examples/NEWCORR/start2.mat

   1 #PBS -N 1AFO_70box
   2 #PBS -q dell
   3 #PBS -l nodes=2:ppn=20
   4 #PBS -l walltime=48:00:00
   5
   6 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun "
   7 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
   8
   9 cd $PBS_O_WORKDIR
  10 setenv FGPROCS 1
  11 setenv POT GB
  12 setenv PREFIX 2y3k_ext
  13 setenv OUT1FILE YES
  14 #--------------------------------------------------------
  15 #setenv UNRES_BIN /users2/vetinari/unres_devel/unres/build/bin/unresMD-M_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
  16
  17 #/users2/vetinari/unres_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
  18
  19 #setenv UNRES_BIN /users2/vetinari/Magda/kompleks3_MD2/unresMD-M_ifort_MPICH_E0LL2Y.exe
  20 #setenv UNRES_BIN /users2/czarek/UNRES/bin_prerelease/unresMD-mult_mpif90_MPI_E0LL2Y.exe
  21 setenv LD_LIBRARY_PATH /users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/lib:$LD_LIBRARY_PATH
  22 #-----------------------------------------------------------------------------
  23 setenv UNRES_BIN /users2/adasko/unres4/unres4/build_UCMG/bin/unresMD_ifort_MPI_NEWCORR.exe
  24 #----------------------------------------------------------------------
  25 setenv DD /users2/adasko/unres4/unres4/PARAM/
  26 #setenv DD /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM
  27 #module swap PrgEnv-cray/5.2.82 PrgEnv-intel
  28 setenv POT GB
  29 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext_dum.parm
  30 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  31 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  32 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  33 setenv TORPAR ${DD}/torsion_abinitio.parm-2d-all-DL-03-02-2cos
  34 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  35 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  36 setenv LIPTRANPAR $DD/Lip_tran_initial_ext.parm
  37 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  38 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  39 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  40 setenv THETPAR ${DD}/theta_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  41 setenv FOURIER ${DD}/fourier_opt.parm.OPT_TRP1_FSD_Villin_E0L_QHK_N9L_LX7_BDD_I18
  42 setenv SIDEPAR ${DD}/scinter_GB_ext_lip.parm
  43 #setenv SIDEPAR $DD/scparm.adam_10_11_2018_Debay
  44 #setenv SIDEPAR $DD/scinter_${POT}_ext_lip.parm
  45 #setenv SIDEPAR $DD/scparm.adam_30_10_2013
  46 #setenv SIDEPAR ${DD}/sc_GB_opt_iter1_7p_old-ext_lip.parm
  47 #setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  48 #setenv FOURIER fourier_opt.parm.1e0l_1enh_PAR5-Sq2-14-ufree_q14sig_shan1e9-a03
  49 #setenv SCCORPAR /users/pk376/unres-git2/unres/PARAM/sccor_am1_pawel_ext.dat
  50 #setenv TUBEPAR $DD/tube_carbonano2.parm
  51 #setenv TUBEPAR $DD/tubecarb
  52 setenv TUBEPAR $DD/TiO2_fin.parm
  53 setenv BONDPAR_NUCL $DD/bond_06302011.parm
  54 setenv THETPAR_NUCL $DD/angle_06292011.parm
  55 setenv ROTPAR_NUCL $DD/rotamers_06292011.parm
  56 setenv TORPAR_NUCL $DD/torsion_06292011.parm
  57 setenv TORDPAR_NUCL $DD/torsion_d.parm
  58 setenv SCPPAR_NUCL $DD/psb.parm
  59 setenv SIDEPAR_NUCL $DD/base-GB-Yi-20110420-corr.parm
  60 setenv IONPAR $DD/cation_param.parm
  61 setenv SIDEPAR_SCBASE $DD/DNA-PROT_scbase.parm
  62 setenv PEPPAR_PEPBASE $DD/DNA-PROT_pepbase.parm
  63 setenv SCPAR_PHOSPH   $DD/DNA-PROT_scpho.parm
  64 setenv PEPPAR_PHOSPH   $DD/DNA-PROT_peppho.parm
  65
  66 #setenv PRINT_PARM NO
  67
  68 #----------------------------------------------------------------------------
  69 $MPIRUN -rmk pbs $UNRES_BIN
  70