django_simple/todo/templates/tutorial.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 In order to submit a job you need to provide its name:</h4>
   8 <p>
   9 <img src="static/name.png" style="border:2px solid blueviolet">
  10 <p>
  11 UNRES server allows three types of simulations:
  12 local minimization, molecular dynamics and replica exchange molecular dynamics:
  13 <p>
  14 <img src="static/types.png" style="border:2px solid blueviolet">
  15 <p>
  16 Use "Save & submit" button to start calculations.
  17 <img src="static/submit.png" style="border:2px solid blueviolet">
  18 <p>
  19 Use "Refresh" button to check the status of simulation:
  20 <p>
  21 <img src="static/refresh.png" style="border:2px solid blueviolet">
  22 <p>
  23 until
  24 <img src="static/done.png" style="border:2px solid blueviolet">
  25 <p>
  26 The job status information will start from the "waiting in the queue to
  27 start", then "running" and finally "postprocessing" before "done".
  28 Postprocessing do not count to 100%. Autorefresh is active every 30 sec.
  29 <p>
  30 Any single job can by accessed later using the adress of the web page
  31 displayed after job submission:
  32 http://unres-server.chem.ug.edu.pl/details1/570cf15fc638493893ece1f011ea0182/984/
  33 <br>
  34 Registered users can save all their jobs and access them  after login.
  35 <p>
  36 <h4>You can use "Load example data" button before submitting calculations
  37 to try examples listed below:</h4>
  38 <p>
  39 <ol>
  40 <h4><li>Local minimization of protein A (PDB code:1BDD) structure</h4>
  41 <div>
  42     <fieldset class="majorpoints">
  43         <legend class="majorpointslegend"
  44             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  45
  46     <div class="hiders" style="display:none" >
  47 <p>
  48 In this example only the PDB code of selected protein (1BDD) is provided
  49 <p>
  50 <img src="static/min.png" style="border:2px solid blueviolet">
  51
  52
  53 The results of local minimizations show the UNRES model of 1BDD protein,
  54 its total UNRES energy and overlap on starting structure:
  55 <p>
  56 <a href="static/min1.png"><img src="static/min1.png" width="300px"></a>
  57 <a href="static/min2.png"><img src="static/min2.png" width="300px"></a>
  58 <p>
  59 All files generated during calculations
  60 can be viewed/download by clicking on "Directory" link.
  61 </div>
  62 </div>
  63
  64 <h4><li>Molecular dynamics of IGG-binding domain from streptococcal protein G
  65 (PDB code:1IGD) starting from the native structure</h4>
  66 <div>
  67     <fieldset class="majorpoints">
  68         <legend class="majorpointslegend"
  69             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  70
  71     <div class="hiders" style="display:none" >
  72
  73 <p>
  74 <img src="static/md.png" style="border:2px solid blueviolet">
  75 <p>
  76 The results of md simulations show temperature histogram,
  77 potential energy changes, movie generated from trajectory,
  78 evolution of radius of gyration,
  79 RMSD, fraction of native contacts, and CA fluctuations:
  80 <p>
  81 <a href="static/md1.png"><img src="static/md1.png" width="300px"></a>
  82 <a href="static/md2.png"><img src="static/md2.png" width="300px"></a>
  83 <a href="static/md3.png"><img src="static/md3.png" width="300px"></a>
  84 <a href="static/md4.png"><img src="static/md4.png" width="300px"></a>
  85 <a href="static/md5.png"><img src="static/md5.png" width="300px"></a>
  86 <a href="static/md6.png"><img src="static/md6.png" width="300px"></a>
  87 <a href="static/md7.png"><img src="static/md7.png" width="300px"></a>
  88 <a href="static/md8.png"><img src="static/md8.png" width="300px"></a>
  89 <p>
  90 Evolution of RMSD, fraction of native contacts and
  91 comparison of CA fluctuations to Bfactor is presented
  92 only when reference structure is provided as in this example.
  93 </div>
  94 </div>
  95 <h4><li>
  96 Replica exchange molecular dynamics of Trp-Cage miniprotein (PDB
  97 code:1L2Y) starting from the extended chain </h4>
  98 <div>
  99     <fieldset class="majorpoints">
 100         <legend class="majorpointslegend"
 101             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 102
 103     <div class="hiders" style="display:none" >
 104 <img src="static/remd.png" style="border:2px solid blueviolet">
 105 <p>
 106
 107 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 108 energy vs temperature are presented.
