examples/MREMD/ff_gab/startF90.mat

   1 #PBS -N test_MREMD
   2 #PBS -q infiniband
   3 #PBS -l nodes=2:ppn=8
   4 #PBS -l walltime=48:00:00
   5
   6 setenv FGPROCS 1
   7 setenv POT GB
   8 setenv PREFIX 1L2Y_MREMD
   9 setenv OUT1FILE YES
  10 #-----------------------------------------------------------------------------
  11 setenv UNRES_BIN /users2/emilial/unres_package/bin/unres_GAB_F90_EL.exe
  12 #----------------------------------------------------------------------
  13 setenv DD /users2/emilial/unres_devel/unres_MD-M/PARAM
  14 #setenv DD /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM
  15 setenv BONDPAR $DD/bond_ext.parm
  16 setenv THETPAR $DD/thetaml_ext.5parm
  17 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  18 setenv ROTPAR $DD/scgauss_ext.parm
  19 setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  20 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  21 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  22 setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt_ext.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  23 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  24 setenv SCCORPAR $DD/sccor_pdb_shelly_ext.dat
  25 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  26 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  27 #setenv PRINT_PARM NO
  28 #-----------------------------------------------------------------------------
  29
  30 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun"
  31 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  32
  33 cd $PBS_O_WORKDIR
  34 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  35