django_simple/todo/templates/tutorial_dock.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 In order to submit a UNRES-Dock job you need to provide its name:</h4>
   8 <p>
   9 <img src="static/name.png" style="border:2px solid blueviolet">
  10 <p>
  11 <h4>and choose DOCK as the type of simulation:</h4>
  12 <p>
  13 <img src="static/dock1.png" style="border:2px solid blueviolet">
  14 <p>
  15 UNRES-Dock
  16 utilizes multiplexed replica exchange MD simulation (MREMD) with
  17 24 random starting structures of a complex, with diverse orientations of monomers.
  18 The monomers are placed to interact weakly with each other, the smallest
  19 periodic-box size prohibiting interactions between a molecule with its image
  20 is estimated. A set of log-Gaussian restraints are imposed on both
  21 monomers for protein-protein docking, and only on the first chain for
  22 protein-peptide docking.
  23 <p>
  24 Use the "Save & submit" button to start calculations.
  25 <img src="static/submit.png" style="border:2px solid blueviolet">
  26 <p>
  27 Use the "Refresh" button to check the status of a simulation:
  28 <p>
  29 <img src="static/refresh.png" style="border:2px solid blueviolet">
  30 <p>
  31 until
  32 <img src="static/done.png" style="border:2px solid blueviolet">
  33 <p>
  34
  35 After the server job has been submitted the "waiting in the queue to start"
  36 message will be displayed in the status field, which will subsequently
  37 change to "running", "postprocessing", and "done".  While the job has the
  38 "running" status, the percentage of job accomplishment is displayed.  It
  39 should be noted that the "100%" accomplishment refers to the production
  40 phase of a job, after which the postprocessing phase is triggered which also
  41 takes some time and whose progress is not monitored.  The page is
  42 autorefreshed every 30 sec.  <p> Any single job can be accessed later (for
  43 at least 14 days) using the address of the web page displayed after job
  44 submission: e.g.
  45 http://unres-server.chem.ug.edu.pl/details1/570cf15fc638493893ece1f011ea0182/984/
  46 <br> Registered users can save all their jobs and access them later after
  47 logging in.  Note that the results will be available for a limited period of
  48 time, depending on the storage space availability (at least 30 days).  <p>
  49
  50 <h4>You can use "Load example data" button before submitting calculations to
  51 try an example docking:</h4>
  52
  53
  54 <h4><li>
  55 Docking simulation for two chains of Drosophila Insulin-Like Peptide 5
  56 (PDB code:2WFU) </h4>
  57 <div>
  58     <fieldset class="majorpoints">
  59         <legend class="majorpointslegend"
  60             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  61
  62     <div class="hiders" style="display:none" >
  63 <img src="static/dock2.png" style="border:2px solid blueviolet">
  64 <p>
  65 <p>
  66 After a UNRES-Dock MREMD run is accomplished, the same data
  67 as for reguler MREMD run is shown:
  68 a table showing replica-exchange statistics
  69 (a), plots of histograms of UNRES energy for each temperature (b), a plot of
  70 energy vs. temperature (c), a temperature-colored scatter plot of energy vs. RMSD
  71 (d), and the temperature-colored cumulative plot of rmsd vs. step number for all replicas
  72 (e), and a cumulative plot of walk of the replicas in temperature space (f).
  73 The colors corresponding to replica temperatures are shown in panel (c),
  74 while different replicas are colored from black to yellow in panel (f).
  75 <p>
  76 <a href="static/dock3.png"><img src="static/dock3.png" width="300px"></a>(a)
  77 <a href="static/dock4.png"><img src="static/dock4.png" width="300px"></a>(b)
  78 <a href="static/dock5.png"><img src="static/dock5.png" width="300px"></a>(c)
  79 <a href="static/dock6.png"><img src="static/dock6.png" width="300px"></a>(d)
  80 <a href="static/dock7.png"><img src="static/dock7.png" width="300px"></a>(e)
  81 <a href="static/dock8.png"><img src="static/dock8.png" width="300px"></a>(f)
  82 <p>
  83 The weighted histogram analysis method (WHAM) is applied to compute the
  84 probabilities of the obtained complexes to occur at particular
  85 temperatures and, consequently, the plots of heat capacity
  86 (g) and ensemble-averaged RMSD (h) as functions
  87 of temperature; these are shown in the respective graphs.