 109 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 110 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 111 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 112 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 113 <p>
 114 <a href="static/remd1.png"><img src="static/remd1.png" width="300px"></a>
 115 <a href="static/remd2.png"><img src="static/remd2.png" width="300px"></a>
 116 <a href="static/remd3.png"><img src="static/remd3.png" width="300px"></a>
 117 <a href="static/remd4.png"><img src="static/remd4.png" width="300px"></a>
 118 <a href="static/remd5.png"><img src="static/remd5.png" width="300px"></a>
 119 <a href="static/remd6.png"><img src="static/remd6.png" width="300px"></a>
 120 <a href="static/remd7.png"><img src="static/remd7.png" width="300px"></a>
 121 <a href="static/remd8.png"><img src="static/remd8.png" width="300px"></a>
 122 <p>
 123 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 124 and representative model from each family is converted to all-atom
 125 and refined. Models are shown using NGL Viewer.
 126 PDB files can be downloaded by clicking on the <i>Download</i> button.
 127 <p>
 128 <a href="static/remd9.png"><img src="static/remd9.png" width="300px"></a>
 129
 130 <p>
 131
 132
 133 </div>
 134 </div>
 135 </ol>
 136 <hr>
 137 Advanced mode allows for changes of more parameters of each type of
 138 simulation. Separate examples are provided (use <i>Load example data</i> button as
 139 in Basic mode):
 140 <ol>
 141 <h4><li>
 142 Minimization of the P8MTCP1 disulfide-bonded helical hairpin miniprotein
 143 (PDB code: 1EI0).</h4>
 144 <div>
 145     <fieldset class="majorpoints">
 146         <legend class="majorpointslegend"
 147             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 148
 149     <div class="hiders" style="display:none" >
 150 <p>
 151 In this example the PDB code of selected protein (1EI0) and opt-wtfsa-2
 152 force field are selected:
 153 <p>
 154 <img src="static/min_adv.png" style="border:2px solid blueviolet">
 155
 156 The results of local minimizations show the UNRES model of 1EI0 protein
 157 with two dissulfide bonds as read from pdb,
 158 its total UNRES energy and overlap on starting structure:
 159 <p>
 160 <a href="static/min_adv1.png"><img src="static/min_adv1.png" width="300px"></a>
 161 <a href="static/min_adv2.png"><img src="static/min_adv2.png" width="300px"></a>
 162 <a href="static/min_adv3.png"><img src="static/min_adv3.png" width="300px"></a>
 163
 164     </div>
 165 </div>
 166
 167 <h4><li>
 168 Canonical MD simulations of Trp-Cage miniprotein (PDB code:1L2Y)
 169 starting from extended chain.</h4>
 170 <div>
 171     <fieldset class="majorpoints">
 172         <legend class="majorpointslegend"
 173             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 174
 175     <div class="hiders" style="display:none" >
 176 In this example the PDB code of selected protein (1L2Y) and
 177 option to write trajectory as pdb are selected, saving trajectory
 178 as pdb allows its 3D visualisation in NGL Viewer in addtion to
 179 movie which is always generated from the MD trajectory
 180 <p>
 181 <img src="static/md_adv.png" style="border:2px solid blueviolet">
 182 <br>
 183 ...
 184 <br>
 185 <img src="static/md_adv0.png" style="border:2px solid blueviolet">
 186 <p>
 187 The results of md simulations show temperature histogram,
 188 potential energy changes, movie generated from trajectory,
 189 trajectory visualization in NGL Viewer,
 190 evolution of radius of gyration,
 191 RMSD, fraction of native contacts:
 192 <p>
 193 <a href="static/md_adv1.png"><img src="static/md_adv1.png" width="300px"></a>
 194 <a href="static/md_adv2.png"><img src="static/md_adv2.png" width="300px"></a>
 195 <a href="static/md_adv3.png"><img src="static/md_adv3.png" width="300px"></a>
 196 <a href="static/md_adv4.png"><img src="static/md_adv4.png" width="300px"></a>
 197 <a href="static/md_adv5.png"><img src="static/md_adv5.png" width="300px"></a>
 198 <a href="static/md_adv6.png"><img src="static/md_adv6.png" width="300px"></a>
 199 <a href="static/md_adv7.png"><img src="static/md_adv7.png" width="300px"></a>
 200 <p>
 201 Evolution of RMSD and fraction of native contacts
 202 is shown only when reference structure is provided as in this example.
