examples/MD_FG2/Berendsen/ff_gab/startF90.mat

   1 #PBS -N test_MD
   2 #PBS -q nowy
   3 #PBS -l nodes=2:ppn=4
   4 #PBS -l walltime=8:00:00
   5
   6 setenv FGPROCS 2
   7 setenv POT GB
   8 #ssetenv PREFIX min_UNRES
   9 #setenv PREFIX 1L2Y_min-rand-oneletter
  10 #setenv PREFIX 1L2Y_min-rand
  11 #setenv PREFIX 1L2Y_min-fulloutput
  12 #setenv PREFIX 1L2Y_checkgrad0
  13 #setenv PREFIX 1L2Y_ene
  14 setenv PREFIX 1L2Y_MD
  15 setenv OUT1FILE YES
  16 #-----------------------------------------------------------------------------
  17 setenv UNRES_BIN /users2/emilial/unres_package_Oct_2016/bin/unres_GAB_F90_EL.exe
  18 #----------------------------------------------------------------------
  19 setenv DD /users2/emilial/unres_devel/unres_MD-M/PARAM
  20 #setenv DD /users/czarek/UNRES/GIT/unres/PARAM
  21 setenv BONDPAR $DD/bond_ext.parm
  22 setenv THETPAR $DD/thetaml_ext.5parm
  23 setenv ROTPAR $DD/scgauss_ext.parm
  24 setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  25 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  26 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  27 setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt_ext.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  28 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  29 setenv SCCORPAR $DD/sccor_pdb_shelly_ext.dat
  30 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  31 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  32 setenv PRINT_PARM NO
  33 #-----------------------------------------------------------------------------
  34
  35 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun"
  36 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  37
  38 cd $PBS_O_WORKDIR
  39 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN
  40