  88 <p>
  89 <a href="static/dock9.png"><img src="static/dock9.png" width="300px"></a>(g)
  90 <a href="static/dock10.png"><img src="static/dock10.png" width="300px"></a>(h)
  91 <p>
  92 Note! Panels are labeled in this tutorial only and labels are not displayed
  93 in the outputs from real server jobs.
  94 <p>
  95 Finally, cluster analysis is performed to select 5 families of complexes,
  96 and representative model from each family is converted to all-atom structure
  97 and refined. Models are shown using NGL Viewer.
  98 PDB files can be downloaded by clicking on the <i>Download</i> button.
  99 <p>
 100 <a href="static/dock11.png"><img src="static/dock11.png" width="300px"></a>
 101 <p>
 102 DockQ is utilised to measure quality of 5 docked models.
 103
 104 </div>
 105 </div>
 106 </ol>
 107 <hr>
 108 Advanced mode enables the user to change more parameters for
 109 UNRES-Dock. A separate example is provided
 110 (use the <i>Load example data</i> button as
 111 in the Basic mode):
 112
 113 <h4><li>
 114 Docking simulation of p97/PNGase complex
 115 (PDB code:2HPL), there are no restraints imposed on the DDLYG peptide </h4>
 116 <div>
 117     <fieldset class="majorpoints">
 118         <legend class="majorpointslegend"
 119             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 120
 121     <div class="hiders" style="display:none" >
 122 <img src="static/docka1.png" style="border:2px solid blueviolet">
 123 <p>
 124 Only sequence is given for the peptide. No reference structure is provided
 125 for the complex. <br>
 126 All temperatures are multiplexed, total number of replicas is 36.
 127 <p>
 128 <img src="static/docka2.png" style="border:2px solid blueviolet">
 129 <p>
 130 After a UNRES-Dock MREMD run is accomplished without the reference structure,
 131 a table showing replica-exchange statistics (a),
 132 plots of histograms of UNRES energy for each temperature (b),
 133 a plot of energy vs. temperature (c),
 134 and a cumulative plot of walk of the replicas in temperature space (d) are
 135 displayed. The colors corresponding to replica temperatures are shown in panel (c),
 136 while different replicas are colored from black to yellow in panel (d).
 137 <p>
 138 <a href="static/docka3.png"><img src="static/docka3.png" width="300px"></a>(a)
 139 <a href="static/docka4.png"><img src="static/docka4.png" width="300px"></a>(b)
 140 <a href="static/docka5.png"><img src="static/docka5.png" width="300px"></a>(c)
 141 <a href="static/docka7.png"><img src="static/docka7.png" width="300px"></a>(d)
 142 <p>
 143 The weighted histogram analysis method (WHAM) is applied to compute the
 144 probabilities of the obtained complexes to occur at particular
 145 temperatures and, consequently, the plot of heat capacity (e)
 146 as a functions of temperature is shown.
 147 <p>
 148 <a href="static/docka6.png"><img src="static/docka6.png" width="300px"></a>(e)
 149 <p>
 150 Note! Panels are labeled in this tutorial only and labels are not displayed
 151 in the outputs from real server jobs.
 152 <p>
 153 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 154 and representative model from each family is converted to all-atom structure
 155 and refined. Models are shown using NGL Viewer.
 156 PDB files can be downloaded by clicking on the <i>Download</i> button.
 157 <p>
 158 <a href="static/docka11.png"><img src="static/docka11.png" width="300px"></a>
 159
 160 <p>
 161
 162
 163 </div>
 164 </div>
 165 </ol>
 166
 167
 168
 169 <script src="/static/jquery.min.js"></script>
 170
 171 <script>
 172 $('.majorpointslegend').click(function(){
 173     $(this.parentNode).find('.hiders').toggle();
 174     if($(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
 175         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Hide');
 176     }else{
 177         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Show');
 178     }
 179 });
 180 </script>
 181
 182
 183 {% endblock %}