django_simple/todo/templates/tutorial.html

   1 {% extends "base.html" %}
   2
   3 {% load i18n lazysignup_tags %}
   4 {% block content %}
   5
   6 <h4>
   7 In order to submit a job you need to provide its name:</h4>
   8 <p>
   9 <img src="static/name.png" style="border:2px solid blueviolet">
  10 <p>
  11 UNRES server allows three types of simulations:
  12 local minimization, molecular dynamics and replica exchange molecular dynamics:
  13 <p>
  14 <img src="static/types.png" style="border:2px solid blueviolet">
  15 <p>
  16 Use "Save & submit" button to start calculations.
  17 <img src="static/submit.png" style="border:2px solid blueviolet">
  18 <p>
  19 Use "Refresh" button to check the status of simulation:
  20 <p>
  21 <img src="static/refresh.png" style="border:2px solid blueviolet">
  22 <p>
  23 until
  24 <img src="static/done.png" style="border:2px solid blueviolet">
  25 <p>
  26 The job status information will start from the "waiting in the queue to
  27 start", then "running" and finally "postprocessing" before "done".
  28 Autorefresh is active every 30 sec.
  29 <p>
  30 Any single job can by accessed later using the adress of the web page
  31 displayed after job submission:
  32 http://unres-server.chem.ug.edu.pl/details1/570cf15fc638493893ece1f011ea0182/984/
  33 <br>
  34 Registered users can save all their jobs and access them  after login.
  35 <p>
  36 <h4>You can use "Load example data" button before submitting calculations
  37 to try examples listed below:</h4>
  38 <p>
  39 <ol>
  40 <h4><li>Local minimization of protein A (PDB code:1BDD) structure</h4>
  41 <div>
  42     <fieldset class="majorpoints">
  43         <legend class="majorpointslegend"
  44             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  45
  46     <div class="hiders" style="display:none" >
  47 <p>
  48 In this example only the PDB code of selected protein (1BDD) is provided
  49 <p>
  50 <img src="static/min.png" style="border:2px solid blueviolet">
  51
  52
  53 The results of local minimizations show the UNRES model of 1BDD protein,
  54 its total UNRES energy and overlap on starting structure:
  55 <p>
  56 <a href="static/min1.png"><img src="static/min1.png" width="300px"></a>
  57 <a href="static/min2.png"><img src="static/min2.png" width="300px"></a>
  58 <p>
  59 All files generated during calculations
  60 can be viewed/download by clicking on "Directory" link.
  61 </div>
  62 </div>
  63
  64 <hr>
  65 <h4><li>Molecular dynamics of IGG-binding domain from streptococcal protein G
  66 (PDB code:1IGD) starting from the native structure</h4>
  67 <div>
  68     <fieldset class="majorpoints">
  69         <legend class="majorpointslegend"
  70             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
  71
  72     <div class="hiders" style="display:none" >
  73
  74 <p>
  75 <img src="static/md.png" style="border:2px solid blueviolet">
  76 <p>
  77 The results of md simulations show temperature histogram,
  78 potential energy changes, evolution of radius of gyration,
  79 RMSD, fraction of native contacts, and CA fluctuations:
  80 <p>
  81 <a href="static/md1.png"><img src="static/md1.png" width="300px"></a>
  82 <a href="static/md2.png"><img src="static/md2.png" width="300px"></a>
  83 <a href="static/md3.png"><img src="static/md3.png" width="300px"></a>
  84 <a href="static/md4.png"><img src="static/md4.png" width="300px"></a>
  85 <a href="static/md5.png"><img src="static/md5.png" width="300px"></a>
  86 <a href="static/md6.png"><img src="static/md6.png" width="300px"></a>
  87 <a href="static/md7.png"><img src="static/md7.png" width="300px"></a>
  88 <a href="static/md8.png"><img src="static/md8.png" width="300px"></a>
  89 <p>
  90 Evolution of RMSD, fraction of native contacts and
  91 comparison of CA fluctuations to Bfactor is presented
  92 only when reference structure is provided as in this example.
  93 </div>
  94 </div>
  95 <hr>
  96 <h4><li>
  97 Replica exchange molecular dynamics of Trp-Cage miniprotein (PDB
  98 code:1L2Y) starting from the extended chain </h4>
  99 <div>
 100     <fieldset class="majorpoints">
 101         <legend class="majorpointslegend"
 102             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 103
 104     <div class="hiders" style="display:none" >
 105 <img src="static/remd.png" style="border:2px solid blueviolet">
 106 <p>
 107
 108 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 109 energy vs temperature are presented.