 203 The CA fluctuations are not analyzed for start from the extended structure
 204 because of large scale conformational changes during folding.
 205
 206     </div>
 207 </div>
 208
 209
 210 <h4><li>
 211 MREMD simulations of 5G3Q:B (CASP12 target T0882)</h4>
 212
 213 <div>
 214     <fieldset class="majorpoints">
 215         <legend class="majorpointslegend"
 216             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 217
 218     <div class="hiders" style="display:none" >
 219 This simulation starts from extended chain, 2000000 steps for each of 16
 220 replicas (8 temperatures with multiplexing 2)
 221 are run and secondary structure restraints predicted by PSIPRED and
 222 obtained at the CASP12 time when the experimental 5G3Q structure
 223 was not included in the PDB database are used. Berendsen thermostat
 224 and clustering temperature 290K are selected.
 225 This is a full-blown structure-prediction run, but shorter
 226 in comparison to UNRES runs during CASP.
 227
 228 <p>
 229 <img src="static/remd_adv.png" style="border:2px solid blueviolet">
 230 <br>
 231 ...
 232 <br>
 233 <img src="static/remd_adv01.png" style="border:2px solid blueviolet">
 234 <br>
 235 ...
 236 <br>
 237 <img src="static/remd_adv02.png" style="border:2px solid blueviolet">
 238 <br>
 239 ...
 240 <br>
 241 <img src="static/remd_adv03.png" style="border:2px solid blueviolet">
 242 <p>
 243
 244
 245 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 246 energy vs temperature are presented.
 247 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 248 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 249 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 250 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 251 <p>
 252 <a href="static/remd_adv1.png"><img src="static/remd_adv1.png" width="300px"></a>
 253 <a href="static/remd_adv2.png"><img src="static/remd_adv2.png" width="300px"></a>
 254 <a href="static/remd_adv3.png"><img src="static/remd_adv3.png" width="300px"></a>
 255 <a href="static/remd_adv4.png"><img src="static/remd_adv4.png" width="300px"></a>
 256 <a href="static/remd_adv5.png"><img src="static/remd_adv5.png" width="300px"></a>
 257 <a href="static/remd_adv6.png"><img src="static/remd_adv6.png" width="300px"></a>
 258 <a href="static/remd_adv7.png"><img src="static/remd_adv7.png" width="300px"></a>
 259 <a href="static/remd_adv8.png"><img src="static/remd_adv8.png" width="300px"></a>
 260 <p>
 261 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 262 and representative model from each family is converted to all-atom
 263 and refined. Models are shown using NGL Viewer.
 264 PDB files can be downloaded by clicking on the <i>Download</i> button.
 265 RMSD of model 1
 266 from the experimental structure is 3.6 A and
 267 the GDT TS is 58.8 %
 268
 269 <p>
 270 <a href="static/remd_adv9.png"><img src="static/remd_adv9.png" width="300px"></a>
 271
 272 <p>
 273
 274
 275     </div>
 276 </div>
 277
 278
 279 <hr>
 280 <h4><li>
 281 Distance distribution restrained (simulated SAXS data)
 282 replica exchange molecular dynamics of
 283 Bacteriocin CbnXY (PDB code:5UJQ) starting from the extended chain.
 284 <br>
 285 (Use <i>Load example SAXS 1</i> button in advanced mode)
 286 </h4>
 287 <div>
 288     <fieldset class="majorpoints">
 289         <legend class="majorpointslegend"
 290             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 291
 292     <div class="hiders" style="display:none" >
 293 <img src="static/saxs1.png" style="border:2px solid blueviolet">
 294 <br>
 295 ...
 296 <br>
 297 <img src="static/saxs2.png" style="border:2px solid blueviolet">
 298 <p>
 299
 300 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 301 energy vs temperature are presented.
