759544E+01 WEIGHT=    7.602761D-01 (electrostatic-local)
 320 ETURN3=   -3.193381E+00 WEIGHT=    1.818280D+00 (turns, 3rd order)
 321 ETURN4=    1.424793E+01 WEIGHT=    3.466334D-01 (turns, 4th order)
 322 ETURN6=    0.000000E+00 WEIGHT=    6.393807D-03 (turns, 6th order)
 323 ESCCOR=    7.779132E+00 WEIGHT=    8.046559D-01 (backbone-rotamer corr)
 324 EDIHC=     0.000000E+00 (dihedral angle constraints)
 325 ESS=       0.000000E+00 (disulfide-bridge intrinsic energy)
 326 UCONST=     0.000000E+00 (Constraint energy)
 327 ETOT=      8.749073E+01 (total)
 328
 329 Initial:
 330            Kinetic energy   3.88148E+01
 331          potential energy   8.74907E+01
 332              total energy   1.26306E+02
 333
 334     maximum acceleration    4.30400E+00
 335
 336 Momenta zeroed out, time               78.83
 337 Momenta zeroed out, time              165.42
 338 Momenta zeroed out, time              241.14
 339 Momenta zeroed out, time              327.40
 340 Momenta zeroed out, time              415.61
 341 Momenta zeroed out, time              493.13
 342 Momenta zeroed out, time              570.53
 343 Momenta zeroed out, time              657.29
 344 Momenta zeroed out, time              739.56
 345 Momenta zeroed out, time              822.78
 346 Momenta zeroed out, time              908.08
 347 Momenta zeroed out, time              989.26
 348 Momenta zeroed out, time             1059.64
 349 Momenta zeroed out, time             1147.47
 350 Momenta zeroed out, time             1226.41
 351 Momenta zeroed out, time             1311.13
 352 Momenta zeroed out, time             1399.66
 353 Momenta zeroed out, time             1479.65
 354 Momenta zeroed out, time             1556.70
 355 Momenta zeroed out, time             1642.45
 356
 357
 358 ===================================  Timing  ===================================
 359
 360                   MD calculations setup:    8.20312E-02
 361            Energy & gradient evaluation:    8.30078E+00
 362                     Stochastic MD setup:    0.00000E+00
 363                Stochastic MD step setup:    0.00000E+00
 364                                MD steps:    1.05234E+01
 365
 366
 367 ============================  End of MD calculation  ===========================
 368 CG processor   0 is finishing work.
 369  Total wall clock time   10.9140625000000       sec