 110 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 111 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 112 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 113 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 114 <p>
 115 <a href="static/remd1.png"><img src="static/remd1.png" width="300px"></a>
 116 <a href="static/remd2.png"><img src="static/remd2.png" width="300px"></a>
 117 <a href="static/remd3.png"><img src="static/remd3.png" width="300px"></a>
 118 <a href="static/remd4.png"><img src="static/remd4.png" width="300px"></a>
 119 <a href="static/remd5.png"><img src="static/remd5.png" width="300px"></a>
 120 <a href="static/remd6.png"><img src="static/remd6.png" width="300px"></a>
 121 <a href="static/remd7.png"><img src="static/remd7.png" width="300px"></a>
 122 <a href="static/remd8.png"><img src="static/remd8.png" width="300px"></a>
 123 <p>
 124 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 125 and representative model from each family is converted to all-atom
 126 and refined. PDB files can be downloaded by clicking on the picture.
 127 <p>
 128 <a href="static/remd9.png"><img src="static/remd9.png" width="300px"></a>
 129
 130 <p>
 131
 132
 133 </div>
 134 </div>
 135 <hr>
 136 Advanced mode allows for changes of more parameters of each type of
 137 simulation. Separate examples are provided (use <i>Load example data</i> button as
 138 in Basic mode): minimization of 1EI0 with
 139 dissulfide bonds, MD simulations of 1L2Y starting from extended chain
 140 and multiplexed replica exchange simulations of 5G3Q:B (CASP12 target T0882)
 141 starting form extended chain with secondary structure restraints predicted
 142 by PSIPRED and Berendsen thermostat.
 143
 144 <hr>
 145 <h4><li>
 146 Distance distribution restrained (simulated SAXS data)
 147 replica exchange molecular dynamics of
 148 Bacteriocin CbnXY (PDB code:5UJQ) starting from the extended chain.
 149 <br>
 150 (Use <i>Load example SAXS data</i> button in advanced mode)
 151 </h4>
 152 <div>
 153     <fieldset class="majorpoints">
 154         <legend class="majorpointslegend"
 155             style="background-color:#d3d3d3;cursor: pointer;">Show</legend>
 156
 157     <div class="hiders" style="display:none" >
 158 <img src="static/saxs1.png" style="border:2px solid blueviolet">
 159 <br>
 160 ...
 161 <br>
 162 <img src="static/saxs2.png" style="border:2px solid blueviolet">
 163 <p>
 164
 165 Plots of histograms of UNRES energy for each temperature, and
 166 energy vs temperature are presented.
 167 The weighted histogram analysis (WHAM) is applied to compute the
 168 probabilities of the obtained conformations to occur at particular
 169 temperatures, plots of heat capacity and average RMSD as a functions
 170 of temperature are shown. Replica exchanges are analyzed.
 171 <p>
 172 <a href="static/saxs3.png"><img src="static/saxs3.png" width="300px"></a>
 173 <a href="static/sasx4.png"><img src="static/saxs4.png" width="300px"></a>
 174 <a href="static/saxs5.png"><img src="static/saxs5.png" width="300px"></a>
 175 <a href="static/saxs6.png"><img src="static/saxs6.png" width="300px"></a>
 176 <a href="static/saxs7.png"><img src="static/saxs7.png" width="300px"></a>
 177 <a href="static/saxs8.png"><img src="static/saxs8.png" width="300px"></a>
 178 <a href="static/saxs9.png"><img src="static/saxs9.png" width="300px"></a>
 179 <a href="static/saxs10.png"><img src="static/saxs10.png" width="300px"></a>
 180 <p>
 181 Finally cluster analysis is performed to select 5 families of conformations,
 182 and representative model from each family is converted to all-atom
 183 and refined.
 184 <p>
 185 <a href="static/saxs12.png"><img src="static/saxs12.png" width="300px"></a>
 186
 187 <p>
 188 Additionaly the input reference distance distribution and
 189 distance distributions for 5 final models are plotted.
 190 <p>
 191 <a href="static/saxs11.png"><img src="static/saxs11.png" width="300px"></a>
 192
 193
 194 </div>
 195 </div>
 196
 197
 198 <script src="/static/jquery.min.js"></script>
 199
 200 <script>
 201 $('.majorpointslegend').click(function(){
 202     $(this.parentNode).find('.hiders').toggle();
 203     if($(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text()=='Show'){
 204         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Hide');
 205     }else{
 206         $(this.parentNode).find('.majorpointslegend').text('Show');
 207     }
 208 });
 209 </script>
 210
 211
 212 {% endblock %}