 302 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 303 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 304 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 305 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 306 <p>
 307 <a href="static/saxs3.png"><img src="static/saxs3.png" width="300px"></a>
 308 <a href="static/sasx4.png"><img src="static/saxs4.png" width="300px"></a>
 309 <a href="static/saxs5.png"><img src="static/saxs5.png" width="300px"></a>
 310 <a href="static/saxs6.png"><img src="static/saxs6.png" width="300px"></a>
 311 <a href="static/saxs7.png"><img src="static/saxs7.png" width="300px"></a>
 312 <a href="static/saxs8.png"><img src="static/saxs8.png" width="300px"></a>
 313 <a href="static/saxs9.png"><img src="static/saxs9.png" width="300px"></a>
 314 <a href="static/saxs10.png"><img src="static/saxs10.png" width="300px"></a>
 315 <p>
 316 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 317 and representative model from each family is converted to all-atom
 318 and refined.
 319 <p>
 320 <a href="static/saxs12.png"><img src="static/saxs12.png" width="300px"></a>
 321
 322 <p>
 323 Additionaly the input reference distance distribution and
 324 distance distributions for 5 final models are plotted.
 325 <p>
 326 <a href="static/saxs11.png"><img src="static/saxs11.png" width="300px"></a>
 327
 328 </div>
 329 </div>
 330
 331 <h4><li>
 332 Distance distribution restrained (real SAXS data)
 333 replica exchange molecular dynamics of
 334 the central portion of Factor H (PDB code:2KMS).
 335 <br>
 336 (Use <i>Load example SAXS 2</i> button in advanced mode)
 337 </h4>
 338 <div>
 339     <fieldset class="majorpoints">
 340         <legend class="majorpointslegend"
 341             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 342
 343     <div class="hiders" style="display:none" >
 344 REMD simulation starts from the experimental NMR structure. Secondary
 345 structure restraints are used. Only short (50 energy evaluations)
 346 initial minimization is requested.
 347 The SASDA25 entry of the SASBDB is used for SAXS distance distribution.
 348
 349 <img src="static/saxs2_1.png" style="border:2px solid blueviolet">
 350 <br>
 351 ...
 352 <br>
 353 <img src="static/saxs2_2.png" style="border:2px solid blueviolet">
 354 <br>
 355 ...
 356 <br>
 357 <img src="static/saxs2_3.png" style="border:2px solid blueviolet">
 358
 359 <p>
 360
 361 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 362 energy vs temperature are presented.
 363 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 364 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 365 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 366 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 367 <p>
 368 <a href="static/sasx2_4.png"><img src="static/saxs2_4.png" width="300px"></a>
 369 <a href="static/saxs2_5.png"><img src="static/saxs2_5.png" width="300px"></a>
 370 <a href="static/saxs2_6.png"><img src="static/saxs2_6.png" width="300px"></a>
 371 <a href="static/saxs2_7.png"><img src="static/saxs2_7.png" width="300px"></a>
 372 <a href="static/saxs2_8.png"><img src="static/saxs2_8.png" width="300px"></a>
 373 <a href="static/saxs2_9.png"><img src="static/saxs2_9.png" width="300px"></a>
 374 <a href="static/saxs2_10.png"><img src="static/saxs2_10.png" width="300px"></a>
 375 <a href="static/saxs2_11.png"><img src="static/saxs2_11.png" width="300px"></a>
 376 <p>
 377 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 378 and representative model from each family is converted to all-atom
 379 and refined.
 380 In the UNRES calculated
 381 structures, the domains are at a larger angle than
 382 those in the experimental NMR structure.
 383
 384 <p>
 385 <a href="static/saxs2_13.png"><img src="static/saxs2_13.png" width="300px"></a>
 386
 387 <p>
 388 Additionaly the input reference distance distribution and
 389 distance distributions for 5 final models are plotted.
 390 The distance distribution calculated from the
 391 experimental NMR structure does not fully overlap with that from
 392 SAXS; in particular, the plot calculated from the 2KMS
 393 structure decays to 0 quicker than that from SAXS.
 394 Much better agreement, in
 395 particular in the long-distance part is obtained
 396 for structres from the UNRES simulation.
 397 <p>
 398 <a href="static/saxs2_12.png"><img src="static/saxs2_12.png" width="300px"></a>
 399
 400
 401 </div>
 402
 403 </div>
 404
 405
 406 <script src="/static/jquery.min.js"></script>
 407
 408 <script>
 409 $('.majorpointslegend').click(function(){
 410     $(this.parentNode).find('.hiders').toggle();
 411     if($(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
 412         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Hide');
 413     }else{
 414         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Show');
 415     }
 416 });
 417 </script>
 418
 419
 420 {% endblock %}