examples/MREMD/ff_gab/startF90.mat

   1 #PBS -N test_MREMD
   2 #PBS -q infiniband
   3 #PBS -l nodes=2:ppn=8
   4 #PBS -l walltime=48:00:00
   5
   6 setenv FGPROCS 1
   7 setenv POT GB
   8 setenv PREFIX 1L2Y_MREMD
   9 setenv OUT1FILE YES
  10 #-----------------------------------------------------------------------------
  11 #test zmian
  12 setenv UNRES_BIN /users2/emilial/unres_package/bin/unres_GAB_F90_EL.exe
  13 #----------------------------------------------------------------------
  14 setenv DD /users2/emilial/unres_devel/unres_MD-M/PARAM
  15 #setenv DD /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM
  16 setenv BONDPAR $DD/bond_ext.parm
  17 setenv THETPAR $DD/thetaml_ext.5parm
  18 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  19 setenv ROTPAR $DD/scgauss_ext.parm
  20 setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  21 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  22 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  23 setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt_ext.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  24 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  25 setenv SCCORPAR $DD/sccor_pdb_shelly_ext.dat
  26 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  27 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  28 #setenv PRINT_PARM NO
  29 #-----------------------------------------------------------------------------
  30
  31 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun"
  32 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  33
  34 cd $PBS_O_WORKDIR
  35 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  36