examples/MD_FG2/Berendsen/ff_1l2y/startF90.mat

   1 #PBS -N test_MD
   2 #PBS -q nowy
   3 #PBS -l nodes=2:ppn=4
   4 #PBS -l walltime=8:00:00
   5
   6 setenv FGPROCS 2
   7 setenv POT GB
   8 #ssetenv PREFIX min_UNRES
   9 #setenv PREFIX 1L2Y_min-rand-oneletter
  10 #setenv PREFIX 1L2Y_min-rand
  11 #setenv PREFIX 1L2Y_min-fulloutput
  12 #setenv PREFIX 1L2Y_checkgrad0
  13 #setenv PREFIX 1L2Y_ene
  14 setenv PREFIX 1L2Y_MD
  15 setenv OUT1FILE YES
  16 #-----------------------------------------------------------------------------
  17 setenv UNRES_BIN /users2/emilial/unres_package_Oct_2016/bin/unres_E0LL2Y_F90_EL.exe
  18 #----------------------------------------------------------------------
  19 setenv DD /users/emilial/unres_devel/unres_MD-M/PARAM
  20 #setenv DD /users/aks255/newUNRES/unres/PARAM
  21 setenv BONDPAR $DD/bond_AM1_ext.parm
  22 setenv THETPARPDB $DD/thetaml_ext.5parm
  23 setenv THETPAR $DD/pot_theta_G631_DIL_ext.parm
  24 setenv ROTPARPDB $DD/scgauss_ext.parm
  25 setenv ROTPAR $DD/rotamers_AM1_aura_ext.10022007.parm
  26 setenv TORPAR $DD/pot_tor_G631_DIL_ext.parm
  27 setenv TORDPAR $DD/pot_tord_G631_DIL_ext.parm
  28 setenv ELEPAR $DD/electr_631Gdp_ext.parm
  29 setenv SIDEPAR $DD/scinter_${POT}_ext.parm
  30 #setenv SIDEPAR $DD/sc_GB_opt.1gab_3S_qclass5no310-shan2-sc-16-10-8k
  31 setenv FOURIER $DD/fourier_opt_ext.parm.1igd_hc_iter3_3
  32 #setenv FOURIER fourier_opt.parm.1e0l_1enh_PAR5-Sq2-14-ufree_q14sig_shan1e9-a03
  33 #setenv SCCORPAR /users/pk376/unres-git2/unres/PARAM/sccor_am1_pawel_ext.dat
  34 setenv SCCORPAR $DD/sccor_am1_pawel_ext.dat
  35 setenv SCPPAR $DD/scp_ext.parm
  36 setenv PATTERN $DD/patterns.cart
  37 #----------------------------------------------------------------------
  38
  39 setenv MPIRUN "/users/software/mpich2-1.4.1p1_intel/bin/mpirun"
  40 setenv NPROCS `cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
  41
  42 cd $PBS_O_WORKDIR
  43 $MPIRUN -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $UNRES_BIN